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万見
- PDB-1z9w: Tetrameric structure of apo-7,8-Dihydroneopterin Aldolase from My... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z9w
タイトルTetrameric structure of apo-7,8-Dihydroneopterin Aldolase from Mycobacterium tuberculosis
要素Dihydroneopterin aldolase
キーワードLYASE / FOLB / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / Structural Genomics / TB Structural Genomics / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project / XMTB / PSI / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


7,8-dihydroneopterin oxygenase / 7,8-dihydroneopterin epimerase / dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity / encapsulin nanocompartment / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / isomerase activity / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase/epimerase domain / Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Goulding, C.W. / Apostol, M.I. / Sawaya, M.R. / Philips, M. / Parseghian, A. / Eisenberg, D. / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project (XMTB)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Regulation by oligomerization in a mycobacterial folate biosynthetic enzyme.
著者: Goulding, C.W. / Apostol, M.I. / Sawaya, M.R. / Phillips, M. / Parseghian, A. / Eisenberg, D.
履歴
登録2005年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2005年4月19日ID: 1R7K
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroneopterin aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5741
ポリマ－14,5741
非ポリマー00
水45025
1
A: Dihydroneopterin aldolase

A: Dihydroneopterin aldolase

A: Dihydroneopterin aldolase

A: Dihydroneopterin aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2984
ポリマ－58,2984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20840 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.957, 72.957, 42.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Dihydroneopterin aldolase / DHNA


分子量: 14574.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
生物種: Mycobacterium tuberculosis / 株: H37RV / 遺伝子: folB / プラスミド: PET22B+-RV3607C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A580, UniProt: P9WNC5*PLUS, dihydroneopterin aldolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 29 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: PEG 4000, SODIUM ACETATE, PH 4.6, pH 7.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9786 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月8日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 3990 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 31.3
反射 シェル解像度: 2.5→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NBU

1nbu


解像度: 2.5→51.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 18.838 / SU ML: 0.21 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.068 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23429 393 10 %RANDOM
Rwork0.17854 ---
all0.18441 3548 --
obs0.18441 3548 98.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.451 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.93 Å20 Å20 Å2
2---0.93 Å20 Å2
3---1.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→51.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数821 0 0 25 846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.022835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2611.9421142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8645106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.58523.41541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.67915123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.087159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02649
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.240.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3631.5550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4752869
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5653313
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5854.5273
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 24 -
Rwork0.178 264 -
obs--96.97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 52.8478 Å / Origin y: 30.4407 Å / Origin z: 37.3967 Å
111213212223313233
T-0.0138 Å20.0192 Å2-0.0211 Å2--0.005 Å20.0206 Å2--0.0397 Å2
L1.2413 °20.3565 °2-0.0537 °2-3.4304 °21.1086 °2--0.9018 °2
S-0.0776 Å °0.0023 Å °-0.1646 Å °0.0322 Å °0.0584 Å °-0.4195 Å °-0.094 Å °0.0262 Å °0.0192 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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