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Yorodumi- PDB-5b2s: Crystal structure of the Streptococcus pyogenes Cas9 EQR variant ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5b2s | ||||||
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Title | Crystal structure of the Streptococcus pyogenes Cas9 EQR variant in complex with sgRNA and target DNA (TGAG PAM) | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/RNA/DNA / CRISPR-Cas9 / genome engineering / HYDROLASE-RNA-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pyogenes serotype M1 (bacteria) Streptococcus pyogenes (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Hirano, S. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2016 Title: Structural Basis for the Altered PAM Specificities of Engineered CRISPR-Cas9 Authors: Hirano, S. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5b2s.cif.gz | 691.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5b2s.ent.gz | 554.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5b2s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/5b2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/5b2s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5b2rC 5b2tC 4un3S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#3: DNA chain | Mass: 8454.472 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: chemical synthesis / Source: (synth.) Streptococcus pyogenes (bacteria) |
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#4: DNA chain | Mass: 2481.652 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Streptococcus pyogenes (bacteria) |
-RNA chain / Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: RNA chain | Mass: 26209.588 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: in vitro transcription / Source: (synth.) Streptococcus pyogenes (bacteria) |
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#2: Protein | Mass: 159005.094 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D10A, C80L, C574E, H840A, D1135E, R1335Q, T1337R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pyogenes serotype M1 (bacteria) Strain: serotype M1 / Gene: cas9, csn1, SPy_1046 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q99ZW2, Hydrolases; Acting on ester bonds |
-Non-polymers , 5 types, 562 molecules
#5: Chemical | ChemComp-K / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-EDO / #8: Chemical | ChemComp-ACT / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 15-17% PEG 3350, 0.4 M KSCN, 0.1 M Tris-acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 22, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→48.005 Å / Num. obs: 103809 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 2.9 % / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4UN3 Resolution: 2.2→48.005 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.18
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 195.84 Å2 / Biso mean: 57.086 Å2 / Biso min: 21.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→48.005 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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