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Yorodumi- PDB-5fw3: Crystal structure of SpCas9 variant VRER bound to sgRNA and TGCG ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5fw3 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of SpCas9 variant VRER bound to sgRNA and TGCG PAM target DNA | |||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA/RNA / HYDROLASE-DNA-RNA COMPLEX / CRISPR / CAS9 / ENDONUCLEASE / PAM / GENOME EDITING / RNP / PROTEIN-RNA COMPLEX | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationmaintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | STREPTOCOCCUS PYOGENES (bacteria)SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | |||||||||
Authors | Anders, C. / Bargsten, K. / Jinek, M. | |||||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2016Title: Structural Plasticity of Pam Recognition by Engineered Variants of the RNA-Guided Endonuclease Cas9. Authors: Anders, C. / Bargsten, K. / Jinek, M. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5fw3.cif.gz | 956.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5fw3.ent.gz | 801.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5fw3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5fw3_validation.pdf.gz | 477.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5fw3_full_validation.pdf.gz | 501.4 KB | Display | |
| Data in XML | 5fw3_validation.xml.gz | 49.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 5fw3_validation.cif.gz | 70.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/5fw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/5fw3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5fw1C ![]() 5fw2C ![]() 4un3S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
| #3: DNA chain | Mass: 8553.552 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
|---|---|
| #4: DNA chain | Mass: 3710.454 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
-RNA chain / Protein , 2 types, 2 molecules AB
| #1: RNA chain | Mass: 26788.984 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 158987.203 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) STREPTOCOCCUS PYOGENES (bacteria) / Strain: M1 / Plasmid: PEC-K-MBP / Production host: ![]() References: UniProt: Q99ZW2, Hydrolases; Acting on ester bonds |
-Non-polymers , 3 types, 165 molecules 




| #5: Chemical | | #6: Chemical | ChemComp-K / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Sequence details | THE N-TERMINAL GAAS SEQUENCE IS DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR. THE D10A AND H840A MUTATIONS ...THE N-TERMINAL GAAS SEQUENCE IS DERIVED FROM THE EXPRESSION |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | pH: 8.5 / Details: 0.1 M TRIS PH 8.5 0.3M KSCN 15% (W/V) PEG 3400 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: Aug 22, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.7→47.98 Å / Num. obs: 57691 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 48.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 13.2 |
| Reflection shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4UN3 Resolution: 2.7→47.983 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.25 / Phase error: 27.5 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→47.983 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
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STREPTOCOCCUS PYOGENES (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Citation












PDBj

































































