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- PDB-4fnb: Crystal structure of the Mtb enoyl CoA isomerase (Rv0632c) in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fnb
タイトルCrystal structure of the Mtb enoyl CoA isomerase (Rv0632c) in complex with hydroxybutyrl CoA
要素Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / crotonase superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-HYDROXYBUTANOYL-COENZYME A / Enoyl-CoA hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bruning, J.B. / Gao, N. / Hernandez, E.D. / Li, H. / Dang, N. / Hung, L.W. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure and Mechanism of the Prokaryotic Enoyl CoA Isomerase
著者: Bruning, J.B. / Gao, N. / Hernandez, E.D. / Li, H. / Dang, N. / Hung, L.W. / Moran, S. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2012年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6095
ポリマ－24,4671
非ポリマー1,1424
水4,197233
1
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,82615
ポリマ－73,4013
非ポリマー3,42512
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area7200 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area27450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.136, 70.136, 151.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

SO4

21A-303-

SO4

31A-304-

SO4

41A-539-

HOH

51A-575-

HOH

61A-609-

HOH

71A-617-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein / Enoyl-coA hydratase homolog / PROBABLE ENOYL-CoA HYDRATASE ECHA3 (ENOYL HYDRASE) (UNSATURATED ACYL- ...Enoyl-coA hydratase homolog / PROBABLE ENOYL-CoA HYDRATASE ECHA3 (ENOYL HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-CoA HYDRATASE) (CROTONASE)


分子量: 24466.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: echA3, MT0660, Rv0632c / プラスミド: pvp16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P96907, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-3HC / 3-HYDROXYBUTANOYL-COENZYME A / 3-HYDROXYBUTYRYL-COENZYME A / (S)-3-ヒドロキシブチリルコエンザイムA


分子量: 853.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H42N7O18P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.96 % / 数: 125417 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.92 / D res high: 1.8 Å / D res low: 35.07 Å / Num. obs: 20872 / % possible obs: 98.3
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
3.8835.07990.0330.696.86189
3.083.881000.0430.717.246
2.693.081000.0630.79767
2.442.691000.0880.886.9673
2.272.4499.90.1150.956.89126
2.132.2799.70.1461.046.82168
2.032.1399.50.2011.176.88169
1.942.0399.20.2481.164.7781
1.861.9496.60.2991.163.218
1.81.8688.20.3511.172.245
反射解像度: 1.8→35.07 Å / Num. all: 20872 / Num. obs: 20872 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.96 % / Biso Wilson estimate: 20.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.862.240.3512.2188.2
1.86-1.943.20.2993.1196.6
1.94-2.034.770.2484.2199.2
2.03-2.136.880.2016.1199.5
2.13-2.276.820.1468.1199.7
2.27-2.446.890.1159.6199.9
2.44-2.696.960.08812.41100
2.69-3.0870.06317.21100
3.08-3.887.20.04325.21100
3.88-35.076.860.03331.1199

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.9Lデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FN7 subunit A

4fn7


解像度: 1.8→35.07 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.64 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 1077 5.17 %
Rwork0.187 --
obs0.189 20850 98.2 %
all-20850 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.7 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9704 Å2-0 Å20 Å2
2---0.9704 Å20 Å2
3---1.9409 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1710 0 69 233 2012
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071810
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.052461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.533685
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.016313
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.88190.30321200.25042179X-RAY DIFFRACTION90
1.8819-1.98110.25361280.20362409X-RAY DIFFRACTION98
1.9811-2.10530.21321400.18752446X-RAY DIFFRACTION99
2.1053-2.26780.25791240.17332480X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.49590.22361630.1682460X-RAY DIFFRACTION100
2.4959-2.8570.19621440.17162502X-RAY DIFFRACTION100
2.857-3.59890.19361230.16072572X-RAY DIFFRACTION100
3.5989-35.07480.19971350.1892725X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0324-0.11630.0230.78-0.02850.24650.00980.0445-0.02190.0060.00190.2846-0.0248-0.138-0.00880.11640.0008-00.1670.00730.2047-31.80272.479820.0045
20.1862-0.04660.06720.08-0.09470.1816-0.00950.0272-0.072-0.07630.05190.04360.0796-0.0194-0.06460.1768-0.0381-0.00480.1441-0.00490.1565-26.5318-10.903216.1126
30.08350.07130.01060.3319-0.23420.2208-0.01660.0052-0.01530.04390.0111-0.0427-0.04910.02170.00330.11650.0017-0.00360.1184-0.00610.1145-13.859-4.73420.5254
40.45910.08220.08710.24960.00570.02240.0811-0.1368-0.01490.0914-0.05920.0549-0.0155-0.06060.00460.1643-0.0050.01040.1428-0.02430.0827-20.81796.861433.7254
50.4004-0.00280.16180.0256-0.04030.1265-0.04510.01820.14170.01040.0456-0.0074-0.0904-0.00220.04360.15370.0108-0.01820.1584-0.00440.1537-14.723314.992415.3554
60.272-0.01790.01690.8382-0.08870.01890.04540.2798-0.0233-0.4017-0.0371-0.1491-0.0119-0.10460.02020.21490.01640.01180.2173-0.03250.1089-15.7573-6.77823.6374
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 0:48)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 49:81)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 82:177)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 178:193)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 194:211)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 212:231)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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