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- PDB-1szo: Crystal Structure Analysis of the 6-Oxo Camphor Hydrolase His122A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1szo
タイトルCrystal Structure Analysis of the 6-Oxo Camphor Hydrolase His122Ala Mutant Bound to Its Natural Product (2S,4S)-alpha-Campholinic Acid
要素6-oxocamphor hydrolase
キーワードHYDROLASE / Enzyme-Product Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


6-oxocamphor hydrolase / hydrolase activity, acting on acid carbon-carbon bonds, in ketonic substances
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CAX / 6-oxocamphor hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. NCIMB 9784 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Leonard, P.M. / Grogan, G.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure of 6-oxo camphor hydrolase H122A mutant bound to its natural product, (2S,4S)-alpha-campholinic acid: mutant structure suggests an atypical mode of transition state binding ...タイトル: Structure of 6-oxo camphor hydrolase H122A mutant bound to its natural product, (2S,4S)-alpha-campholinic acid: mutant structure suggests an atypical mode of transition state binding for a crotonase homolog.
著者: Leonard, P.M. / Grogan, G.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The 2- Crystal Structure of 6-Oxo Camphor Hydrolase. NEW STRUCTURAL DIVERSITY IN THE CROTONASE SUPERFAMILY.
著者: Whittingham, J.L. / Turkenburg, J.P. / Verma, C.S. / Walsh, M.A. / Grogan, G.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The Desymmetrization of Bicyclic beta-Diketones by an Enzymatic Retro-Claisen Reaction. A NEW REACTION OF THE CROTONASE SUPERFAMILY.
著者: Grogan, G. / Roberts, G.A. / Bougioukou, D. / Turner, N.J. / Flitsch, S.L.
#3: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2001
タイトル: An Asymmetric Enzyme-Catalysed Retro-Claisen Reaction for the Desymmetrisation of Cyclic beta-Diketones.
著者: Grogan, G. / Graf, J. / Jones, A. / Parsons, S. / Turner, N.J. / Flitsch, S.L.
履歴
登録2004年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-oxocamphor hydrolase
B: 6-oxocamphor hydrolase
C: 6-oxocamphor hydrolase
D: 6-oxocamphor hydrolase
E: 6-oxocamphor hydrolase
F: 6-oxocamphor hydrolase
G: 6-oxocamphor hydrolase
H: 6-oxocamphor hydrolase
I: 6-oxocamphor hydrolase
J: 6-oxocamphor hydrolase
K: 6-oxocamphor hydrolase
L: 6-oxocamphor hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,74928
ポリマ－341,35412
非ポリマー2,39516
水34,7511929
1
A: 6-oxocamphor hydrolase
B: 6-oxocamphor hydrolase
C: 6-oxocamphor hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9377
ポリマ－85,3393
非ポリマー5994
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8790 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area26110 Å2
手法PISA
2
D: 6-oxocamphor hydrolase
E: 6-oxocamphor hydrolase
F: 6-oxocamphor hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9377
ポリマ－85,3393
非ポリマー5994
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area26360 Å2
手法PISA
3
G: 6-oxocamphor hydrolase
H: 6-oxocamphor hydrolase
I: 6-oxocamphor hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9377
ポリマ－85,3393
非ポリマー5994
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9010 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area26250 Å2
手法PISA
4
J: 6-oxocamphor hydrolase
K: 6-oxocamphor hydrolase
L: 6-oxocamphor hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9377
ポリマ－85,3393
非ポリマー5994
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8890 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area25970 Å2
手法PISA
5
G: 6-oxocamphor hydrolase
H: 6-oxocamphor hydrolase
I: 6-oxocamphor hydrolase
J: 6-oxocamphor hydrolase
K: 6-oxocamphor hydrolase
L: 6-oxocamphor hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,87514
ポリマ－170,6776
非ポリマー1,1988
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28070 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area41880 Å2
手法PISA
6
A: 6-oxocamphor hydrolase
B: 6-oxocamphor hydrolase
C: 6-oxocamphor hydrolase
D: 6-oxocamphor hydrolase
E: 6-oxocamphor hydrolase
F: 6-oxocamphor hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,87514
ポリマ－170,6776
非ポリマー1,1988
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28000 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area41970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.280, 132.008, 135.424
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a trimer, of which there are four complete copies in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
6-oxocamphor hydrolase


分子量: 28446.172 Da / 分子数: 12 / 変異: H122A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus sp. NCIMB 9784 (バクテリア)
遺伝子: camK / プラスミド: pET-26b (Novagen) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q93TU6
#2: 化合物
ChemComp-CAX / (2S,4S)-4-(2,2-DIHYDROXYETHYL)-2,3,3-TRIMETHYLCYCLOPENTANONE / (2S,4S)-ALPHA-CAMPHOLINIC ACID


分子量: 186.248 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18O3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1929 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG MME 2000, calcium acetate, MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月15日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 229538 / Num. obs: 229538 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 19032 / Rsym value: 0.241 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1O8U

1o8u


解像度: 1.9→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 11502 -Random
Rwork0.164 ---
all0.165 218036 --
obs0.164 218036 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å20 Å2-0.3 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3---0.68 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.13 Å0.147 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23195 0 160 1929 25284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.663
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.018
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.947 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.258 828
Rwork0.201 -
obs-15878

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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