+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yhg | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NATIVE BACTEROIDETES-AFFILIATED GH5 CELLULASE LINKED WITH A POLYSACCHARIDE UTILIZATION LOCUS | |||||||||
要素 | GH5 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / beta alpha barrel / glycoside hydrolase / metagenomics | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacteroidetes bacterium AC2a (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Naas, A.E. / MacKenzie, A.K. / Dalhus, B. / Eijsink, V.G.H. / Pope, P.B. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015 タイトル: Structural Features of a Bacteroidetes-Affiliated Cellulase Linked with a Polysaccharide Utilization Locus. 著者: Naas, A.E. / MacKenzie, A.K. / Dalhus, B. / Eijsink, V.G. / Pope, P.B. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yhg.cif.gz | 311.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4yhg.ent.gz | 253.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yhg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4yhg_validation.pdf.gz | 754.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4yhg_full_validation.pdf.gz | 755.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4yhg_validation.xml.gz | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4yhg_validation.cif.gz | 41.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 9 - 397 / Label seq-ID: 1 - 389
NCS oper:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43623.602 Da / 分子数: 2 / 変異: E172A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Synthetic DNA 由来: (組換発現) Bacteroidetes bacterium AC2a (バクテリア) プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076MPD7, cellulase #2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotriose | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M potassium nitrate, 20 % w/v PEG 3350, 5mM Cellotetraose |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→71.401 Å / Num. all: 34325 / Num. obs: 34325 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.116 / Rsym value: 0.105 / Net I/av σ(I): 5.405 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 180101 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4YHE 解像度: 2.4→71.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 15.315 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.05 Å2 / Biso mean: 42.408 Å2 / Biso min: 20.35 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→71.4 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | 数: 5576 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 3.11 Å / Weight position: 0.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|