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- PDB-2iia: Anabaena sensory rhodopsin transducer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iia
タイトルAnabaena sensory rhodopsin transducer
要素Sensory rhodopsin transducer protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / rhodopsin / transducer
機能・相同性TM1070-like / Anabaena sensory rhodopsin transducer / TM1070-like superfamily / Anabaena sensory rhodopsin transducer / Hypothetical Protein Tm1070; Chain: A / Sandwich / Mainly Beta / Alr3166 protein
機能・相同性情報
生物種Anabaena sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Vogeley, L. / Sineshchekov, O.A. / Trivedi, V.D. / Spudich, E.N. / Spudich, J.L. / Luecke, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the anabaena sensory rhodopsin transducer.
著者: Vogeley, L. / Trivedi, V.D. / Sineshchekov, O.A. / Spudich, E.N. / Spudich, J.L. / Luecke, H.
履歴
登録2006年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory rhodopsin transducer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7041
ポリマ－14,7041
非ポリマー00
水2,162120
1
A: Sensory rhodopsin transducer protein

A: Sensory rhodopsin transducer protein

A: Sensory rhodopsin transducer protein

A: Sensory rhodopsin transducer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8174
ポリマ－58,8174
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16570 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.274, 57.274, 39.788
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4
詳細The biological unit is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations:

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要素

#1: タンパク質 Sensory rhodopsin transducer protein


分子量: 14704.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. (バクテリア) / プラスミド: pKJ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: Q8YSC3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.6 and 7 to 11% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2
検出器検出器: CCD / 日付: 2003年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 11936 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Χ2: 0.573 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.833.50.2145370.401192
1.83-1.863.90.175910.413199
1.86-1.94.40.1425990.444199.7
1.9-1.944.50.1356090.481199.8
1.94-1.984.50.1075970.4621100
1.98-2.034.60.0986020.4731100
2.03-2.084.50.0895880.5361100
2.08-2.134.60.0746180.541100
2.13-2.24.60.0656040.5071100
2.2-2.274.60.065920.5261100
2.27-2.354.70.0546020.562199.7
2.35-2.444.70.0496090.5321100
2.44-2.554.60.0455950.5561100
2.55-2.694.70.046190.583199.8
2.69-2.864.70.0326040.664199.8
2.86-3.084.70.036050.701199.5
3.08-3.394.60.0256090.685199.8
3.39-3.884.50.0216080.754198.7
3.88-4.884.30.0195880.856195.6
4.88-3040.0185600.741186.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→25.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.367 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 567 4.8 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.203 11921 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.493 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数700 0 0 120 820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7311.951989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.571587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.99523.82434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.77315104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.85155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02565
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1991.5461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0852741
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0913292
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2724.5248
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 40 -
Rwork0.419 795 -
obs-835 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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