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万見
- PDB-1pjm: Mouse Importin alpha-bipartite NLS from human retinoblastoma prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pjm
タイトルMouse Importin alpha-bipartite NLS from human retinoblastoma protein Complex
要素
  • Importin alpha-2 subunit
  • Retinoblastoma-associated protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / IMPORTIN ALPHA/KARYOPHERIN ALPHA / NUCLEAR LOCALIZATION SEQUENCE (NLS) RECOGNITION / BIPARTITE NLS / HUMAN RETINOBLASTOMA PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective translocation of RB1 mutants to the nucleus / enucleate erythrocyte differentiation / Rb-E2F complex / regulation of lipid kinase activity / positive regulation of collagen fibril organization / negative regulation of myofibroblast differentiation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / chromatin lock complex / sister chromatid biorientation ...Defective translocation of RB1 mutants to the nucleus / enucleate erythrocyte differentiation / Rb-E2F complex / regulation of lipid kinase activity / positive regulation of collagen fibril organization / negative regulation of myofibroblast differentiation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / chromatin lock complex / sister chromatid biorientation / importin-alpha family protein binding / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / positive regulation of extracellular matrix organization / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / regulation of centromere complex assembly / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of macrophage differentiation / glial cell apoptotic process / positive regulation of viral life cycle / tissue homeostasis / protein localization to chromosome, centromeric region / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / neuron maturation / myoblast differentiation / digestive tract development / aortic valve morphogenesis / Replication of the SARS-CoV-1 genome / SWI/SNF complex / negative regulation of cold-induced thermogenesis / nuclear import signal receptor activity / negative regulation of glial cell proliferation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / smoothened signaling pathway / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / hepatocyte apoptotic process / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / skeletal muscle cell differentiation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of cell cycle / chromosome organization / chondrocyte differentiation / glial cell proliferation / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / striated muscle cell differentiation / regulation of mitotic cell cycle / Condensation of Prophase Chromosomes / epithelial cell proliferation / negative regulation of protein kinase activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / phosphoprotein binding / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / negative regulation of cell growth / PML body / Oncogene Induced Senescence / spindle / negative regulation of inflammatory response / kinase binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to insulin stimulus / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / negative regulation of epithelial cell proliferation / neuron projection development / transcription corepressor activity / Cyclin D associated events in G1 / disordered domain specific binding / heterochromatin formation / cellular response to xenobiotic stimulus / host cell / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Replication of the SARS-CoV-2 genome / neuron apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / spermatogenesis / molecular adaptor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / Ras protein signal transduction / cell differentiation / regulation of cell cycle / postsynaptic density / chromatin remodeling / cell division / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / glutamatergic synapse
類似検索 - 分子機能
Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain / Domain of unknown function (DUF3452) / Domain of unknown function (DUF3452) ...Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain / Domain of unknown function (DUF3452) / Domain of unknown function (DUF3452) / Retinoblastoma-associated protein A domain / Rb C-terminal domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoblastoma-associated protein / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fontes, M.R.M. / Teh, T. / Jans, D. / Brinkworth, R.I. / Kobe, B.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structural basis for the specificity of bipartite nuclear localization sequence binding by importin-alpha
著者: Fontes, M.R.M. / Teh, T. / Jans, D. / Brinkworth, R.I. / Kobe, B.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural basis of recognition of monopartite and bipartite nuclear localization sequences by mammalian importin-alpha
著者: Fontes, M.R.M. / Teh, T. / Kobe, B.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Biophysical Characterization of Interactions Involving Impostin-alpha during Nuclear Import
著者: Catimel, B. / Teh, T. / Fontes, M.R.M. / Jennings, I.G. / Jans, D. / Howlett, G.J. / Nice, E.C. / Kobe, B.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Autoinhibition by an internal nuclear localization signal reveled by the crystal structure of mammalian importin alpha
著者: Kobe, B.
履歴
登録2003年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoblastoma-associated protein
B: Importin alpha-2 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0162
ポリマ－52,0162
非ポリマー00
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.000, 89.179, 100.992
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Retinoblastoma-associated protein


分子量: 2129.530 Da / 分子数: 1 / 断片: NLS (nuclear localization signal) bipartite peptide / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN HUMAN RETINOBLASTOMA PROTEIN
参照: UniProt: P06400
#2: タンパク質 Importin alpha-2 subunit / Karyopherin alpha-2 subunit


分子量: 49886.633 Da / 分子数: 1 / 断片: NLS binding domain (70-529) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: KPNA2 OR RCH1 / プラスミド: PET30A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Sodium Citrate, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.7 mg/mlprotein1drop
20.6 Msodium citrate1reservoirpH6.0
310 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月10日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→99 Å / Num. all: 25382 / Num. obs: 25382 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 53.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
% possible obs: 96 % / Num. measured all: 249870
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY: 1ial

1ial


解像度: 2.5→29.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1169 4.8 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.204 24323 96 %-
all-24323 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.52 Å2 / ksol: 0.363607 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å20 Å2
2---6.09 Å20 Å2
3---6.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3400 0 0 173 3573
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.742
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.552.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 198 4.9 %
Rwork0.264 3877 -
obs-4075 98.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.94
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree: 0.292 / Rfactor Rwork: 0.263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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