PDB-3tqm: Structure of an ribosomal subunit interface protein from Coxiella...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tqm

タイトル

Structure of an ribosomal subunit interface protein from Coxiella burnetii

要素

Ribosome-associated factor Y

キーワード

PROTEIN BINDING / Protein synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Coxiella burnetii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Rudolph, M. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
著者: Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Hillerich, B. / Yao, Z.K. / Carlier, P.R. / Totrov, M. / Love, J.D.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tqm.cif.gz	163.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tqm.ent.gz	133 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3tqm_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tqm_full_validation.pdf.gz	468.5 KB	表示
XML形式データ	3tqm_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	3tqm_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3tq8C 3tq9C 3tqaC 3tqbC 3tqcC 3tqdC 3tqeC 3tqfC 3tqgC 3tqhC 3tqiC 3tqjC 3tqlC 3tqnC 3tqoC 3tqpC 3tqqC 3tqrC 3tqsC 3tqtC 3tquC 3tqwC 3tqxC 3tqyC 3tqzC 3tr0C 3tr1C 3tr2C 3tr3C 3tr4C 3tr5C 3tr6C 3tr7C 3tr8C 3tr9C 3trbC 3trcC 3trdC 3treC 3trfC 3trgC 3trhC 3triC 3tthC 3ty2C 3uwcC 4f3qC 4f3rC 4nbqC 4ng4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hei-2 2bn3-1 4lpt-6 3eud-4 6dg6-6 4hei-1 4bd4-5 2bn1-1 6qqg-1 1m8n-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribosome-associated factor Y

B: Ribosome-associated factor Y

C: Ribosome-associated factor Y

D: Ribosome-associated factor Y

ヘテロ分子

45.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ribosome-associated factor Y

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ribosome-associated factor Y

ヘテロ分子

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11.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ribosome-associated factor Y

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Ribosome-associated factor Y

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	35.558, 52.616, 71.295
Angle α, β, γ (deg.)	115.950, 90.020, 102.320
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Ribosome-associated factor Y 分子量: 11225.463 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 遺伝子: CBU_0745 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83DI6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM Ammonium Sulfate, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月28日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 16806 / Num. obs: 16605 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / % possible all: 87.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→19.608 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.7463 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2673	796	5.01 %
R_work	0.2354	-	-
obs	0.2371	15883	95.81 %
all	-	16679	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 25.05 Å² / k_sol: 0.366 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.74 Å² / B_iso mean: 31.478 Å² / B_iso min: 7.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.5489 Å²	0.4503 Å²	3.403 Å²
2-	-	4.5671 Å²	-0.6192 Å²
3-	-	-	-0.0182 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→19.608 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2947	0	20	164	3131

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3051
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.604	4099
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	471
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	513
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.474	1197

