PDB-4dmc: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the E153...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dmc

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the E153Q mutation

要素

Putative hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Alpha Beta Hydrolase / Epoxide Hydrolase / secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Bahl, C.D. / Madden, D.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Visualizing the Mechanism of Epoxide Hydrolysis by the Bacterial Virulence Enzyme Cif.
著者: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Morisseau, C. / Gerber, S.A. / Madden, D.R.

履歴

登録	2012年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.2	2016年2月24日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dmc.cif.gz	477.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dmc.ent.gz	391.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dmc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dnfC 4dnoC 4ehbC 4eusC 3kd2S 3kda 3pi6 4dln 4dm7 4dmf 4dmh 4dmk 4dmo S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tnq-2 5hk9-1 5hk9-2 4dmk-1 4dm7-1 5tnm-1 5tnk-2 4dmk-2 5tnf-1 4dnf-1 4dm7-2 3kda-2 5tnl-1 5tnh-2 4dno-1 3pi6-1 5hkb-1 5tni-2 5tne-1 5tnj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.385, 83.948, 89.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.36, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-597- HOH

#1: タンパク質	Putative hydrolase 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 断片: Cif (UNP Residues 25-319) / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 870 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 14% PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月31日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→46.13 Å / Num. all: 144645 / Num. obs: 140472 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 7.5 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.66→1.7 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 71953 / R_sym value: 0.564 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: CHAIN A OF PDB ENTRY 3KD2

3kd2

解像度: 1.66→36.265 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.85 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	7020	5 %	thin shells
R_work	0.1812	-	-	-
obs	0.1825	140462	97.15 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.056 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.6332 Å²	-0 Å²	-0.3842 Å²
2-	-	-2.0996 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.7328 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→36.265 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9452	0	0	870	10322

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9796
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.028	13296
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.163	3576
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1365
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1751

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.66-1.6789	0.2273	346	0.1928	4268	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6789-1.6986	10000000	0	0.1901	4608	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6986-1.7193	0.2377	341	0.1916	4214	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7193-1.7411	0.2232	346	0.1883	4262	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7411-1.764	10000000	0	0.1921	4601	X-RAY DIFFRACTION	96
1.764-1.7882	0.2222	349	0.1824	4280	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7882-1.8137	0.2223	352	0.1743	4255	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8137-1.8408	10000000	0	0.176	4638	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8408-1.8696	0.2159	347	0.1751	4277	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8696-1.9002	0.1992	348	0.1766	4267	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9002-1.933	10000000	0	0.1731	4653	X-RAY DIFFRACTION	97
1.933-1.9681	0.2137	349	0.1744	4294	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9681-2.006	0.2087	348	0.1777	4333	X-RAY DIFFRACTION	97
2.006-2.0469	10000000	0	0.1798	4690	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0469-2.0914	0.2235	342	0.1798	4297	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0914-2.1401	0.2161	349	0.1747	4311	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1401-2.1936	10000000	0	0.1793	4690	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1936-2.2529	0.2079	351	0.1742	4283	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2529-2.3191	0.1985	354	0.17	4363	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3191-2.394	10000000	0	0.1735	4674	X-RAY DIFFRACTION	98
2.394-2.4795	0.2117	355	0.1743	4404	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4795-2.5788	0.2012	357	0.1777	4315	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5788-2.6961	10000000	0	0.1797	4747	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6961-2.8382	0.1877	353	0.1738	4369	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8382-3.0159	0.2089	356	0.1832	4374	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0159-3.2487	10000000	0	0.182	4792	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2487-3.5753	0.1836	361	0.1654	4397	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5753-4.0921	0.1698	358	0.164	4467	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0921-5.1532	10000000	0	0.1435	4786	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1532-36.2737	0.1983	358	0.186	4533	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4162	-0.0176	0.0286	0.4003	0.006	0.338	0.0155	-0.0008	0.1145	0.0098	-0.0254	-0.052	-0.0551	0.019	0.0072	0.0416	0.003	0.0063	0.0332	-0.0014	0.057	5.7964	29.8546	27.1348
2	0.6033	-0.2089	-0.0235	0.4573	0.093	0.2821	0.0062	0.022	-0.0397	-0.0174	0.0051	-0.0662	0.0346	-0.0051	-0.0063	0.0404	0.0245	0.0077	0.0336	-0.0007	0.0216	14.7372	-9.7149	15.7808
3	0.441	-0.0412	0.0515	0.3618	0.0075	0.434	0.0182	-0.0363	-0.0769	0.0209	-0.0211	0.0469	0.061	-0.03	0.0024	0.0434	0.0034	0.0005	0.0365	0.0072	0.0367	-21.9889	-2.8275	27.312
4	0.6693	-0.3259	-0.0099	0.5945	-0.1128	0.2902	-0.013	0.0154	0.0944	-0.0365	0.0156	0.0334	-0.0493	0.0007	0.0065	0.0344	0.0231	-0.0163	0.0281	0.0055	0.057	-30.9728	36.7	15.7321

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:320)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:320)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:320)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:320)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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