PDB-3tr5: Structure of a peptide chain release factor 3 (prfC) from Coxiell...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tr5

タイトル

Structure of a peptide chain release factor 3 (prfC) from Coxiella burnetii

要素

Peptide chain release factor 3

キーワード

TRANSLATION / Protein synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / translation release factor activity, codon nonspecific / guanosine tetraphosphate binding / translational termination / GTPase activity / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Cheung, J. / Franklin, M.C. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tr5.cif.gz	842.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tr5.ent.gz	698.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tr5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tr5_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tr5_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	3tr5_validation.xml.gz	85.8 KB	表示
CIF形式データ	3tr5_validation.cif.gz	119.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3tr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3tr5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C 2h5eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t16-d 6t18-d 6szi-d 6syq-d 6t1p-d 5sv0-d 1gh7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (6) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (6) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (5) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Peptide chain release factor 3

B: Peptide chain release factor 3

C: Peptide chain release factor 3

D: Peptide chain release factor 3

ヘテロ分子

244 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.254, 141.429, 161.869
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.620, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Peptide chain release factor 3 / RF-3 分子量: 60439.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: CBU_0811, prfC / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83DC7
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 0.2M calcium acetate, 20% PEG 8000 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月23日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 146154 / Num. obs: 143670 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Χ²: 1.166 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	2.6	0.62	6546	0.604	1	90.8
2.14-2.18	2.8	0.558	6914	0.627	1	94.3
2.18-2.22	3.3	0.518	7102	0.617	1	98.5
2.22-2.26	3.8	0.46	7385	0.641	1	99.9
2.26-2.31	3.8	0.392	7192	0.657	1	99.9
2.31-2.37	3.8	0.351	7368	0.656	1	99.9
2.37-2.42	3.8	0.318	7201	0.694	1	99.9
2.42-2.49	3.8	0.285	7320	0.718	1	99.9
2.49-2.56	3.8	0.239	7279	0.719	1	99.8
2.56-2.65	3.8	0.206	7241	0.786	1	99.7
2.65-2.74	3.8	0.177	7292	0.846	1	99.6
2.74-2.85	3.8	0.153	7271	0.908	1	99.3
2.85-2.98	3.8	0.126	7298	1.001	1	99.2
2.98-3.14	3.8	0.105	7216	1.089	1	99
3.14-3.33	3.7	0.086	7224	1.273	1	98.8
3.33-3.59	3.7	0.071	7138	1.486	1	98.1
3.59-3.95	3.6	0.066	7200	1.745	1	98.1
3.95-4.52	3.5	0.062	7105	2.284	1	96.9
4.52-5.7	3.5	0.061	7209	2.47	1	97.6
5.7-50	3.5	0.06	7169	3.439	1	96.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H5E

2h5e

解像度: 2.11→41.965 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / FOM work R set: 0.8372 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2558	7191	5.01 %	RANDOM
R_work	0.2154	-	-	-
all	0.2175	154466	-	-
obs	0.2175	143630	97.64 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.011 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 224.63 Å² / B_iso mean: 40.2973 Å² / B_iso min: 4.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.7587 Å²	-0 Å²	-1.5422 Å²
2-	-	-2.7789 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.0203 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→41.965 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16315	0	116	1226	17657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	16775
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.761	22673
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	2497
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2924
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.831	6335

