[日本語] English
万見
- PDB-6dg6: Structure of a de novo designed Interleukin-2/Interleukin-15 mimetic -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dg6
タイトルStructure of a de novo designed Interleukin-2/Interleukin-15 mimetic
要素Neoleukin-2/15
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / cytokine mimetic
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Jude, K.M. / Silva, D.-A. / Yu, S. / Baker, D. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1-AI51321 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: De novo design of potent and selective mimics of IL-2 and IL-15.
著者: Silva, D.A. / Yu, S. / Ulge, U.Y. / Spangler, J.B. / Jude, K.M. / Labao-Almeida, C. / Ali, L.R. / Quijano-Rubio, A. / Ruterbusch, M. / Leung, I. / Biary, T. / Crowley, S.J. / Marcos, E. / ...著者: Silva, D.A. / Yu, S. / Ulge, U.Y. / Spangler, J.B. / Jude, K.M. / Labao-Almeida, C. / Ali, L.R. / Quijano-Rubio, A. / Ruterbusch, M. / Leung, I. / Biary, T. / Crowley, S.J. / Marcos, E. / Walkey, C.D. / Weitzner, B.D. / Pardo-Avila, F. / Castellanos, J. / Carter, L. / Stewart, L. / Riddell, S.R. / Pepper, M. / Bernardes, G.J.L. / Dougan, M. / Garcia, K.C. / Baker, D.
履歴
登録2018年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neoleukin-2/15
B: Neoleukin-2/15
C: Neoleukin-2/15
D: Neoleukin-2/15
E: Neoleukin-2/15
F: Neoleukin-2/15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6776
ポリマ－72,6776
非ポリマー00
水1,00956
1
A: Neoleukin-2/15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1131
ポリマ－12,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Neoleukin-2/15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1131
ポリマ－12,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Neoleukin-2/15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1131
ポリマ－12,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Neoleukin-2/15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1131
ポリマ－12,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Neoleukin-2/15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1131
ポリマ－12,1131
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Neoleukin-2/15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1131
ポリマ－12,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.730, 86.800, 92.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 4...
21(chain B and (resid 1 through 5 or resid 7...
31(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...
41(chain D and (resid 1 through 2 or (resid 3...
51(chain E and (resid 1 or (resid 2 through 4...
61(chain F and (resid 1 through 3 or (resid 4...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 4...A1
121(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 4...A2 - 4
131(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 4...A1 - 100
141(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 4...A1 - 100
151(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 4...A1 - 100
161(chain A and (resid 1 or (resid 2 through 4...A1 - 100
211(chain B and (resid 1 through 5 or resid 7...B1 - 5
221(chain B and (resid 1 through 5 or resid 7...B7 - 20
231(chain B and (resid 1 through 5 or resid 7...B0
241(chain B and (resid 1 through 5 or resid 7...B24
251(chain B and (resid 1 through 5 or resid 7...B1 - 100
261(chain B and (resid 1 through 5 or resid 7...B1 - 100
271(chain B and (resid 1 through 5 or resid 7...B1 - 100
281(chain B and (resid 1 through 5 or resid 7...B1 - 100
311(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...C1 - 2
321(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...C3 - 4
331(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...C-2 - 100
341(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...C-2 - 100
351(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...C-2 - 100
361(chain C and (resid 1 through 2 or (resid 3...C-2 - 100
411(chain D and (resid 1 through 2 or (resid 3...D1 - 2
421(chain D and (resid 1 through 2 or (resid 3...D3 - 4
431(chain D and (resid 1 through 2 or (resid 3...D-1 - 100
511(chain E and (resid 1 or (resid 2 through 4...E1
