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Yorodumi- PDB-6dps: Crystal Structure of Neisseria meningitidis DsbD n-terminal domai... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6dps | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Neisseria meningitidis DsbD n-terminal domain in the oxidised form | ||||||
Components | Thiol:disulfide interchange protein DsbD | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / disulphide reductase / Dsb proteins | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationprotein-disulfide reductase / protein-disulfide reductase [NAD(P)H] activity / cytochrome complex assembly / cell redox homeostasis / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Neisseria meningitidis (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.556 Å | ||||||
Authors | Heras, B. / Smith, R.P. / Paxman, J.J. | ||||||
Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018Title: Structural and biochemical insights into the disulfide reductase mechanism of DsbD, an essential enzyme for neisserial pathogens. Authors: Smith, R.P. / Mohanty, B. / Mowlaboccus, S. / Paxman, J.J. / Williams, M.L. / Headey, S.J. / Wang, G. / Subedi, P. / Doak, B.C. / Kahler, C.M. / Scanlon, M.J. / Heras, B. #1: Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2018 Title: Production, biophysical characterization and initial crystallization studies of the N- and C-terminal domains of DsbD, an essential enzyme in Neisseria meningitidis. Authors: Smith, R.P. / Whitten, A.E. / Paxman, J.J. / Kahler, C.M. / Scanlon, M.J. / Heras, B. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6dps.cif.gz | 315.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6dps.ent.gz | 260.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6dps.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6dps_validation.pdf.gz | 468.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6dps_full_validation.pdf.gz | 478.2 KB | Display | |
| Data in XML | 6dps_validation.xml.gz | 34.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 6dps_validation.cif.gz | 45.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/6dps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/6dps | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6dnlC ![]() 6dnuC ![]() 6dnvC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 13924.407 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria meningitidis (strain alpha14) (bacteria)Strain: alpha14 / Gene: dsbD, NMO_1340 / Plasmid: pMCSG7 Production host: ![]() References: UniProt: C6S7X6, protein-disulfide reductase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.26 Å3/Da / Density % sol: 62.24 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: 8-20% w/v PEG 6000, 100 mM MES pH 6.4, 20 mM ZnCl2 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: May 4, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.55→50 Å / Num. obs: 34928 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 57.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Χ2: 1.147 / Net I/σ(I): 12.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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-Phasing
| Phasing | Method: SAD |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.556→35.809 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.23
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 273.28 Å2 / Biso mean: 71.5906 Å2 / Biso min: 25.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.556→35.809 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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