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- PDB-4eo9: Crystal structure of a phosphoglycerate mutase gpm1 from Mycobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eo9
タイトルCrystal structure of a phosphoglycerate mutase gpm1 from Mycobacterium leprae
要素2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / glycolysis / pathogenic bacterium
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / phosphoglycerate mutase activity / glycolytic process / gluconeogenesis
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase 1 / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase-like / Phosphoglycerate mutase family / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium leprae (らい菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2012年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8392
ポリマ－29,8041
非ポリマー351
水1,47782
1
A: 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
ヘテロ分子

A: 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6784
ポリマ－59,6072
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.310, 80.310, 119.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number93
Space group name H-MP4222

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要素

#1: タンパク質 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase / BPG-dependent PGAM / PGAM / Phosphoglyceromutase / dPGM


分子量: 29803.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium leprae (らい菌) / 株: BR4923 / 遺伝子: gpmA, MLBr02441 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8ZT86, EC: 5.4.2.1
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MyleA.00184.a.A1 PS01437 at 18.1 mg/mL against JCSG+ A8 0.2 M ammonium formate, 20% PEG 3350 supplemented with 15% PEG 400 as cryo-protectant, crystal tracking ID 233299a8, pH 7.5, VAPOR ...詳細: MyleA.00184.a.A1 PS01437 at 18.1 mg/mL against JCSG+ A8 0.2 M ammonium formate, 20% PEG 3350 supplemented with 15% PEG 400 as cryo-protectant, crystal tracking ID 233299a8, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 15013 / Num. obs: 14961 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 45.491 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.45-2.510.52947634108399.7
2.51-2.580.4524.597364103699.8
2.58-2.660.3675.6472691028100
2.66-2.740.3046.637066100199.9
2.74-2.830.2547.46682796499.8
2.83-2.930.2288.356695941100
2.93-3.040.16710.8642990499.9
3.04-3.160.11914.69624488399.9
3.16-3.30.10216.635946837100
3.3-3.460.08520.625701810100
3.46-3.650.06328.815514784100
3.65-3.870.05434.58500472399.9
3.87-4.140.04437.89480969399.7
4.14-4.470.03645.31432964999.7
4.47-4.90.03646.68411259899.3
4.9-5.480.03740.333774551100
5.48-6.330.03838.743350498100
6.33-7.750.03442.742790420100
7.75-10.960.02157.492195348100
10.960.01764.7111021095.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å38.06 Å
Translation3 Å38.06 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.1982 / WRfactor Rwork: 0.1632 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8647 / SU B: 11.464 / SU ML: 0.132 / SU R Cruickshank DPI: 0.2705 / SU Rfree: 0.2174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2348 755 5 %RANDOM
Rwork0.1958 ---
obs0.1976 14960 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.21 Å2 / Biso mean: 39.0887 Å2 / Biso min: 18.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20 Å20 Å2
2--0.97 Å20 Å2
3----1.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1861 0 1 82 1944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191921
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.9682630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01933117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1595243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.10822.52987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.58215294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.781520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02411
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 48 -
Rwork0.291 903 -
all-951 -
obs--99.69 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.6009 Å / Origin y: 4.6014 Å / Origin z: -16.5861 Å
111213212223313233
T0.1846 Å20.0521 Å20.0778 Å2-0.1175 Å2-0.0509 Å2--0.113 Å2
L0.2314 °2-0.3763 °2-0.172 °2-0.905 °20.3198 °2--1.5644 °2
S0.1785 Å °0.0464 Å °0.0786 Å °-0.1541 Å °-0.0457 Å °-0.0666 Å °-0.1092 Å °0.1425 Å °-0.1327 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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