PDB-4egf: Crystal structure of a L-xylulose reductase from Mycobacterium sm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4egf

タイトル

Crystal structure of a L-xylulose reductase from Mycobacterium smegmatis

要素

L-xylulose reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

L-xylulose reductase (NADH) activity / L-xylulose reductase / L-xylulose reductase (NADPH) activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Arakaki, T.L. / Staker, B.L. / Fairman, J.W.

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2012年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2016年2月17日	Group: Structure summary
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4egf.ent.gz	595.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4egf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4egf_validation.pdf.gz	481.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4egf_full_validation.pdf.gz	489.9 KB	表示
XML形式データ	4egf_validation.xml.gz	74.8 KB	表示
CIF形式データ	4egf_validation.cif.gz	107.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4egf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4egf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fff-1 4w7i-2 6y4d-1 5trt-d 5ff9-d 4w7i-1 6f9q-d 5mtr-1 5i7f-2 1nff-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MysmA.01365.g

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-xylulose reductase

B: L-xylulose reductase

C: L-xylulose reductase

D: L-xylulose reductase

E: L-xylulose reductase

F: L-xylulose reductase

G: L-xylulose reductase

H: L-xylulose reductase

217 kDa, 8 ポリマー
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1

A: L-xylulose reductase

B: L-xylulose reductase

C: L-xylulose reductase

D: L-xylulose reductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 4 ポリマー
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2

E: L-xylulose reductase

F: L-xylulose reductase

G: L-xylulose reductase

H: L-xylulose reductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.800, 130.750, 114.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.740, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

tetramer

#1: タンパク質	L-xylulose reductase 分子量: 27166.949 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_3262 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QXD6, L-xylulose reductase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 846 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 18% PEG 6000, 200 mM calcium chloride, PW 28826, MysmA.01365.g.A1.PW28826, pH 8.7, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 93608 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 32.038 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.3-2.36		0.461	2.8	26198	6931	99.9
2.36-2.42		0.397	3.2	25546	6741	99.9
2.42-2.49		0.345	3.6	24856	6556	99.9
2.49-2.57		0.318	4	23982	6358	99.6
2.57-2.66		0.299	4.3	23451	6191	99.9
2.66-2.75		0.261	5.1	22406	5957	99.6
2.75-2.85		0.214	5.8	21984	5797	99.8
2.85-2.97		0.166	7.5	21046	5543	99.9
2.97-3.1		0.138	9.1	20300	5340	99.8
3.1-3.25		0.118	10.4	19043	5051	99.7
3.25-3.43		0.087	13.5	18357	4857	99.9
3.43-3.64		0.068	17.2	17012	4580	99.5
3.64-3.89		0.057	20.6	15722	4293	98.9
3.89-4.2		0.05	22.7	14803	3992	99.4
4.2-4.6		0.042	26.5	13928	3701	99.8
4.6-5.14		0.041	26.8	12485	3346	100
5.14-5.94		0.048	23.5	10844	2963	99.7
5.94-7.27		0.04	26.4	9482	2522	99.9
7.27-10.29		0.023	40.5	7443	1955	99.6
	10.29	0.022	39.9	3494	934	84.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	19.88 Å
Translation	3.5 Å	19.88 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→19.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 13.544 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	4693	5 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.19	93608	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.476 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.48 Å²	0 Å²	1.88 Å²
2-	-	-1.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14426	0	0	846	15272

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	14695
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9367
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.447	1.968	20094
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.96	3	22902
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.535	5	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.329	22.738	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.218	15	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.686	15	115
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	2432
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	16958
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2897