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.45-2.6031	0.3875	130	0.3437	2431	2561	93
2.6031-2.8035	0.3673	122	0.326	2526	2648	95
2.8035-3.0847	0.3771	121	0.3002	2483	2604	94
3.0847-3.5288	0.2448	135	0.2264	2542	2677	97
3.5288-4.4374	0.2342	148	0.1862	2552	2700	97
4.4374-19.6086	0.2041	140	0.1987	2553	2693	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3462	0.4905	1.4269	1.3158	-0.4632	1.5667	0.0622	-0.63	-0.1962	-0.262	0.1275	0.1877	0.2408	0.0006	-0.0649	0.1616	-0.0553	-0.0275	0.1181	-0.0229	0.1447	24.0105	5.6943	7.4498
2	3.2795	0.4481	1.732	1.6335	0.8781	1.368	-0.3832	1.2646	-0.0136	-0.182	0.4105	0.1745	0.0985	0.0605	0.1029	0.1932	0.0085	-0.067	0.2159	-0.0458	0.1217	24.2938	13.0875	-1.447
3	1.5157	-0.096	-0.9041	0.3159	0.0696	0.5419	0.1365	0.2511	0.1763	-0.0711	0.1084	0.0224	-0.0896	-0.1711	-0.144	0.2158	-0.0229	0.0261	0.2957	0.0487	0.1884	29.4485	10.3971	6.8183
4	1.3396	-0.2861	0.2321	0.6681	0.0633	0.4746	0.2114	-0.1143	-0.1914	-0.1263	-0.1246	0.1395	-0.0529	-0.0316	0.0085	0.1307	0.0273	-0.0058	0.1252	-0.0017	0.1081	23.8001	15.8597	11.3386
5	2.1422	-0.575	-0.5464	0.3586	-0.0387	0.2684	0.3023	0.1854	0.4438	-0.1858	-0.082	-0.008	-0.1548	-0.1219	-0.2435	0.1753	-0.0029	-0.0185	0.059	-0.0212	0.1505	32.3036	22.4429	4.3545
6	0.1764	-0.3006	0.4712	1.6903	-1.1668	0.9455	0.2459	-0.1205	0.3555	0.3712	0	0.1048	-0.6687	0.1073	-0.1543	0.2911	0.0561	0.0653	0.1228	0.0772	0.3181	21.5231	2.4648	-8.0996
7	4.4925	0.1262	1.1049	0.9367	-0.0893	0.6699	-0.004	0.7029	0.8793	0.183	-0.0223	-0.0132	-0.0397	0.3717	0.1092	0.1925	-0.0031	0.0026	0.1832	0.0854	0.1858	21.2602	5.429	-19.2584
8	0.8985	-0.5128	-0.6033	0.216	0.5605	0.8358	0.0222	0.1628	-0.348	0.0232	-0.127	0.2234	-0.046	0.0161	0.0088	0.1852	0.0262	-0.0463	0.2122	0.0281	0.2388	21.3971	-4.4349	-11.5518
9	1.0176	0.3307	0.2741	0.5412	0.2684	1.206	-0.3909	0.4684	-0.1367	0.0329	0.3519	0.0951	0.1818	0.1384	0.0203	0.1784	0.0126	0.0454	0.1651	0.0364	0.1384	19.7392	-5.0751	-16.4046
10	2.1195	-0.5631	0.6004	0.6658	-0.2865	0.2262	0.6366	0.6475	0.1642	-0.1933	-0.4585	-0.0862	0.1424	-0.2083	-0.1187	0.2935	0.0622	0.0003	0.2866	-0.0675	0.0929	10.8099	-4.929	-24.202
11	0.9422	-1.1241	-0.723	1.4084	1.166	0.9398	0.3019	0.2525	0.8027	-0.1253	-0.1033	-0.7876	0.4146	0.0187	-0.087	0.0988	0.0162	0.0684	0.2735	0.214	0.0667	29.2103	-0.7168	19.3565
12	2.7449	1.0125	0.6731	2.8726	-2.1196	2.5251	0.199	-0.7468	-0.9628	0.0942	0.0574	-0.2916	0.1917	0.2066	-0.3025	0.3251	0.0639	-0.022	0.1613	0.0998	0.2412	29.0132	-3.4405	30.0642
13	0.8487	0.6618	-0.6615	0.751	-0.0329	0.7565	0.2008	-0.5079	-0.0194	0.3676	-0.3516	-0.5287	-0.3077	0.2718	0.1067	-0.3111	0.002	0.3094	0.2799	0.061	-0.073	26.5346	5.6023	24.1033
14	0.5505	-0.1658	0.2048	0.7343	-0.4822	0.3963	-0.2639	-0.1998	0.4226	0.3549	0.2313	0.1583	-0.264	-0.2218	0.1146	0.1821	0.0451	-0.0237	0.278	-0.0454	-0.0319	26.2414	7.2951	27.2324
15	3.4178	0.4929	-0.3135	0.7573	-0.2683	0.4116	0.5347	-0.5835	0.3452	-0.0446	-0.5252	0.0092	0.0388	-0.0465	-0.1469	0.2319	0.0023	0.0474	0.2328	-0.0767	0.1134	16.935	7.0461	35.1003
16	0.7754	-0.0241	-0.0591	0.4032	-0.6609	5.0501	-0.1047	0.0292	0.0683	-0.0575	0.2372	-0.0027	-0.6908	-0.6696	0.1271	0.1369	0.0034	-0.0075	0.1955	-0.0886	0.1738	16.1197	-3.5809	4.1147
17	5.0076	-1.8679	2.4403	1.4656	-1.0374	1.7783	-0.5478	-1.2943	-0.1929	0.4992	0.5072	0.0046	0.0885	-0.4532	0.1079	0.231	0.0544	0.0598	0.3417	-0.0278	0.2109	20.7565	-11.5841	12.9833
18	2.2037	0.5331	2.6155	1.5242	0.4509	4.8316	0.3153	-0.5716	-0.8509	0.0824	0.1107	-0.0774	0.0746	-0.703	-0.3754	0.0431	0.0131	-0.041	0.0807	-0.022	0.2047	16.1209	-9.9812	-1.8072
19	4.364	0.3005	0.493	1.2575	-0.3459	0.4401	-0.0144	-0.4284	-0.4276	-0.2145	0.009	0.1326	0.2246	-0.0014	0.0567	0.1337	-0.015	0.0293	0.0771	-0.0082	0.1226	19.509	-14.5142	2.1106
20	1.5033	0.5704	0.8498	0.3175	0.1573	0.5038	0.2354	-0.002	-0.3009	0.0903	-0.1883	-0.1006	0.5873	-0.2855	-0.1902	0.1813	0.0739	0.0396	-0.0553	0.0458	0.1438	28.9338	-20.6648	7.1179

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:12)	A	1 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 13:31)	A	13 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 32:42)	A	32 - 42
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 43:74)	A	43 - 74
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 75:91)	A	75 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 1:12)	B	1 - 12
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 13:31)	B	13 - 31
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 32:51)	B	32 - 51
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 52:77)	B	52 - 77
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 78:92)	B	78 - 92
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 1:14)	C	1 - 14
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND RESID 15:28)	C	15 - 28
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN C AND RESID 29:51)	C	29 - 51
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN C AND RESID 52:77)	C	52 - 77
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 78:93)	C	78 - 93
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN D AND RESID 1:15)	D	1 - 15
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN D AND RESID 16:33)	D	16 - 33
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN D AND RESID 34:51)	D	34 - 51
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN D AND RESID 52:77)	D	52 - 77
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN D AND RESID 78:93)	D	78 - 93

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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