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万見
- PDB-4b9o: The PR0 Photocycle Intermediate of Photoactive Yellow Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b9o
タイトルThe PR0 Photocycle Intermediate of Photoactive Yellow Protein
要素PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / PHOTORECEPTOR / LIGHT SENSOR / CHROMOPHORE SENSORY TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photoactive yellow-protein / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / Photoactive yellow protein
類似検索 - 構成要素
生物種HALORHODOSPIRA HALOPHILA (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Schotte, F. / Cho, H.S. / Kaila, V.R.I. / Kamikubo, H. / Dashdorj, N. / Henry, E.R. / Graber, T.J. / Henning, R. / Wulff, M. / Hummer, G. ...Schotte, F. / Cho, H.S. / Kaila, V.R.I. / Kamikubo, H. / Dashdorj, N. / Henry, E.R. / Graber, T.J. / Henning, R. / Wulff, M. / Hummer, G. / Kataoka, M. / Anfinrud, P.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Watching a Signaling Protein Function in Real Time Via 100-Ps Time-Resolved Laue Crystallography
著者: Schotte, F. / Cho, H.S. / Kaila, V.R.I. / Kamikubo, H. / Dashdorj, N. / Henry, E.R. / Graber, T.J. / Henning, R. / Wulff, M. / Hummer, G. / Kataoka, M. / Anfinrud, P.A.
履歴
登録2012年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22012年12月5日Group: Database references
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0532
ポリマ－13,8891
非ポリマー1641
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.833, 66.833, 40.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 PHOTOACTIVE YELLOW PROTEIN / PYP


分子量: 13888.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HALORHODOSPIRA HALOPHILA (紅色硫黄細菌)
プラスミド: PET16B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.24 % / 解説: NONE
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2.2 M AMMONIUM SULFATE, 1.0 M SODIUM CHLORIDE, AND 10 MM SODIUM DIDEUTERIUM PHOSPHATE, 10 MM DISODIUM DEUTERIUM PHOSPHATE, PH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, MICROSEEDING, TEMPERATURE 295 K

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.96,1.30
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月12日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.961
21.31
反射解像度: 1.6→13.28 Å / Num. obs: 10605 / % possible obs: 0.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 11.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 0.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.6→13.285 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.38 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THIS STRUCTURE REPRESENTS A TRANSIENT STATE PROTEIN ENTERS UPON BLUE LIGHT ACTIVATION, PERSISTING FOR 600 PICOSECONDS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2928 397 4 %
Rwork0.2211 --
obs0.2239 10036 72.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.927 Å2 / ksol: 0.114 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1216 Å20 Å20 Å2
2---0.1216 Å20 Å2
3---0.2432 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→13.285 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数976 0 11 80 1067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1891359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.068367
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007180
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6001-1.83120.4422920.36512404X-RAY DIFFRACTION55
1.8312-2.30510.31371540.26113584X-RAY DIFFRACTION81
2.3051-13.28510.25211510.17423651X-RAY DIFFRACTION81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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