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- PDB-4yhe: NATIVE BACTEROIDETES-AFFILIATED GH5 CELLULASE LINKED WITH A POLYS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yhe
タイトルNATIVE BACTEROIDETES-AFFILIATED GH5 CELLULASE LINKED WITH A POLYSACCHARIDE UTILIZATION LOCUS
要素GH5
キーワードHYDROLASE / beta alpha barrel / glycoside hydrolase / metagenomics
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacteroidetes bacterium AC2a (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Naas, A.E. / MacKenzie, A.K. / Dalhus, B. / Eijsink, V.G.H. / Pope, P.B.
資金援助 ノルウェー, ベルギー, 6件
組織認可番号国
The Research Council of Norway214042 ノルウェー
The Research Council of Norway216625/F50 ノルウェー
The Research Council of Norway190965 ノルウェー
European Research Council336355 ベルギー
South-Eastern Norway Regional Health Authority2012085 ノルウェー
South-Eastern Norway Regional Health Authority2015095 ノルウェー
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structural Features of a Bacteroidetes-Affiliated Cellulase Linked with a Polysaccharide Utilization Locus.
著者: Naas, A.E. / MacKenzie, A.K. / Dalhus, B. / Eijsink, V.G. / Pope, P.B.
履歴
登録2015年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH5
B: GH5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3632
ポリマ－87,3632
非ポリマー00
水17,204955
1
A: GH5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6821
ポリマ－43,6821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GH5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6821
ポリマ－43,6821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.510, 100.680, 101.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 9 - 397 / Label seq-ID: 1 - 389

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.839827, -0.542834, -0.004644), (-0.542666, 0.83973, -0.01916), (0.0143, -0.013571, -0.999806)67.642014, 21.08563, 150.31955

-
要素

#1: タンパク質 GH5 / Glycoside Hydrolase 5 / Endoglucanase


分子量: 43681.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Synthetic DNA
由来: (組換発現) Bacteroidetes bacterium AC2a (バクテリア)
プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076MPD7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 955 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Sodium Cacodylate,40% v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol, 5% w/v PEG8000
Temp details: Room Temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→65.51 Å / Num. obs: 74499 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 273972 / Scaling rejects: 51
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.85-1.892.90.32.91149040270.910.20190.8
9.25-65.513.50.0616.523476780.990.03797.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
Aimless0.1.26データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→65.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.267 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2118 3672 5 %RANDOM
Rwork0.1776 ---
obs0.1793 69260 96.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.81 Å2 / Biso mean: 25.762 Å2 / Biso min: 11.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→65.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6154 0 0 955 7109
Biso mean---35.52 -
残基数----778
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196315
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3811.9158568
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.836313100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1775776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.16223.765340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48115976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2671552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4412.3663110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4382.3653109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0423.5423884
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
2271MEDIUM POSITIONAL0.10.5
3666LOOSE POSITIONAL0.425
2271MEDIUM THERMAL3.62
3666LOOSE THERMAL3.8510
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 224 -
Rwork0.271 4438 -
all-4662 -
obs--84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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