PDB-3tr2: Structure of a orotidine 5'-phosphate decarboxylase (pyrF) from C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tr2

タイトル

Structure of a orotidine 5'-phosphate decarboxylase (pyrF) from Coxiella burnetii

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / purines / pyrimidines / nucleosides / nucleotides

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Cheung, J. / Franklin, M. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3tr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/3tr2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqmC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C 1ldvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ry4-d 1qs2-d 6fwz-d 6ek3-d 4f0e-5 3bzn-d 3ij9-d 3hj4-2 6rk0-d 1q4n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

53.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.620, 99.676, 110.565
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 26527.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA493 / 遺伝子: pyrF, CBU_0531 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q83E06, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.69 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.09 M Tris, pH 8.5, 0.17 M sodium acetate, 25.5% PEG4000, 15% glycerol, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月12日

放射

モノクロメーター: VARIMAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→30 Å / Num. all: 31144 / Num. obs: 30584 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Χ²: 1.036 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	2.9	0.426	1474	0.825	1	94.5
2.03-2.07	3.6	0.371	1454	0.822	1	97.5
2.07-2.11	3.7	0.318	1500	0.85	1	97.4
2.11-2.15	3.7	0.294	1491	0.878	1	97.5
2.15-2.2	3.8	0.243	1477	0.838	1	97.2
2.2-2.25	3.9	0.194	1504	0.813	1	97.3
2.25-2.31	3.9	0.193	1484	0.872	1	98.5
2.31-2.37	4	0.174	1527	0.95	1	98.5
2.37-2.44	4.1	0.148	1514	0.901	1	98.8
2.44-2.52	4.2	0.129	1547	0.881	1	99.7
2.52-2.61	4.3	0.109	1528	0.889	1	99.7
2.61-2.71	4.4	0.104	1552	0.942	1	99.7
2.71-2.84	4.5	0.088	1515	0.882	1	99.2
2.84-2.99	4.6	0.072	1550	0.907	1	99.1
2.99-3.17	4.6	0.055	1542	0.968	1	98.7
3.17-3.42	4.6	0.042	1547	1.027	1	99
3.42-3.76	4.6	0.041	1566	1.502	1	99.2
3.76-4.31	4.5	0.035	1581	1.615	1	99.5
4.31-5.42	4.4	0.032	1599	1.533	1	99.6
5.42-30	4.2	0.03	1632	1.365	1	94.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LDV

1ldv

解像度: 2.001→17.896 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.8618 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	1535	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1828	-	-	-
all	0.1845	32670	-	-
obs	0.1845	30492	98.03 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.051 Å² / k_sol: 0.351 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.83 Å² / B_iso mean: 35.5438 Å² / B_iso min: 12.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.6271 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.3553 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.2718 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→17.896 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3354	0	0	299	3653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3412
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.995	4621
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	564
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	586
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.146	1292

