PDB-3ul1: Mouse importin alpha: nucleoplasmin cNLS peptide complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ul1

タイトル

Mouse importin alpha: nucleoplasmin cNLS peptide complex

要素

Importin subunit alpha-2
Nucleoplasmin

キーワード

PROTEIN TRANSPORT/NUCLEAR PROTEIN / Arm repeat / Armadillo repeat / Nuclear transport / nuclear localisation signal binding / importin beta binding / PROTEIN TRANSPORT-NUCLEAR PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm DNA decondensation / importin-alpha family protein binding / histone chaperone activity / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / nucleosome binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Marfori, M. / Forwood, J.K. / Lonhienne, T.G. / Kobe, B.

引用

ジャーナル: Traffic / 年: 2012
タイトル: Structural Basis of High-Affinity Nuclear Localization Signal Interactions with Importin-alpha
著者: Marfori, M. / Lonhienne, T.G. / Forwood, J.K. / Kobe, B.

履歴

登録	2011年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ul1.cif.gz	193.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ul1.ent.gz	152.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ul1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/3ul1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/3ul1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ukwC 3ukxC 3ukyC 3ukzC 3ul0C 1pjnS 1ee5 1ejy 1ial C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5huw-d 3uky-d 5w4e-d 1ial-d 1ejy-d 4u5u-d 1iq1-d 4u5v-d 1ejl-d 5wum-d 5huy-d 2ynr-d 5e6q-d 1pjn-d 1pjm-d 5u5r-d 6iua-d 5u5p-d 7jvo-d 3ukx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (16) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (4) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Importin subunit alpha-2

A: Nucleoplasmin

57.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.156, 90.094, 99.332
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Importin subunit alpha-2 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha 分子量: 55268.473 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 70-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド	Nucleoplasmin 分子量: 2289.762 Da / 分子数: 1 / 断片: Nucleoplasmin cNLS peptide, residues 153-172 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05221
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.79M sodium citrate, 10mM DTT, 0.1M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5419 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→42.07 Å / Num. obs: 55684 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PJN

1pjn

解像度: 1.9→42.07 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2224	2659	5.08 %	RANDOM
R_work	0.1914	-	-	-
obs	0.193	52372	92.46 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.17 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.998 Å² / k_sol: 0.352 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 131.79 Å² / B_iso mean: 39.9733 Å² / B_iso min: 15.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5476 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.176 Å²	-0 Å²
3-	-	-	7.7236 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3400	0	0	292	3692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3501
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.886	4776
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	577
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	611
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.36	1305

