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万見
- PDB-4di1: Crystal structure of enoyl-CoA hydratase EchA17 from Mycobacteriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4di1
タイトルCrystal structure of enoyl-CoA hydratase EchA17 from Mycobacterium marinum
要素Enoyl-CoA hydratase EchA17
キーワードLYASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / tuberculosis / ortholog / marine parasite / fatty acid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enoyl-CoA hydratase EchA17
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium marinum (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2012年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase EchA17
B: Enoyl-CoA hydratase EchA17
C: Enoyl-CoA hydratase EchA17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4544
ポリマ－87,3923
非ポリマー621
水6,269348
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area26610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.870, 87.500, 107.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA2 - 23523 - 256
21ALAALABB2 - 23523 - 256
12GLNGLNAA2 - 23823 - 259
22GLNGLNCC2 - 23823 - 259
13ALAALABB2 - 23523 - 256
23ALAALACC2 - 23523 - 256

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase EchA17


分子量: 29130.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア)
株: BAA-535/M / 遺伝子: echA17, MMAR_1662 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HHI0
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MymaA.00358.f.A1 at 47.5 mg/mL against PACT C10 focus screen, 0.2 M MgCl2, 30% PEG 6000, 0.1 M Hepes pH 7.5, 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 219914f12, VAPOR ...詳細: MymaA.00358.f.A1 at 47.5 mg/mL against PACT C10 focus screen, 0.2 M MgCl2, 30% PEG 6000, 0.1 M Hepes pH 7.5, 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 219914f12, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月22日 / 詳細: VariMax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 35070 / Num. obs: 34771 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 27.718 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 12.14
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.25-2.310.5313.39110322537199.2
2.31-2.370.4743.87109432473199.2
2.37-2.440.44.49106362405199.3
2.44-2.520.3794.73104772351199.4
2.52-2.60.3265.47101652260199.4
2.6-2.690.3025.8899812212199.5
2.69-2.790.2816.1895542098199.5
2.79-2.90.2416.9695702078199.4
2.9-3.030.27.9590691962199.7
3.03-3.180.1589.6388481902199.6
3.18-3.350.12812.0783661807199.8
3.35-3.560.09316.9878201703199.5
3.56-3.80.07221.9273031606199.1
3.8-4.110.0626.3667601490199.3
4.11-4.50.05328.9763951399198.9
4.5-5.030.05228.4157291254199.1
5.03-5.810.07220.7951371118198.2
5.81-7.120.069214365953198.2
7.12-10.060.03140.143260739196.6
10.06-500.02349.411715424191.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å45.77 Å
Translation3 Å45.77 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDb entry 3H81

3h81


解像度: 2.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / WRfactor Rfree: 0.1847 / WRfactor Rwork: 0.1525 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8553 / SU B: 11.191 / SU ML: 0.144 / SU R Cruickshank DPI: 0.3063 / SU Rfree: 0.2153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2283 1747 5 %RANDOM
Rwork0.1852 ---
obs0.1874 34770 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.75 Å2 / Biso mean: 20.5393 Å2 / Biso min: 4.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5177 0 4 348 5529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195312
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.9697242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.30138443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5795722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.3622.694219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.75315779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4991554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021133
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: RESTRAINTS / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A73240.1
12B73240.1
21A72240.1
22C72240.1
31B72910.07
32C72910.07
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 116 -
Rwork0.248 2239 -
all-2355 -
obs--99.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0873-0.13210.18430.7298-0.0960.6004-0.0203-0.00250.01990.01540.0197-0.0096-0.05510.03620.00070.0061-0.0003-0.00530.03660.00220.0436-24.169167.158443.4966
20.2364-0.2131-0.2830.21430.24770.8817-0.0389-0.01450.00990.04790.01-0.01040.0740.08630.02880.03090.0183-0.00690.02950.00930.0224-18.783339.860924.5226
30.1282-0.1306-0.11170.62980.3740.4850.0265-0.00430.0114-0.11280.0171-0.0726-0.05990.0115-0.04360.04480.0150.02310.0184-0.00030.0209-24.702368.960610.5131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 239
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 236
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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