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.001-2.0652	0.2839	125	0.2308	2465	2590	93
2.0652-2.1389	0.2482	156	0.2089	2577	2733	97
2.1389-2.2244	0.2064	128	0.1881	2564	2692	98
2.2244-2.3255	0.2521	140	0.1926	2583	2723	98
2.3255-2.4478	0.2376	142	0.2045	2617	2759	99
2.4478-2.6007	0.2306	153	0.2007	2619	2772	99
2.6007-2.8008	0.2673	125	0.2082	2679	2804	99
2.8008-3.0814	0.2332	133	0.1975	2659	2792	98
3.0814-3.5243	0.1796	162	0.1805	2634	2796	99
3.5243-4.4291	0.1778	133	0.1539	2735	2868	99
4.4291-17.8969	0.2279	138	0.1694	2825	2963	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1458	-0.1632	1.1009	0.0047	-0.0404	0.9749	-0.0259	-0.2071	0.0622	-0.242	-0.0499	-0.0166	0.2733	-0.175	-0.0001	0.3052	-0.0125	0.0219	0.1798	-0.0427	0.1861	6.5797	19.9932	25.7756
2	0.3885	0.3372	0.1818	0.3978	0.2021	0.2427	0.0201	-0.0609	-0.2142	-0.1325	-0.0164	-0.0935	0.1158	0.0983	-0	0.1493	0.0112	0.0094	0.1587	-0.0097	0.1981	11.4276	23.1672	34.9625
3	-0.1664	-0.0064	0.1079	0.4519	-0.4369	0.5065	-0.0272	0.0742	0.0127	-0.2451	-0.1051	-0.2806	-0.0668	0.2411	-0.002	0.2265	-0.023	0.0457	0.2492	0.0245	0.2273	18.8947	33.1591	32.1005
4	1.0267	0.3261	0.3461	0.8828	0.3208	1.7596	-0.0238	0.2339	-0.1129	-0.2023	-0.0718	-0.2035	-0.313	0.387	-0.0393	0.2406	-0.0683	0.03	0.2963	0.0873	0.3345	22.0086	38.3805	28.3202
5	0.1047	0.0508	0.0132	0.0817	-0.0041	0.2887	0.2574	-0.1828	0.6878	-0.5676	0.078	-0.4615	-0.5833	-0.1245	0.0024	0.64	0.1321	-0.0052	0.3352	-0.0447	0.4692	4.4111	56.6211	29.0101
6	1.2645	0.193	0.0648	0.7416	1.3245	2.7402	0.0269	0.3173	1.0502	-0.3351	-0.5512	-0.4039	-1.7912	0.2129	-0.7567	0.5204	-0.1866	0.0075	0.2884	0.1701	0.2186	16.0987	49.2259	21.5525
7	0.3763	0.2384	0.7474	1.6238	-0.1652	1.0765	0.005	0.248	-0.0493	-0.264	-0.0265	0.3029	-0.0445	-0.197	-0.0033	0.3653	-0.0388	0.0274	0.2805	0.0815	0.2641	10.5243	39.3389	15.9084
8	0.0274	-0.0485	0.0384	0.2187	0.2359	0.2814	-0.0977	0.0678	0.0891	-0.8238	-0.0726	0.2475	0.3112	0.2531	-0.0004	0.5021	-0.0306	-0.0466	0.2536	0.043	0.25	7.4244	32.2673	13.0761
9	0.5201	0.1006	0.1883	0.8382	-0.5143	0.4453	0.3647	0.4401	-0.0506	-0.3931	0.3606	1.0243	0.8228	-0.4193	0.1516	0.6144	-0.0498	-0.1985	0.3531	-0.0446	0.4306	1.1472	21.0085	16.1168
10	0.677	0.0957	0.604	0.9805	-0.148	0.782	0.062	-0.1756	0.0923	-0.0425	0.0073	-0.222	-0.0954	-0.0174	-0	0.1356	0.0252	0.0116	0.2226	-0.0033	0.1723	22.192	34.4814	57.6139
11	0.1712	-0.1587	0.3896	-0.063	0.0408	0.5834	-0.117	0.037	-0.0576	-0.0336	0.0522	0.2071	-0.0127	-0.0937	-0.0004	0.1012	0.0087	0.0165	0.2306	0.0122	0.1955	17.0329	29.6566	49.7516
12	0.2823	0.0089	0.4559	0.2446	0.2919	0.4878	0.0511	-0.1062	0.0622	-0.0263	-0.0285	0.1225	-0.2044	-0.1676	0.0066	0.136	-0.0047	-0.0246	0.1895	-0.0093	0.1875	11.9282	36.7706	47.3877
13	0.0515	-0.0887	-0.0634	0.2315	0.133	0.3895	0.0618	0.0618	-0.207	0.0066	0.0797	0.3365	0.2002	-0.4368	-0.0337	0.1413	0.0138	-0.0392	0.2652	-0.0314	0.2263	2.7853	33.1629	42.5034
14	0.4343	0.1782	-0.3388	0.3356	0.2524	0.3941	-0.0348	-0.0307	0.0318	0.0093	0.0046	0.1802	-0.3855	-0.2988	-0.0004	0.2296	0.0761	-0.0456	0.2351	-0.017	0.2503	2.6607	41.8029	44.076
15	0.8339	-0.279	0.7376	0.4581	0.3115	1.147	0.0556	-0.3147	0.0081	0.075	-0.1674	0.0906	-0.1993	0.0444	-0.0001	0.2314	0.0373	-0.0799	0.1946	0.0004	0.2133	8.1453	42.7621	47.3228
16	4.3494	-0.0539	-0.0792	0.8657	0.73	0.6559	-0.191	0.7719	0.1908	-0.0587	0.2395	0.3299	-1.2936	-0.3426	-0.0311	0.9473	-0.0283	-0.0183	0.3432	0.1011	0.5618	16.0703	58.1533	31.7791
17	0.9288	-0.0146	-0.4074	0.2202	0.1587	1.7518	0.0322	0.0238	0.5649	0.1784	-0.148	-0.0482	-1.1141	-0.7734	-0.1464	0.593	0.2332	-0.1532	0.0651	-0.0311	0.4579	6.3797	56.1942	42.5574
18	0.2513	-0.238	0.3439	0.3651	-0.2403	0.5825	-0.1447	0.0762	0.0602	-0.0487	-0.143	-0.1892	-0.9032	-0.0184	-0.002	0.4866	0.0211	-0.1257	0.2311	-0.0303	0.3271	10.2725	55.385	50.8939
19	3.0796	0.0265	-0.3898	0.3705	-0.4285	1.1669	-0.1066	-1.1842	0.9893	-0.0277	-0.137	0.2024	-0.8693	-0.1034	-0.0962	0.3748	0.0758	-0.0741	0.2841	-0.117	0.3224	14.0466	52.5597	55.259
20	0.0506	0.0269	0.0981	0.0964	-0.0885	0.3174	0.1198	0.0294	0.1687	-0.0685	-0.2592	0.0458	-0.2772	0.0356	-0.0001	0.2765	0.0164	-0.03	0.2053	-0.0648	0.3065	17.1013	51.4469	59.2315
21	0.3782	-0.2822	0.39	0.5068	0.003	0.5152	0.0428	-0.0696	0.3749	0.2359	0.2976	-0.4467	0.0088	0.3179	0.0003	0.2179	0.0139	0.0061	0.34	-0.0854	0.3213	25.9302	44.0995	64.6497

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:32)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 33:54)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 55:94)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 95:126)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 127:138)	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 139:153)	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 154:198)	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 199:213)	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 214:233)	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 5:32)	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 33:54)	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 55:68)	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 69:82)	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 83:107)	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 108:126)	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 127:138)	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 139:153)	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 154:171)	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resseq 172:198)	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resseq 199:213)	B
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resseq 214:236)	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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