PDB-4dm7: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the E153...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dm7

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif with the E153D mutation

要素

Putative hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Alpha Beta Hydrolase / Epoxide Hydrolase / secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Bahl, C.D. / Madden, D.R.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Inhibiting an Epoxide Hydrolase Virulence Factor from Pseudomonas aeruginosa Protects CFTR.
著者: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Bomberger, J.M. / Stanton, B.A. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2012年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.2	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dm7.cif.gz	474.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dm7.ent.gz	389.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dm7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dm7_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dm7_full_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示
XML形式データ	4dm7_validation.xml.gz	50.8 KB	表示
CIF形式データ	4dm7_validation.cif.gz	75 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dm7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dm7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dlnC 4dmfC 4dmhC 4dmkC 4yx9C 3kd2S 3kda 3pi6 4dmc 4dmo 4dnf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hka-1 3kda-2 5hk9-1 4dnf-1 4dmh-1 4dmc-1 5tnf-1 5tni-2 5tne-1 5hka-2 5tnq-1 5tnh-2 5tnj-1 3pi6-1 4dmk-2 4dmc-2 5hkb-1 5tnp-1 5tnf-2 5tnd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative hydrolase

B: Putative hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative hydrolase

D: Putative hydrolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.353, 84.138, 89.166
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.48, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-587- HOH
2	1	A-656- HOH
3	1	C-626- HOH

#1: タンパク質	Putative hydrolase 分子量: 34150.676 Da / 分子数: 4 / 断片: Cif (UNP Residues 25-319) / 変異: E153D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 987 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 14% PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9782 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月2日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9782 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.36→44.07 Å / Num. all: 261685 / Num. obs: 258302 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.8 % / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.36→1.45 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 44425 / R_sym value: 0.454 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: CHAIN A OF PDB ENTRY 3KD2

3kd2

解像度: 1.36→43.662 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.52 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	12908	5 %	thin shells
R_work	0.2118	-	-	-
obs	0.2124	258287	98.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.751 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2833 Å²	-0 Å²	-0.0509 Å²
2-	-	-0.6076 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.8909 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→43.662 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9402	0	0	987	10389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9751
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	13244
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.336	3556
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1366
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1743

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.36-1.3755	0.2653	633	0.2389	7746	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3755-1.3916	10000000	0	0.2342	8532	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3916-1.4086	0.2465	635	0.2274	7822	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4086-1.4264	0.2414	640	0.2257	7858	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4264-1.4452	10000000	0	0.2209	8470	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4452-1.465	0.2294	640	0.2094	7864	X-RAY DIFFRACTION	98
1.465-1.4859	0.2362	641	0.2168	7878	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4859-1.5081	10000000	0	0.2151	8468	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5081-1.5317	0.2409	640	0.2077	7948	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5317-1.5568	0.2361	637	0.2041	7895	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5568-1.5837	10000000	0	0.2056	8543	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5837-1.6125	0.2358	648	0.2003	7903	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6125-1.6435	0.2197	643	0.1966	7933	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6435-1.677	10000000	0	0.1939	8599	X-RAY DIFFRACTION	99
1.677-1.7135	0.2199	651	0.1924	7969	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7135-1.7533	0.2181	642	0.1961	7927	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7533-1.7972	10000000	0	0.1947	8619	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7972-1.8458	0.208	649	0.187	8005	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8458-1.9001	0.2124	649	0.195	7941	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9001-1.9614	10000000	0	0.1941	8657	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9614-2.0315	0.2067	653	0.1939	8020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0315-2.1129	0.2078	644	0.1927	8036	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1129-2.209	10000000	0	0.197	8677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.209-2.3255	0.2145	653	0.1916	8058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3255-2.4712	0.2155	654	0.1998	8080	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4712-2.6619	10000000	0	0.2024	8697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6619-2.9298	0.2122	654	0.205	8085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9298-3.3536	0.2127	652	0.2079	8125	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3536-4.2246	10000000	0	0.1971	8789	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2246-43.6845	0.1939	650	0.2178	8235	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3876	-0.042	0.0055	0.3429	-0.0228	0.2827	0.0218	0.0285	0.0601	-0.0158	-0.0198	0.034	-0.0307	-0.0072	0	0.0393	-0.0023	0.0033	0.0401	0.0083	0.0409	-5.8453	-37.2415	-27.0427
2	0.526	0.1978	-0.0331	0.4355	-0.1099	0.2731	0.0091	-0.0212	-0.021	0.0223	0.0061	0.0713	0.0417	-0.0168	0	0.0424	-0.0192	0.0058	0.0387	0.0045	0.0338	-14.6969	-76.6236	-15.6315
3	0.3861	-0.022	0.049	0.2589	0.0262	0.3158	0.0239	0.0373	-0.0546	-0.0091	-0.018	-0.0226	0.0375	0.0103	-0	0.0387	-0.0027	0.0005	0.0372	-0.0092	0.0309	22.0442	-70.1291	-27.2248
4	0.4761	0.212	0.0538	0.4791	0.0894	0.3	0.0029	-0.0246	0.0576	0.0393	0.0012	-0.0436	-0.0413	0.0172	0	0.0426	-0.0191	-0.0093	0.04	-0.0046	0.0516	30.8881	-30.6836	-15.6301

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:320)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:318)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:320)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:317)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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