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.9346	0.4214	108	0.3633	2090	2198	75
1.9346-1.9718	0.363	116	0.3223	2260	2376	81
1.9718-2.012	0.3045	123	0.2671	2324	2447	84
2.012-2.0558	0.2724	129	0.2375	2415	2544	86
2.0558-2.1036	0.2523	149	0.2274	2487	2636	89
2.1036-2.1562	0.2468	141	0.2096	2508	2649	90
2.1562-2.2145	0.2375	132	0.211	2564	2696	91
2.2145-2.2797	0.2671	140	0.2031	2636	2776	94
2.2797-2.3532	0.2406	122	0.2065	2654	2776	94
2.3532-2.4373	0.316	142	0.2083	2623	2765	94
2.4373-2.5349	0.2313	150	0.1985	2619	2769	94
2.5349-2.6503	0.2621	123	0.2096	2720	2843	95
2.6503-2.79	0.2055	162	0.2022	2717	2879	97
2.79-2.9647	0.254	130	0.199	2765	2895	97
2.9647-3.1936	0.221	153	0.1987	2798	2951	98
3.1936-3.5148	0.2498	156	0.1934	2827	2983	99
3.5148-4.023	0.1785	151	0.1671	2842	2993	99
4.023-5.0672	0.1715	159	0.1447	2868	3027	99
5.0672-42.0807	0.1971	173	0.1816	2996	3169	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0805	0.1506	0.278	0.5515	0.4397	0.9891	-0.2171	0.4685	-0.4768	-0.9851	0.5004	-0.3079	0.1112	0.5321	-0.1554	0.3752	0.0065	0.0188	0.4911	-0.2266	0.5135	42.2317	54.601	39.0872
2	2.7076	-1.1507	-0.8632	0.6843	0.9912	3.0206	-0.27	-0.1833	0.1745	-1.2143	-0.0566	-0.4031	-0.4937	-0.0227	-0.1201	0.4967	-0.0311	0.088	0.2173	-0.0152	0.3782	38.5875	72.1459	47.1377
3	1.3662	0.2771	-1.0879	2.6348	-0.8432	2.9095	-0.2008	0.034	-0.5199	-0.2239	0.0496	0.7673	0.5481	-0.4936	0.0369	0.1177	0.0297	-0.0155	0.2987	0.0076	0.2585	36.7308	87.2469	59.7649
4	0.9597	1.1905	-0.4592	7.0454	1.9518	1.3514	0.1521	-0.1754	0.4793	-1.2761	-0.2096	0.3323	-0.5245	-0.0223	-0.0658	0.4616	0.0792	0.1742	0.2864	-0.0156	0.3062	45.2567	107.302	65.795
5	1.2115	0.4299	-0.2172	1.2591	0.057	0.3245	0.0483	0.2999	0.2328	-0.3925	-0.0643	0.2202	-0.242	-0.3078	-0.0174	0.3616	0.0532	0.0148	0.2949	0.0008	0.2398	42.5672	100.137	62.8107
6	0.7414	-0.0853	-0.1724	2.4082	0.2502	0.0256	0.0585	-0.07	0.0026	0.0991	0.0436	-0.1378	-0.0461	0.057	-0.0383	0.226	-0.0087	0.0201	0.2218	-0.0188	0.1556	47.8946	85.7253	66.8238
7	1.3932	0.2205	0.8934	1.5134	-0.2457	0.761	0.1098	0.0483	-0.1522	0.1875	-0.0616	0.0927	-0.1404	-0.0518	0.0115	0.2343	-0.0144	0.0128	0.1924	0.0139	0.2166	41.037	71.9398	64.7748
8	1.1631	1.1591	0.5253	1.3746	0.4312	1.8517	0.1167	0.0562	-0.198	0.1541	-0.0232	-0.1802	0.1527	0.0418	-0.0516	0.112	-0.016	-0.0229	0.1043	0.0113	0.1626	36.9167	63.3758	60.2619
9	1.6792	1.0535	0.7826	0.8425	1.0254	1.718	0.0756	0.2304	-0.2426	0.0158	0.1248	-0.3937	0.0677	0.1594	-0.0931	0.1994	0.0166	-0.0198	0.2222	-0.0641	0.2964	30.8355	55.6709	42.9353
10	1.7011	0.3579	0.5519	0.088	0.0818	1.3593	-0.0008	0.63	-0.4507	-0.2826	0.2899	-0.4116	0.0107	0.4292	0.3241	0.3516	-0.0336	0.0915	0.5138	-0.2133	0.3755	30.983	51.5871	26.8776
11	1.793	0.4905	0.3952	0.9782	-0.0231	0.1448	-0.1467	1.4302	-0.4124	-1.2651	0.5444	-0.6458	-0.0583	0.8355	1.491	0.725	-0.1234	0.2407	1.0998	-0.4104	0.4368	33.6998	49.304	16.7368

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 152:157)	A	152 - 157
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 158:165)	A	158 - 165
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 166:172)	A	166 - 172
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 72:88)	B	72 - 88
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 89:117)	B	89 - 117
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 118:213)	B	118 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 214:249)	B	214 - 249
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 250:307)	B	250 - 307
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 308:410)	B	308 - 410
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 411:450)	B	411 - 450
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 451:497)	B	451 - 497

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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