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万見
- PDB-5fiu: Binding and structural studies of a 5,5-difluoromethyl adenosine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fiu
タイトルBinding and structural studies of a 5,5-difluoromethyl adenosine nucleoside with the fluorinase enzyme
要素5'-FLUORO-5'-DEOXY-ADENOSINE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / FLUORINASE / DIFLUOROMETHYL / ISOTHERMAL TITRATION CALORIMETRY
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosyl-fluoride synthase / adenosyl-fluoride synthase activity
類似検索 - 分子機能
Adenosyl-fluoride synthase / Bacterial fluorinating enzyme like / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase N-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase C-terminal domain ...Adenosyl-fluoride synthase / Bacterial fluorinating enzyme like / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain superfamily / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, N-terminal domain / S-adenosyl-l-methionine hydroxide adenosyltransferase, C-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase N-terminal domain / SAM hydroxide adenosyltransferase C-terminal domain / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / 5,5-DIFLUOROMETHYL ADENOSINE / Fluorinase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES CATTLEYA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Thompson, S. / McMahon, S.A. / Naismith, J.H. / O'Hagan, D.
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2015
タイトル: Exploration of a Potential Difluoromethyl-Nucleoside Substrate with the Fluorinase Enzyme.
著者: Thompson, S. / Mcmahon, S.A. / Naismith, J.H. / O'Hagan, D.
履歴
登録2015年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-FLUORO-5'-DEOXY-ADENOSINE SYNTHASE
B: 5'-FLUORO-5'-DEOXY-ADENOSINE SYNTHASE
C: 5'-FLUORO-5'-DEOXY-ADENOSINE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5169
ポリマ－97,2043
非ポリマー1,3126
水5,873326
1
A: 5'-FLUORO-5'-DEOXY-ADENOSINE SYNTHASE
B: 5'-FLUORO-5'-DEOXY-ADENOSINE SYNTHASE
C: 5'-FLUORO-5'-DEOXY-ADENOSINE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: 5'-FLUORO-5'-DEOXY-ADENOSINE SYNTHASE
B: 5'-FLUORO-5'-DEOXY-ADENOSINE SYNTHASE
C: 5'-FLUORO-5'-DEOXY-ADENOSINE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,03318
ポリマ－194,4096
非ポリマー2,62412
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area28430 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area57720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.260, 129.160, 182.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 5'-FLUORO-5'-DEOXY-ADENOSINE SYNTHASE / 5-FDAS / 5-FLUORODEOXYADENOSINE SYNTHASE / FLUORINASE


分子量: 32401.490 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES CATTLEYA (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q70GK9, adenosyl-fluoride synthase
#2: 化合物 ChemComp-Y3J / 5,5-DIFLUOROMETHYL ADENOSINE


分子量: 287.223 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11F2N5O3
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5
詳細: 40% PEG-MME (2K), 0.1 M SODIUM CITRATE PH 4.5 AND 0.12 M AMMONIUM TARTRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.93927
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月19日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→65.67 Å / Num. obs: 77902 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.84→1.89 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RQP

1rqp


解像度: 1.84→65.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.802 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19983 3933 5 %RANDOM
Rwork0.17808 ---
obs0.17915 74202 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.602 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→65.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6659 0 90 326 7075
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0196940
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.026413
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5051.9749484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2623.00314768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9145880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.85523.131297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.435151018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0891551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1880.21065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3972.5283498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3952.5283497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1853.7824369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9282.7723440
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.888 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 271 -
Rwork0.268 5428 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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