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- PDB-4un5: Crystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target cont... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4un5 | ||||||
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Title | Crystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target containing mismatches at positions 1-3 | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/DNA/RNA / HYDROLASE-DNA-RNA COMPLEX / GENOME EDITING / RNP / PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Anders, C. / Niewoehner, O. / Duerst, A. / Jinek, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis of Pam-Dependent Target DNA Recognition by the Cas9 Endonuclease Authors: Anders, C. / Niewoehner, O. / Duerst, A. / Jinek, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 677.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 549.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 487.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 511.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 56.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 83.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4un3SC ![]() 4un4C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-TARGET DNA STRAND ... , 2 types, 2 molecules CE
#3: DNA chain | Mass: 3295.203 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
---|---|
#5: DNA chain | Mass: 5215.419 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
-RNA chain / Protein / DNA chain , 3 types, 3 molecules ABD
#1: RNA chain | Mass: 26788.984 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
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#2: Protein | Mass: 158875.031 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q99ZW2, Hydrolases; Acting on ester bonds |
#4: DNA chain | Mass: 3410.229 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
-Non-polymers , 2 types, 780 molecules 


#6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | N-TERMINAL GAAS SEQUENCE IS DERIVED FROM EXPRESSION PLASMID. H840A MUTATION WAS INTRODUCED TO ...N-TERMINAL GAAS SEQUENCE IS DERIVED FROM EXPRESSION |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.1 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 8.5 Details: 0.1 M TRIS-ACETATE PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% PEG (W/V) 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: May 10, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→48.35 Å / Num. obs: 164018 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4UN3 Resolution: 2.4→48.349 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.08 / Phase error: 26.2 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→48.349 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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