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Yorodumi- PDB-4un5: Crystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target cont... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4un5 | ||||||
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Title | Crystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target containing mismatches at positions 1-3 | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA/RNA / HYDROLASE-DNA-RNA COMPLEX / GENOME EDITING / RNP / PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | STREPTOCOCCUS PYOGENES (bacteria) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Anders, C. / Niewoehner, O. / Duerst, A. / Jinek, M. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2014 Title: Structural Basis of Pam-Dependent Target DNA Recognition by the Cas9 Endonuclease Authors: Anders, C. / Niewoehner, O. / Duerst, A. / Jinek, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4un5.cif.gz | 677.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4un5.ent.gz | 549.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4un5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4un5_validation.pdf.gz | 487.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4un5_full_validation.pdf.gz | 511.1 KB | Display | |
Data in XML | 4un5_validation.xml.gz | 56.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4un5_validation.cif.gz | 83.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/4un5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/4un5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4un3SC 4un4C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-TARGET DNA STRAND ... , 2 types, 2 molecules CE
#3: DNA chain | Mass: 3295.203 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
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#5: DNA chain | Mass: 5215.419 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
-RNA chain / Protein / DNA chain , 3 types, 3 molecules ABD
#1: RNA chain | Mass: 26788.984 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
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#2: Protein | Mass: 158875.031 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) STREPTOCOCCUS PYOGENES (bacteria) / Strain: M1 / Plasmid: PEC-K-MBP / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): ROSETTA 2 References: UniProt: Q99ZW2, Hydrolases; Acting on ester bonds |
#4: DNA chain | Mass: 3410.229 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
-Non-polymers , 2 types, 780 molecules
#6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | N-TERMINAL GAAS SEQUENCE IS DERIVED FROM EXPRESSION PLASMID. H840A MUTATION WAS INTRODUCED TO ...N-TERMINAL GAAS SEQUENCE IS DERIVED FROM EXPRESSION |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.1 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 8.5 Details: 0.1 M TRIS-ACETATE PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% PEG (W/V) 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: May 10, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→48.35 Å / Num. obs: 164018 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4UN3 Resolution: 2.4→48.349 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.08 / Phase error: 26.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→48.349 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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