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1096-2.1336	0.3702	161	0.2997	3435	3596	74
2.1336-2.1587	0.3703	236	0.2923	4268	4504	92
2.1587-2.185	0.3214	228	0.2704	4396	4624	94
2.185-2.2126	0.315	224	0.2654	4489	4713	96
2.2126-2.2418	0.3127	237	0.2611	4587	4824	100
2.2418-2.2725	0.3191	248	0.2506	4660	4908	100
2.2725-2.3049	0.2772	239	0.2345	4646	4885	100
2.3049-2.3393	0.3012	217	0.242	4628	4845	100
2.3393-2.3759	0.3078	230	0.2268	4686	4916	100
2.3759-2.4148	0.2647	260	0.223	4615	4875	100
2.4148-2.4565	0.272	242	0.2333	4660	4902	100
2.4565-2.5011	0.2908	255	0.238	4647	4902	100
2.5011-2.5492	0.2658	232	0.2278	4589	4821	100
2.5492-2.6012	0.2598	247	0.2254	4717	4964	100
2.6012-2.6578	0.2861	242	0.2186	4558	4800	100
2.6578-2.7196	0.2587	241	0.2076	4724	4965	100
2.7196-2.7876	0.2557	255	0.2133	4544	4799	99
2.7876-2.863	0.2563	225	0.211	4676	4901	99
2.863-2.9472	0.2477	245	0.2075	4593	4838	99
2.9472-3.0423	0.2568	251	0.2127	4613	4864	99
3.0423-3.151	0.2564	261	0.2131	4604	4865	99
3.151-3.2771	0.2556	272	0.2146	4543	4815	99
3.2771-3.4262	0.2311	245	0.2081	4594	4839	98
3.4262-3.6067	0.262	244	0.2067	4589	4833	98
3.6067-3.8326	0.2418	240	0.2005	4621	4861	98
3.8326-4.1282	0.2206	228	0.1954	4556	4784	97
4.1282-4.5432	0.2115	247	0.1821	4477	4724	97
4.5432-5.1996	0.2198	271	0.1842	4568	4839	97
5.1996-6.547	0.2758	234	0.2317	4609	4843	98
6.547-41.973	0.2608	234	0.2348	4547	4781	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0152	0.048	0.0065	0.2315	0.0564	0.0166	0.0379	0.0516	-0.0143	0.0053	-0.0009	-0.162	-0.0141	0.093	0.002	0.1248	0.0025	-0.007	0.1671	0.0078	0.1901	5.0963	-36.6403	-75.3712
2	0.2991	-0.0719	-0.0278	0.0257	0.0121	0.0065	-0.0766	-0.1623	-0.0569	0.0579	-0.0402	-0.1952	0.034	0.0707	0.05	0.1629	-0.023	-0.0371	0.253	0.0545	0.283	6.7207	-34.7441	-65.1526
3	0.0399	-0.0067	-0.0173	0.2094	0.1013	0.231	0.0049	0.099	-0.0018	0.0127	-0.0164	-0.0678	0.0117	-0.0218	-0.0045	0.1104	0.0045	0.0064	0.1798	-0.0159	0.1466	-4.3101	-45.9039	-81.7434
4	0.3015	0.3089	0.0784	0.4274	0.0147	0.6778	0.0615	0.0067	0.0284	0.0947	0.0464	-0.2235	-0.1738	0.1512	-0.0482	0.1883	-0.0361	-0.0177	0.1524	0.0083	0.2577	0.1288	-17.6533	-66.0486
5	0.0846	0.0202	0.2287	0.2612	0.2669	0.7212	0.0342	-0.0531	0.1143	0.0555	-0.1724	0.0421	-0.0436	-0.1595	0.0509	0.2007	-0.0293	0.0099	0.201	-0.0355	0.2236	-13.9469	-28.6941	-46.7997
6	0.0878	0.0951	0.0623	0.2143	0.056	0.2188	0.0959	-0.1755	0.0813	0.0476	-0.0933	0.0858	-0.0101	-0.0983	0.0058	0.192	-0.0237	0.0133	0.2507	-0.0105	0.2171	-22.6124	-32.8798	-52.5421
7	0.1451	0.1263	0.0789	0.185	0.0239	0.1843	0.0494	-0.0417	-0.0261	0.1637	0.0624	0.0211	0.0663	-0.0185	-0.0481	0.3712	-0.0145	-0.0516	0.218	-0.0201	0.1979	-8.7147	-74.6394	-49.1216
8	0.2917	0.039	0.1581	0.1486	0.0358	0.0916	0.1471	0.214	-0.1159	0.1517	-0.0437	-0.2304	0.0861	0.177	-0.0433	0.3598	0.0097	-0.1022	0.3325	0.0266	0.3196	-3.8618	-78.0651	-58.3639
9	0.0417	-0.0012	-0.0309	0.0315	0.0118	0.037	0.0266	-0.0764	-0.0419	0.1399	-0.0481	0.0312	-0.1985	0.0947	-0.0241	0.3934	-0.0793	-0.0818	0.1029	0.0554	-0.0995	-14.033	-59.97	-49.4827
10	0.0791	0.0129	-0.0695	0.0176	-0.0098	0.0602	0.0461	-0.0674	0.0697	0.1479	-0.0265	-0.017	-0.0813	0.0022	-0.0138	0.5113	-0.0898	-0.0097	0.3389	0.0041	0.2393	-18.5354	-53.3136	-37.3613
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19	0.4924	-0.0695	0.0177	0.3518	-0.0638	0.3433	-0.0467	0.0887	-0.1142	-0.0191	0.0747	0.1506	-0.2701	0.013	0.0146	0.2185	-0.0072	-0.0195	0.1843	0.0293	0.1619	-18.2775	-67.7682	0.522
20	0.3185	-0.0388	0.0598	0.2669	-0.0054	0.2292	-0.0104	-0.0008	-0.2836	0.0036	0.0968	0.2097	0.0477	-0.0323	0.038	0.1352	0.0152	0.0264	0.154	0.0404	0.3292	-18.2475	-90.6148	10.4068
21	0.8085	0.1294	-0.2179	0.1337	-0.1619	0.2693	-0.0866	-0.0855	-0.2602	0.0741	0.0006	-0.065	-0.0948	-0.0638	0.0313	0.1558	0.0202	-0.0082	0.2317	0.0653	0.2197	-1.2487	-83.6725	27.5467

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 3:44)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 45:84)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 85:291)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 292:385)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 386:438)	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 439:525)	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 3:44)	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 45:84)	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 85:209)	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 210:246)	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 247:365)	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 366:417)	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 418:525)	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 3:34)	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resseq 35:93)	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resseq 94:365)	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resseq 366:525)	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resseq 3:52)	D
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resseq 53:233)	D
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resseq 234:417)	D
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resseq 418:525)	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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