PDB-3zqi: Structure of Tetracycline repressor in complex with inducer pepti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zqi

タイトル

Structure of Tetracycline repressor in complex with inducer peptide- TIP2

要素

INDUCER PEPTIDE TIP2
TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

キーワード

TRANSCRIPTION / TETR / PEPTIDIC EFFECTORS / ALLOSTERY

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Sevvana, M. / Goeke, D. / Stoeckle, C. / Kaspar, D. / Grubmueller, S. / Goetz, C. / Wimmer, C. / Berens, C. / Klotzsche, M. / Muller, Y.A. / Hillen, W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: An Exclusive Alpha/Beta Code Directs Allostery in Tetr-Peptide Complexes.
著者: Sevvana, M. / Goetz, C. / Goeke, D. / Wimmer, C. / Berens, C. / Hillen, W. / Muller, Y.A.

履歴

登録	2011年6月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月8日	Group: Other
改定 1.2	2017年3月15日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zqi.cif.gz	195.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zqi.ent.gz	156.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zqi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/3zqi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/3zqi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zqfC 3zqgC 3zqhC 2ns8S 1a6i 1bjz 1ork 1qpi 2tct 2trt 2vke 2vkv 2x6o 2x9d 2xb5 2xgc 2xgd 2xge 2xpu 2xpv 2xpw 2xrl 4d7m 4d7n 4v2f 4v2g C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2w0a-d 1z0x-d 4rtb-d 2xal-2 1al6-d 5zb8-3 5zb8-2 2ogs-d 5o8z-d 5du9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

B: TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

C: INDUCER PEPTIDE TIP2

D: INDUCER PEPTIDE TIP2

ヘテロ分子

51.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.700, 78.560, 103.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D 分子量: 23531.662 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-187,188-208 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: CHIMERIC PROTEIN, RESIDUES 1-187 ARE FROM VARIANT B, RESIDUES 188-208 ARE FROM VARIANT D COMPND 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04483, UniProt: P0ACT4
#2: タンパク質・ペプチド	INDUCER PEPTIDE TIP2 分子量: 2034.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

#1: タンパク質

TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS B FROM TRANSPOSON TN10, TETRACYCLINE REPRESSOR PROTEIN CLASS D

分子量: 23531.662 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-187,188-208 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHIMERIC PROTEIN, RESIDUES 1-187 ARE FROM VARIANT B, RESIDUES 188-208 ARE FROM VARIANT D COMPND
由来: (組換発現)

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04483, UniProt: P0ACT4

#2: タンパク質・ペプチド

INDUCER PEPTIDE TIP2

分子量: 2034.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 452分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 88 TO ASN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 88 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 121 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 144 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 88 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 121 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 144 TO SER

構成要素の詳細

ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 68 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 88 TO ASN ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 0.2 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 7.0, 20% PEG 8000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARRESEARCH MX-225 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 71948 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.28 % / B_iso Wilson estimate: 22 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25.07
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 7.18 % / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 6.74 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NS8

2ns8

解像度: 1.5→24.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 2.127 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19479	3597	5 %	RANDOM
R_work	0.16005	-	-	-
obs	0.16176	68334	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.865 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3456	0	34	445	3935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.021	3651
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.481	1.955	4953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.315	5	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.314	24.033	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.334	15	645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.21	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.168	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.406	1.5	2186
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.315	2	3516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.579	3	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.448	4.5	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.217	256	-
R_work	0.167	4863	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4024	-0.8239	-0.9512	0.825	0.1036	1.2837	0.0809	-0.0238	0.1439	-0.0893	-0.0522	-0.1959	0.0564	0.1545	-0.0287	0.0194	0.0069	0.0217	0.0297	-0.0029	0.0514	11.1748	3.392	-39.016
2	1.0223	-0.3017	-0.2882	0.343	0.1396	0.3515	0.0251	0.0849	-0.0488	-0.0964	-0.0599	0.0075	-0.0053	-0.0452	0.0349	0.0362	0.0058	-0.0052	0.0103	-0.0121	0.0156	-8.8549	6.4287	-38.1833
3	0.3335	0.0233	0.1465	0.1448	0.2265	0.5755	0.0264	0.0059	-0.0278	0.0215	-0.0299	0.0144	0.0452	-0.0327	0.0035	0.0113	-0.0012	-0.0089	0.0038	-0.0022	0.0233	-11.7067	10.6784	-18.5281
4	2.0275	0.1609	2.052	0.0371	0.0564	1.8898	-0.0173	0.1452	0.0039	-0.0145	-0.0238	-0.0535	0.0225	0.1455	0.0412	0.0023	0.0049	0.0132	0.0262	0.0141	0.0423	15.4796	27.4189	-17.9333
5	0.1463	0.0517	0.0338	0.2326	0.0484	0.2708	0.0085	-0.0223	0.0214	-0.0092	-0.0062	-0.008	0.0018	-0.006	-0.0023	0.0072	0.0032	0.004	0.012	0.0027	0.0194	-5.6388	21.7655	-17.4696
6	0.5167	0.3176	-0.5623	0.3678	-0.0273	1.6413	0.0833	0.0057	0.1411	-0.0608	-0.1259	0.1788	-0.1382	-0.1865	0.0426	0.0316	0.0452	-0.0242	0.0475	-0.0213	0.0587	-20.3282	20.1674	-31.542
7	7.6137	4.5511	3.5042	33.6654	-2.4609	7.4221	0.2721	0.6409	0.364	-1.0773	-0.162	-0.4698	1.1743	0.5672	-0.1101	0.1371	0.1276	-0.0304	0.1021	0.172	0.0197	-9.1205	24.1621	-52.1232
8	1.41	1.2424	-0.706	3.2373	-3.1636	2.9735	0.055	0.1105	-0.0151	-0.0016	-0.1496	-0.0524	-0.0339	0.1565	0.0945	0.0757	0.0294	-0.0099	0.026	0.0164	0.001	-10.2856	16.8785	-40.191
9	8.9749	-5.4897	8.8701	6.9848	-7.4078	18.3896	0.1241	0.2383	-0.1941	0.1781	-0.2116	-0.5504	0.4353	0.5846	0.0876	0.0568	0.0068	-0.0733	0.0206	0.0208	0.0883	3.0768	4.0124	-3.3915
10	1.0826	-0.6839	0.1908	2.9246	-1.076	0.6536	0.0153	-0.0629	0.0096	-0.0457	0.0508	0.0066	0.0621	-0.0156	-0.0661	0.0226	0.0034	-0.0093	0.0155	0.007	0.0145	-5.7095	14.2711	-11.9791

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	123 - 204
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	4 - 39
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	40 - 164
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	165 - 204
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	3 - 8
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	9 - 16
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	3 - 10
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	11 - 16

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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