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	351	-
R_work	0.264	6367	-
all	-	6718	-
obs	-	-	99.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2591	0.4014	-1.1768	0.9459	-0.9909	2.176	0.1909	-0.0826	0.1351	0.3069	-0.0304	0.1653	-0.4469	0.1295	-0.1605	0.3234	0.0139	0.0525	0.2116	-0.0448	0.2756	-17.9324	12.9423	43.6531
2	0.9852	-0.9726	2.569	6.2498	1.3356	9.5627	-0.1475	-0.0398	0.0869	0.5638	-0.1092	0.1247	-0.0173	-0.1529	0.2567	0.4432	0.0175	0.1901	0.1978	-0.1143	0.2981	-18.6209	20.173	50.4556
3	0.8869	0.6625	-0.8344	2.2266	-1.3543	1.2628	0.1159	0.0287	0.0604	0.1383	0.0654	0.0625	0.0281	-0.1313	-0.1813	0.3097	-0.0105	0.0334	0.2647	0.0119	0.2714	-26.5275	4.138	48.3145
4	0.1903	0.0591	-0.199	0.774	0.0084	0.2455	0.0314	0.0597	0.0135	0.2875	-0.0577	0.182	-0.0372	0.0106	0.0263	0.2874	-0.0281	0.0304	0.2701	-0.0043	0.268	-14.837	-5.2154	42.7837
5	1.2025	0.1168	0.2423	0.4126	0.2172	0.5332	0.0432	0.0696	0.0053	0.1143	-0.0149	0.0144	0.012	0.0557	-0.0282	0.2923	-0.0111	-0.0172	0.2662	0.0045	0.2441	-3.5759	2.6147	36.6027
6	1.7561	0.6131	-0.7545	0.7128	0.3363	1.9151	-0.0904	-0.0403	-0.0234	0.0138	-0.0047	0.0051	0.2284	0.2809	0.095	0.2527	0.0278	0.008	0.2785	-0.0196	0.2645	7.5807	-36.1489	14.2192
7	2.4454	0.1278	-0.9963	7.0626	-3.8018	4.0671	0.0326	0.398	-0.1981	-0.041	-0.1569	-0.2339	0.1911	0.5461	0.1243	0.2314	0.036	0.0303	0.3045	-0.0372	0.2036	11.4476	-35.8961	6.9265
8	0.1807	0.0872	-0.1743	1.094	0.1701	0.3361	-0.0165	0.0267	-0.0218	-0.1046	-0.0037	-0.0938	-0.0105	-0.0323	0.0202	0.2357	0.0015	-0.0078	0.2881	-0.0128	0.2591	2.7338	-19.6716	12.6162
9	4.3455	-2.9421	-7.7898	7.9747	4.3306	14.2171	0.3925	-0.27	0.5934	-0.263	0.4528	-1.1166	-0.844	0.5965	-0.8454	0.1888	-0.1137	-0.1077	0.4572	0.0336	0.3406	17.807	-17.452	30.7646
10	0.6768	-0.258	0.2143	0.8067	0.2703	0.2535	0.0355	-0.0291	0.0218	0.0656	-0.0378	-0.0504	0.0935	-0.0076	0.0023	0.2581	-0.0077	-0.0022	0.2899	0.0035	0.2672	1.2646	-26.1065	27.4885
11	2.4161	-0.8523	-1.5871	1.475	1.1905	2.0783	-0.1106	0.0508	-0.1689	0.0484	0.0997	0.1409	0.2927	-0.0059	0.0109	0.3748	-0.0184	0.0328	0.1971	0.0256	0.2239	-9.5749	-40.2538	38.3053
12	3.0888	-0.0638	3.1738	0.027	-0.5681	13.5201	-1.0003	-1.0063	-0.8448	-0.012	0.1556	-0.063	-0.6747	-1.6512	0.8447	0.5587	0.1916	0.3834	0.4896	0.1655	0.4879	-21.2343	-42.318	47.5676
13	2.5467	0.2974	-2.2479	3.1929	3.4939	6.4705	-0.057	0.2395	0.0408	0.2351	-0.1157	0.2482	0.3366	-0.4208	0.1727	0.4436	-0.0421	0.0842	0.1483	0.1547	0.3647	-15.8196	-40.6549	48.4099
14	0.2956	-0.5199	-0.1301	1.3358	-0.1035	0.4238	-0.0488	0.0386	-0.067	0.2403	-0.0149	0.1855	0.0341	0.0253	0.0637	0.3384	-0.03	0.0536	0.2333	0.0068	0.2418	-13.3726	-22.9522	43.1278
15	1.2127	0.1077	-0.1473	0.731	-0.3346	1.38	-0.0231	0.1084	0.0064	0.1626	0.0439	0.2398	0.0601	-0.1883	-0.0208	0.2515	-0.0184	0.0366	0.2577	-0.0055	0.303	-16.0252	-27.4806	26.8347
16	1.2236	-0.0071	-1.3441	1.2093	1.1563	3.7817	0.1195	0.1052	0.1443	0.0202	-0.0039	0.0439	-0.199	-0.1896	-0.1156	0.2891	0.0254	-0.0089	0.2474	0.0536	0.2516	-5.2358	16.8176	16.8078
17	1.8015	0.1854	-1.593	0.9444	-2.1637	5.7599	0.2877	0.1308	0.0857	-0.135	0.0382	0.1053	-0.0117	-0.1865	-0.3259	0.4854	-0.0612	-0.0015	0.1383	0.0785	0.2285	-0.9439	17.3985	4.6603
18	0.0803	0.0699	-0.0122	1.3007	0.2311	0.3298	0.0313	0.0046	0.0373	-0.1397	-0.0094	-0.0513	-0.0657	-0.0033	-0.0219	0.2492	-0.0007	-0.0078	0.2934	0.0128	0.2485	0.7703	0.1308	13.8356
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20	1.5399	0.1689	-0.108	0.6556	0.3088	0.8513	0.0437	0.0642	0.0255	-0.1382	-0.043	-0.0178	-0.0451	-0.1475	-0.0007	0.228	0.0231	-0.0185	0.2913	0.0201	0.2613	-12.2882	3.6563	23.2021
21	2.0711	0.1549	0.1313	0.9687	0.9594	1.0318	0.0517	0.0034	-0.0745	0.0254	-0.077	0.0483	0.1677	-0.1584	0.0253	0.3154	-0.0506	0.0042	0.2482	0.0193	0.2276	4.059	-32.2237	96.8014
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26	1.1112	-0.0751	-0.471	1.8341	0.9263	2.0641	-0.0038	0.0783	0.1408	-0.2093	0.1038	-0.0241	-0.2865	-0.062	-0.0999	0.2922	-0.0169	0.0019	0.2573	0.0216	0.2403	27.5664	15.0572	68.272
27	1.0757	-2.2826	-1.3075	17.3881	6.8599	5.8472	0.1493	0.0313	0.1167	-0.6266	-0.0046	0.0335	-0.0781	-0.3735	-0.1447	0.3751	-0.0524	0.0056	0.241	0.045	0.1563	28.1219	16.4706	55.1837
28	0.9254	-1.2822	-0.27	3.0778	-0.7264	1.1511	-0.0457	0.0247	0.1289	-0.243	0.0173	-0.2994	0.1348	0.1222	0.0283	0.3149	-0.0897	0.0896	0.2921	-0.0315	0.225	36.4491	4.8292	58.9519
29	0.907	1.2322	0.1009	1.7197	0.1469	0.1457	-0.2234	0.0591	-0.0402	-0.4008	0.1188	-0.1013	-0.0326	0.0655	0.1045	0.3417	0.0026	0.0123	0.2603	-0.0243	0.2609	24.7943	-3.097	62.0709
