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- PDB-6hyf: Crystal structure of the third FNIII domain from rat beta4 integr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hyf | ||||||
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Title | Crystal structure of the third FNIII domain from rat beta4 integrin, a binding site for periaxin | ||||||
![]() | Integrin beta-4 | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / myelin / integrin / periaxin | ||||||
Function / homology | ![]() Type I hemidesmosome assembly / Laminin interactions / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Syndecan interactions / trophoblast cell migration / hemidesmosome assembly / nail development / hemidesmosome / peripheral nervous system myelin formation / skin morphogenesis ...Type I hemidesmosome assembly / Laminin interactions / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Syndecan interactions / trophoblast cell migration / hemidesmosome assembly / nail development / hemidesmosome / peripheral nervous system myelin formation / skin morphogenesis / myelination in peripheral nervous system / filopodium assembly / mesodermal cell differentiation / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / cell leading edge / basement membrane / cell adhesion molecule binding / basal plasma membrane / cell-matrix adhesion / G protein-coupled receptor binding / integrin-mediated signaling pathway / cell motility / autophagy / response to wounding / cell migration / integrin binding / cell cortex / membrane => GO:0016020 / receptor complex / cell adhesion / focal adhesion / cell surface / extracellular space / membrane / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Raasakka, A. / Kursula, P. | ||||||
![]() | ![]() Title: Direct Binding of the Flexible C-Terminal Segment of Periaxin to beta 4 Integrin Suggests a Molecular Basis for CMT4F. Authors: Raasakka, A. / Linxweiler, H. / Brophy, P.J. / Sherman, D.L. / Kursula, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 241.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 201.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 456.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 460.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4wtwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 12775.204 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.91 Å3/Da / Density % sol: 36 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: PEG 3350, NH4NO3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 23, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.996 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 51757 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.64 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 2.392 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 3746 / CC1/2: 0.166 / Rrim(I) all: 2.839 / % possible all: 98.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4wtw Resolution: 1.6→41.788 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.76
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→41.788 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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