PDB-4bal: Thaumatin from Thaumatococcus daniellii structure in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bal

タイトル

Thaumatin from Thaumatococcus daniellii structure in complex with the europium tris-hydroxymethyltriazoledipicolinate complex at 1.30 A resolution.

要素

THAUMATIN-1

キーワード

PLANT PROTEIN / CLICK-CHEMISTRY / ANOMALOUS SCATTERING / DE NOVO PHASING / EXPERIMENTAL PHASING / DIPICOLINATE

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

THAUMATOCOCCUS DANIELLII (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.298 Å

データ登録者

Talon, R. / Kahn, R. / Gautier, A. / Nauton, L. / Girard, E.

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2012
タイトル: Clicked Europium Dipicolinate Complexes for Protein X-Ray Structure Determination.
著者: Talon, R. / Nauton, L. / Canet, J.-L. / Kahn, R. / Girard, E. / Gautier, A.

履歴

登録	2012年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月28日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月1日	Group: Database references
改定 1.3	2019年3月6日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bal.cif.gz	113.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bal.ent.gz	87.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bal.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bal_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bal_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4bal_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	4bal_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4bal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4bal	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4badC 4bafC 4bapC 4barSC 1lr2 1lr3 1lxz 1ly0 1pp3 1rqw 1thi 1thu 1thv 1thw 2a7i 2blr 2blu 2d8o 2d8p 2vhk 2vhr 2vi1 2vi2 2vi3 2vi4 2vu6 2vu7 2wbz 4axr 4axu 6coa S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5inm-3 5hpj-d 3wyz-d 3w3e-1 3ico-2 2bkv-2 5lw6-d 3ico-1 1a2q-d 4hz5-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: THAUMATIN-1

ヘテロ分子

23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.988, 57.988, 150.184
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1210- HM6
2	1	A-1211- EU3

#1: タンパク質	THAUMATIN-1 / THAUMATIN I / TDTHAU 分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SIGMA-ALDRICH POWDER, CATALOG REFERENCE T7638 / 由来: (天然) THAUMATOCOCCUS DANIELLII (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-HM6 / 4-(4-(hydroxymethyl)-1h-1,2,3-triazol-1-yl)pyridine-2,6-dicarboxylic acid / HYDROXYMETHYLTRIAZOLE DIPICOLINIC ACID / 4-[4-(ヒドロキシメチル)-1H-1,2,3-トリアゾ-ル-1-イル]ピリジン-2,6-ジカルボン酸分子量: 264.194 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₈N₄O₅
#3: 化合物	ChemComp-EU3 / EUROPIUM (III) ION 分子量: 151.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 6.5, 0.3-0.9 SODIUM POTASSIUM TARTRATE, 0.0006 M PROTEIN, 0.010 M LANTHANIDE COMPLEX, 293 K, 5 DAYS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月27日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: EITHER 111 OR 311 SILICON SINGLE CRISTALS プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→45.9 Å / Num. obs: 64239 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 10 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS	JANUARY 30 2009	データ削減
SCALA	3.316	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BAR

4bar

解像度: 1.298→28.994 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.87 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ACCORDING TO THE HIGH RESOLUTION, ANISOTROPIC ADP REFINEMENT WAS APPLIED FOR ALL ATOMS. LIGANDS OCCUPANCIES WERE FIXED ACCORDING TO THE LANTHANIDE ION OCCUPANCY.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1574	3207	5 %
R_work	0.135	-	-
obs	0.1362	64138	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.309 Å² / k_sol: 0.399 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3483 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3483 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6966 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.298→28.994 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1551	0	58	376	1985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1695
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.268	2295
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.42	642
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	235
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	306

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2983-1.3177	0.2113	134	0.1946	2554	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3177-1.3382	0.2226	137	0.1711	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3382-1.3602	0.1853	137	0.1666	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3602-1.3836	0.1772	137	0.1488	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3836-1.4088	0.1857	137	0.1415	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4088-1.4359	0.1506	137	0.1303	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4359-1.4652	0.157	139	0.1215	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4652-1.4971	0.1578	137	0.1129	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4971-1.5319	0.149	138	0.1086	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5319-1.5702	0.1177	138	0.1028	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5702-1.6126	0.1238	139	0.0961	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6126-1.6601	0.1456	138	0.0999	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6601-1.7137	0.1268	138	0.0994	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7137-1.7749	0.1352	139	0.1046	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7749-1.846	0.1473	138	0.1089	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.846-1.93	0.1305	140	0.1103	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2.0317	0.1068	140	0.1101	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0317-2.1589	0.1551	140	0.1209	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1589-2.3256	0.1474	141	0.1246	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3256-2.5595	0.1568	141	0.1427	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5595-2.9295	0.1835	144	0.1525	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9295-3.6897	0.161	144	0.1519	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6897-29.0012	0.1839	154	0.1699	2918	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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