PDB-3tzq: Crystal structure of a short-chain type dehydrogenase/reductase f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tzq

タイトル

Crystal structure of a short-chain type dehydrogenase/reductase from Mycobacterium marinum

要素

Short-chain type dehydrogenase/reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Short-chain type dehydrogenase/reductase

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium marinum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2011年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tzq.cif.gz	738.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tzq.ent.gz	614.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tzq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tzq_validation.pdf.gz	515.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tzq_full_validation.pdf.gz	532.9 KB	表示
XML形式データ	3tzq_validation.xml.gz	77.6 KB	表示
CIF形式データ	3tzq_validation.cif.gz	108.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/3tzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/3tzq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcSC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1yde-2 1rqp-d 1zo8-1 1zo8-5 2v7u-d 1yde-3 3gvc-1 1zem-2 4cqj-d 5fiu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MymaA.00472.c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Short-chain type dehydrogenase/reductase

A: Short-chain type dehydrogenase/reductase

D: Short-chain type dehydrogenase/reductase

C: Short-chain type dehydrogenase/reductase

F: Short-chain type dehydrogenase/reductase

E: Short-chain type dehydrogenase/reductase

H: Short-chain type dehydrogenase/reductase

G: Short-chain type dehydrogenase/reductase

ヘテロ分子

228 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Short-chain type dehydrogenase/reductase

A: Short-chain type dehydrogenase/reductase

D: Short-chain type dehydrogenase/reductase

C: Short-chain type dehydrogenase/reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Short-chain type dehydrogenase/reductase

E: Short-chain type dehydrogenase/reductase

H: Short-chain type dehydrogenase/reductase

G: Short-chain type dehydrogenase/reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.670, 122.070, 125.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Short-chain type dehydrogenase/reductase 分子量: 28329.318 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア) 株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: MMAR_0271 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2HKN3, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.69 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Internal tracking number 218453, JCSG screen D06: 0.1 M Tris, pH 8.5, 200 mM magnesium chloride, 20% w/v PEG8000, MYMAA.00472.C.A1 PS00808 26.49 mg/mL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月10日
放射	モノクロメーター: Si(220) asymmetric cut single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→19.92 Å / Num. all: 71016 / Num. obs: 69690 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.632 % / B_iso Wilson estimate: 24.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 8.96
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 2.238 % / R_merge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 10922 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GVC

3gvc

解像度: 2.5→19.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 17.746 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 1.18 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	3526	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
all	0.183	71016	-	-
obs	0.183	69690	97.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.58 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15121	0	100	696	15917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	15467
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9849
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.363	1.956	21082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.942	3	24069
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.99	5	2073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.477	23	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.835	15	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.05	15	119
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	2599
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	17511
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3060

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	225	-
R_work	0.265	4564	-
obs	-	4564	92.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8648	0.2849	-0.1205	0.7335	-0.3396	1.0073	-0.0074	0.0289	0.0495	0.0222	0.0562	0.0767	-0.1223	-0.0416	-0.0489	0.0191	0.0056	-0.002	0.0059	0.0029	0.0182	29.74	31.7954	-1.5235
2	0.6345	0.2625	0.1507	0.9973	-0.1869	1.1318	0.0364	-0.0555	0.0202	0.215	-0.0811	-0.122	-0.1996	0.1723	0.0447	0.0944	-0.0529	-0.0236	0.0786	0.0067	0.0209	38.9057	27.1986	25.3274
3	0.4467	0.4075	-0.0984	0.679	-0.2635	1.1516	0.0537	-0.0487	-0.014	0.1757	0.0124	0.1332	0.0325	-0.1341	-0.0662	0.0783	-0.0007	0.0594	0.082	0.0042	0.081	15.2632	9.4256	28.4606
4	1.0833	0.3232	-0.2211	1.0489	-0.2911	0.7847	-0.0685	0.0956	-0.0172	-0.1592	0.1105	0.1679	0.2302	-0.1045	-0.042	0.0749	-0.033	-0.0251	0.0501	0.0003	0.0401	17.4018	4.5325	0.0676
5	0.5486	0.0791	-0.0268	0.4931	0.1696	0.9852	-0.0142	-0.0104	-0.137	-0.0244	0.0493	-0.0901	0.1083	0.0522	-0.0351	0.0455	0.0124	-0.0098	0.0133	-0.0062	0.0581	60.2285	-3.6127	65.9802
6	0.7459	0.1289	-0.1014	1.0038	0.1365	0.6761	0.0113	0.0771	-0.1117	-0.1173	-0.1007	0.1584	0.0441	-0.0936	0.0895	0.0321	0.0016	-0.0336	0.0531	-0.0381	0.0783	31.9345	1.5628	63.8068
7	0.7758	0.0783	-0.2186	1.0962	0.2857	0.6507	0.0158	-0.078	0.0374	0.0894	-0.0349	0.132	-0.0118	-0.0561	0.0191	0.013	-0.0133	0.0113	0.0766	-0.0035	0.0185	35.2921	19.0034	87.9464
8	0.3362	-0.079	0.1431	0.7547	-0.0246	1.0565	-0.0016	-0.0357	0.0419	0.0125	-0.0021	-0.0984	-0.0827	0.0848	0.0037	0.0113	-0.0196	0.0011	0.0454	-0.0126	0.0263	61.9727	23.6608	78.2762

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 263
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 263
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 263
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 261
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 262
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 263
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	3 - 262
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	3 - 263

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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