30	0.2027	-0.15	-0.1397	0.5928	-0.152	0.3459	-0.0346	-0.0769	0.0315	-0.1554	-0.0111	-0.0495	0.0187	-0.0072	0.0457	0.2656	0.0063	-0.0011	0.2747	0.0052	0.2574	20.6901	0.1781	71.4162
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32	1.3522	1.3593	0.1822	2.717	2.3543	3.6224	0.3053	-0.0459	0.1731	0.5038	-0.1439	0.1237	0.132	-0.0036	-0.1614	0.4378	-0.0571	0.0545	0.1999	-0.0624	0.2569	9.5257	21.1555	103.9393
33	0.0912	0.245	-0.1137	1.2943	-0.1088	0.2221	0.0572	0.0088	0.0243	0.1907	-0.0782	0.0531	-0.0287	-0.0093	0.0211	0.2588	-0.012	0.0018	0.2859	-0.0227	0.2641	9.3953	3.8111	96.4723
34	10.6401	-4.3015	-4.1374	15.7158	12.4329	11.8831	-0.5795	-1.326	-0.5715	1.7564	0.7209	-0.3423	0.9042	0.8209	-0.1414	0.4042	0.0241	-0.0756	0.48	0.1692	0.0931	31.7861	1.3676	101.3841
35	1.5207	-0.2412	-0.1974	0.1599	-0.0015	0.7632	-0.0554	-0.1014	0.0098	0.0474	0.0059	0.0078	-0.0126	0.098	0.0495	0.2387	-0.0202	-0.0157	0.2959	-0.0009	0.2559	21.9836	6.6843	87.0032
36	1.3659	0.1857	-1.5211	2.0547	-0.2902	1.7015	-0.2078	-0.121	-0.0613	-0.0301	0.1482	-0.0848	0.2662	0.1279	0.0596	0.3332	0.0225	-0.007	0.2179	-0.0014	0.2505	17.6154	-38.3782	76.3488
37	1.017	-1.9021	0.3545	4.5399	-0.4698	2.7362	-0.0888	-0.0305	0.0189	-0.4682	0.1677	-0.5612	0.2442	0.0848	-0.0789	0.492	0.0053	0.237	0.1568	-0.1164	0.3809	24.5156	-38.7078	64.4481
38	0.1489	0.2572	-0.1131	0.7142	-0.0183	0.4056	-0.0236	-0.0642	-0.0427	-0.1791	-0.0213	-0.1557	0.0402	-0.0138	0.0449	0.3156	0.0268	0.0447	0.2352	0.0128	0.2646	22.5084	-20.795	71.1026
39	0.8559	-1.4629	-3.2089	2.5325	5.5651	12.2437	0.231	-0.1796	0.2375	-0.2687	0.4896	-0.3906	-0.5666	0.9938	-0.7206	0.0857	0.0966	0.1477	0.5557	-0.0108	0.6108	37.434	-22.7571	88.4656
40	0.4238	0.144	-0.4484	0.5174	-0.0261	0.7725	0.0564	-0.1196	0.0397	-0.0631	-0.1249	-0.117	0.1177	-0.0148	0.0685	0.2861	0.0001	0.0047	0.2746	0.0061	0.2714	18.8558	-25.3432	85.465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	54 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	68 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	104 - 208
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	209 - 262
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	6 - 56
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	57 - 79
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	80 - 202
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	203 - 221
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	222 - 262
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	6 - 44
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	45 - 60
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	61 - 78
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	79 - 200
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	201 - 262
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	6 - 46
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	47 - 79
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	80 - 201
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	202 - 221
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	222 - 262
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	6 - 33
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	34 - 79
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	80 - 202
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	203 - 221
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	222 - 262
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	6 - 47
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	48 - 64
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	65 - 89
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	90 - 116
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	117 - 262
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	6 - 44
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	45 - 86
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	87 - 200
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	201 - 221
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	222 - 262
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	6 - 43
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	44 - 90
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	91 - 202
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	203 - 221
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	222 - 262

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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