521(chain E and (resid 1 or (resid 2 through 4...E2 - 4
531(chain E and (resid 1 or (resid 2 through 4...E1 - 100
541(chain E and (resid 1 or (resid 2 through 4...E1 - 100
551(chain E and (resid 1 or (resid 2 through 4...E1 - 100
611(chain F and (resid 1 through 3 or (resid 4...F1 - 3
621(chain F and (resid 1 through 3 or (resid 4...F4
631(chain F and (resid 1 through 3 or (resid 4...F1 - 100
641(chain F and (resid 1 through 3 or (resid 4...F1 - 100
651(chain F and (resid 1 through 3 or (resid 4...F1 - 100
661(chain F and (resid 1 through 3 or (resid 4...F1 - 100

-
要素

#1: タンパク質
Neoleukin-2/15


分子量: 12112.838 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M sodium malonate pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.999→39.276 Å / Num. obs: 40725 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.643 % / Biso Wilson estimate: 34.54 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 12.17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.999-2.058.1351.7811.2229180.5441.998.1
2.05-2.118.6741.3251.728930.6821.40899.8
2.11-2.179.020.9872.3528090.821.04699.9
2.17-2.238.9970.7932.8427730.8780.8499.8
2.23-2.318.9040.6683.3626450.9080.709100
2.31-2.398.7290.5284.1625600.9360.561100
2.39-2.488.2530.3865.3724960.9540.41299.4
2.48-2.588.6660.3376.3624090.9720.35899.9
2.58-2.699.070.277.9722980.980.28699.9
2.69-2.838.9410.20610.1422140.9870.218100
2.83-2.988.8230.1513.5920930.9920.159100
2.98-3.168.6120.12415.8220010.9930.13299.8
3.16-3.388.2460.08820.1718790.9960.09499.7
3.38-3.659.0320.06927.117680.9970.073100
3.65-48.7660.05731.4716260.9980.061100
4-4.478.4550.0534.0714790.9980.05399.7
4.47-5.167.9460.04735.1113030.9990.05198.6
5.16-6.328.5630.05432.0711370.9980.058100
6.32-8.947.7910.04137.478910.9990.04499.9
8.94-39.2767.310.03738.685330.9990.0496.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.61 Å48 Å
Translation2.61 Å48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20170601データ削減
XSCALE20170601データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.13-2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predicted model

解像度: 1.999→39.276 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 1841 4.88 %
Rwork0.2038 --
obs0.205 37755 92.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.56 Å2 / Biso mean: 52.6098 Å2 / Biso min: 19.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.999→39.276 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4705 0 0 56 4761
Biso mean---54.21 -
残基数----597
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2048X-RAY DIFFRACTION11.093TORSIONAL
12B2048X-RAY DIFFRACTION11.093TORSIONAL
13C2048X-RAY DIFFRACTION11.093TORSIONAL
14D2048X-RAY DIFFRACTION11.093TORSIONAL
15E2048X-RAY DIFFRACTION11.093TORSIONAL
16F2048X-RAY DIFFRACTION11.093TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9985-2.05260.34411170.31882246236377
2.0526-2.1130.30981030.27382443254682
2.113-2.18120.26321390.24012503264286
2.1812-2.25910.27591380.23422618275689
2.2591-2.34950.26651440.23122675281991
2.3495-2.45650.26521400.21482745288593
2.4565-2.5860.23761400.21012815295595
2.586-2.74790.25181470.21232852299996
2.7479-2.960.26071500.20952912306298
2.96-3.25780.26691570.22292941309899
3.2578-3.72890.21781500.200129963146100
3.7289-4.69680.16141560.1653022317899
4.6968-39.28330.21541600.19583146330699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0321-0.72780.19791.7981-0.26292.52060.04060.2608-0.1753-0.22360.04460.08240.11790.0964-0.0860.2956-0.0091-0.05620.2804-0.06550.413714.847445.8485-21.6651
20.9371-0.9452-0.37552.5936-1.27612.01980.0918-0.1381-0.54730.1286-0.20110.06460.3837-0.11580.35190.4063-0.1291-0.03810.37090.00530.56329.293739.8265-14.1087
30.4958-0.0511-0.5420.33390.21650.5975-0.1478-0.38460.5147-0.2368-0.20460.68610.055-0.71090.13030.3315-0.0075-0.06460.4065-0.10960.48677.723950.0973-15.6104
43.6174-0.76321.88681.4982-0.47363.08310.8827-0.0451-0.3918-0.4217-0.108-0.41010.10350.5340.20530.663-0.10520.16040.3106-0.05810.371424.8403103.08049.7203
