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Yorodumi- PDB-5fw1: Crystal structure of SpyCas9 variant VQR bound to sgRNA and TGAG ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fw1 | |||||||||
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Title | Crystal structure of SpyCas9 variant VQR bound to sgRNA and TGAG PAM target DNA | |||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / CRISPR / CAS9 / ENDONUCLEASE / PAM / GENOME EDITING / RNP / PROTEIN-RNA COMPLEX | |||||||||
Function / homology | Function and homology information maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | STREPTOCOCCUS PYOGENES (bacteria) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.499 Å | |||||||||
Authors | Anders, C. / Bargsten, K. / Jinek, M. | |||||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2016 Title: Structural Plasticity of Pam Recognition by Engineered Variants of the RNA-Guided Endonuclease Cas9. Authors: Anders, C. / Bargsten, K. / Jinek, M. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5fw1.cif.gz | 939 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5fw1.ent.gz | 782.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5fw1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5fw1_validation.pdf.gz | 487.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5fw1_full_validation.pdf.gz | 517.2 KB | Display | |
Data in XML | 5fw1_validation.xml.gz | 52 KB | Display | |
Data in CIF | 5fw1_validation.cif.gz | 74.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/5fw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/5fw1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5fw2C 5fw3C 4un3S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#3: DNA chain | Mass: 8543.550 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
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#4: DNA chain | Mass: 3734.479 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
-RNA chain / Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: RNA chain | Mass: 26788.984 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
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#2: Protein | Mass: 158886.078 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) STREPTOCOCCUS PYOGENES (bacteria) / Strain: M1 / Plasmid: PEC-K-MBP / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Variant (production host): ROSETTA 2 References: UniProt: Q99ZW2, Hydrolases; Acting on ester bonds |
-Non-polymers , 3 types, 316 molecules
#5: Chemical | ChemComp-K / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | GAAS AT THE N-TERMINUS IS DERIVED FROM EXPRESSION VECTOR. D10A AND H840A MUTATIONS HAVE BEEN ...GAAS AT THE N-TERMINUS IS DERIVED FROM EXPRESSION |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 8.5 / Details: 0.1 M TRIS PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% (W/V) PEG 3400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: Oct 22, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→47.62 Å / Num. obs: 71152 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.65 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4UN3 Resolution: 2.499→47.622 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.21 / Phase error: 28.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.499→47.622 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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