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- PDB-4b3p: Structures of HIV-1 RT and RNA-DNA Complex Reveal a Unique RT Con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b3p
タイトルStructures of HIV-1 RT and RNA-DNA Complex Reveal a Unique RT Conformation and Substrate Interface
要素
  • DNA
  • P51 RT
  • REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H
  • RNA
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / HYDROLASE-RNA-DNA COMPLEX / RNASE H / SUBUNIT INTERFACE / HYBRID
機能・相同性
機能・相同性情報


integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / protein processing / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding / viral penetration into host nucleus / host multivesicular body / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell plasma membrane / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase-like, N-terminal ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.839 Å
データ登録者Lapkouski, M. / Tian, L. / Miller, J.T. / Le Grice, S.F.J. / Yang, W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Complexes of HIV-1 RT, Nnrti and RNA/DNA Hybrid Reveal a Structure Compatible with RNA Degradation
著者: Lapkouski, M. / Tian, L. / Miller, J.T. / Le Grice, S.F.J. / Yang, W.
履歴
登録2012年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22013年2月20日Group: Database references
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 2.02023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H
B: P51 RT
D: DNA
R: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9644
ポリマ－136,9644
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10190 Å2
ΔGint-51.7 kcal/mol
Surface area52280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.000, 163.000, 229.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H / REVERSE TRANSCRIPTASE / EXORIBONUCLEASE H / P66 RT / REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT


分子量: 64380.832 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, HIV-1 retropepsin, exoribonuclease H
#2: タンパク質 P51 RT / REVERSE TRANSCRIPTASE / REVERSE TRANSCRIPTASE P51 SUBUNIT


分子量: 52973.785 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, HIV-1 retropepsin
#3: DNA鎖 DNA


分子量: 8962.752 Da / 分子数: 1 / Fragment: PRIMER DNA / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: RNA鎖 RNA


分子量: 10646.402 Da / 分子数: 1 / Fragment: TEMPLATE RNA / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
配列の詳細P66 MUTATIONS S68G, R83K, I411V, N447S, R461K, Y483H, D498A, V559I P51 MUTATIONS S68G, R83K, I411V, ...P66 MUTATIONS S68G, R83K, I411V, N447S, R461K, Y483H, D498A, V559I P51 MUTATIONS S68G, R83K, I411V, N-TERMINAL MRGSHHHHHHGSQL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: RT COMPLEX WAS MIXED WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 50MM SODIUM CACODYLATE PH6.5), 10MM MGCL2, 0.2M KCL, AND 10% PEG4000 (W/V). VAPOR DIFFUSION 4C.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月19日 / 詳細: MIRRORS VERTICAL FOCUSING
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL - SI (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.85→50 Å / Num. obs: 9097 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 185.31 Å2 / Rsym value: 0.16 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 4.85→5.02 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.63 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1RTD, 1FK9

1rtd

1fk9


解像度: 4.839→46.096 Å / SU ML: 1.06 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 50.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4037 430 4.8 %
Rwork0.3644 --
obs0.3663 9023 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 185 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.839→46.096 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7284 878 0 0 8162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80911678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4653196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031328
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.8393-5.53860.49861530.41082761X-RAY DIFFRACTION99
5.5386-6.97410.4241200.4252853X-RAY DIFFRACTION100
6.9741-46.09810.37181570.33152979X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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