50.9598-0.27180.0351.7768-0.63970.29160.21310.1181-0.4428-0.68070.1947-0.3307-0.09010.4751-0.06870.9107-0.03330.21580.3311-0.0230.376525.387199.23170.4873
60.63140.20380.3060.5499-0.58260.7764-0.16550.47290.3741-0.44630.0003-0.04840.05450.4498-0.33491.1056-0.0770.87130.29090.44740.42228.9443107.1495-3.5903
72.38490.1912-0.00650.79380.11891.64110.2618-0.03180.7651-0.1329-0.0192-0.6661-0.36890.71590.04061.0057-0.16930.350.2817-0.03730.711528.9871110.89846.1843
83.21730.59490.97983.7070.64260.85780.28050.3633-0.41670.0998-0.04630.3265-0.2266-0.0054-0.00710.39090.00550.01120.34050.00040.43711.8921122.193118.4256
91.3547-0.76170.34931.68150.39292.10640.12030.2847-0.1194-0.4679-0.27820.3984-0.3091-0.73020.11330.47480.063-0.05230.4359-0.01560.4714.5205125.118115.2863
106.8461-2.0465-0.9612.80890.8472.44830.1937-0.19740.4358-0.1079-0.0077-0.1378-0.23320.0131-0.24920.437-0.08710.05370.3025-0.01210.206614.094397.243413.8691
113.6241-2.51660.99945.0666-0.55111.81620.38580.2058-0.119-0.7974-0.42530.2467-0.4531-0.00020.05530.46410.0017-0.03370.3456-0.06560.314711.287192.04677.164
121.19450.1355-0.32882.50551.13331.60320.0701-0.3333-0.31510.1103-0.01510.41550.1211-0.0601-0.07920.3928-0.07330.02460.38170.01480.35128.847788.379916.444
134.4032-1.19140.56393.09320.54093.35670.0152-0.3431-0.11580.14150.15940.1555-0.2013-0.2275-0.02570.1803-0.0362-0.01350.2773-0.03440.1993-10.561130.726-33.805
143.2664-0.5311-3.13313.40083.32835.50660.086-0.6977-0.26970.5548-0.4859-0.25350.58590.22190.33520.5428-0.0821-0.08730.52070.05930.7489-1.389215.6999-35.0519
151.8815-1.2522-0.20246.58410.81281.87950.1110.3517-0.0593-0.9195-0.2642-0.1211-0.27780.16660.1260.3179-0.07270.00840.3582-0.04710.3053-6.657136.2491-41.4614
163.7812-2.77971.01117.0072-0.79672.0715-0.10930.1510.2411-0.36530.2472-1.0381-0.48450.44-0.16710.3766-0.10220.02080.421-0.10650.4709-0.642240.748-36.4134
173.9142-0.1823-0.77753.8020.08964.2675-0.2599-0.5012-0.03270.29240.4172-0.8647-0.01860.5988-0.17540.2588-0.0517-0.0450.3354-0.07770.3279-2.967434.1043-28.623
181.903-0.82040.46732.3243-0.25382.713-0.0416-0.0908-0.12480.106-0.0259-0.0046-0.23390.00680.06340.16640.0258-0.02710.28170.02040.228719.411769.5889-2.5435
194.05061.2024-2.62230.7964-1.34463.5525-0.0426-0.4993-0.4280.2151-0.2701-0.2372-0.11870.40730.22110.2454-0.0195-0.11350.39640.08490.360826.024266.1455.2715
204.63071.51940.04353.7213-0.00272.7379-0.2327-0.0095-0.4859-0.1765-0.0093-0.97620.0170.3980.130.22390.0367-0.05620.3505-0.02330.42928.502764.2222-5.0899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 1 through 54 )D1 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 55 through 76 )D55 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 77 through 100 )D77 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'E' and (resid 2 through 30 )E2 - 30
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 31 through 55 )E31 - 55
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 56 through 76 )E56 - 76
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 77 through 100 )E77 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 2 through 23 )F2 - 23
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 24 through 100 )F24 - 100
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 1 through 27 )A1 - 27
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 28 through 54 )A28 - 54
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 55 through 100 )A55 - 100
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 2 through 24 )B2 - 24
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 25 through 33 )B25 - 33
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 34 through 55 )B34 - 55
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 56 through 76 )B56 - 76
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 77 through 100 )B77 - 100
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid -2 through 55 )C-2 - 55
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 56 through 76 )C56 - 76
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 77 through 100 )C77 - 100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る