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万見
- PDB-1rqw: Thaumatin Structure at 1.05 A Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rqw
タイトルThaumatin Structure at 1.05 A Resolution
要素thaumatin I
キーワードPLANT PROTEIN / thaumatin / x-ray structure
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能
Thaumatin / Thaumatin / Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Thaumatin I
類似検索 - 構成要素
生物種Thaumatococcus daniellii (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Ma, Q. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Thaumatin Structure at 1.05 A Resolution
著者: Ma, Q. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録2003年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年4月25日Group: Structure summary
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: thaumatin I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3932
ポリマ－22,2431
非ポリマー1501
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.847, 57.847, 150.125
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1282-

HOH

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要素

#1: タンパク質 thaumatin I


分子量: 22243.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THERE ARE TWO ISOFORMS OF THAUMATION, I AND II. LYS46 FROM THE FORM I IS USED BECAUSE THE ...THERE ARE TWO ISOFORMS OF THAUMATION, I AND II. LYS46 FROM THE FORM I IS USED BECAUSE THE CRYSTALLIZATION MATERIAL CONTAINS A MIXTURE OF LYS AND ASN. ASP IS USED AT POSITION 113 AS SUGGESTED BY KO ET AL., ACTA CRYST. D50,813(1994)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.8
詳細: Drop: 4ul 40mg/ml thaumatin (in DTNB saturated ddH2O) + 2ul well solution [0.05M ADA pH6.8, 0.6M potassium sodium tartrate (whose 2M stock soution is saturated with DTNB), 20% Glycerol, VAPOR ...詳細: Drop: 4ul 40mg/ml thaumatin (in DTNB saturated ddH2O) + 2ul well solution [0.05M ADA pH6.8, 0.6M potassium sodium tartrate (whose 2M stock soution is saturated with DTNB), 20% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.80

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE M06X / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月10日 / 詳細: OSMIC BLUE CONFOCAL MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→160 Å / Num. obs: 116807 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.1 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 37.8
反射 シェル解像度: 1.05→1.15 Å / 冗長度: 9.25 % / Mean I/σ(I) obs: 7.17 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROTEUM PLUSデータ収集
SAINTデータ削減
SADABSデータ削減
XPREPデータ削減
MOLREP位相決定
SHELXL-97精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
SAINTデータスケーリング
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN HOUSE MODEL

解像度: 1.05→10 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.152 5831 -RANDOM
all0.127 116567 --
obs0.127 -97.6 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 17
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1552 0 10 398 1960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.439
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.063
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.074
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.053
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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