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Yorodumi- PDB-6dnu: Crystal Structure of Neisseria meningitidis DsbD c-terminal domai... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dnu | ||||||
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Title | Crystal Structure of Neisseria meningitidis DsbD c-terminal domain in the oxidised form | ||||||
Components | Thiol:disulfide interchange protein DsbD | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / disulphide reductase / Dsb proteins | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein-disulfide reductase / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / cytochrome complex assembly / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Neisseria meningitidis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.283 Å | ||||||
Authors | Heras, B. / Smith, R.P. / Paxman, J.J. | ||||||
Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018 Title: Structural and biochemical insights into the disulfide reductase mechanism of DsbD, an essential enzyme for neisserial pathogens. Authors: Smith, R.P. / Mohanty, B. / Mowlaboccus, S. / Paxman, J.J. / Williams, M.L. / Headey, S.J. / Wang, G. / Subedi, P. / Doak, B.C. / Kahler, C.M. / Scanlon, M.J. / Heras, B. #1: Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2018 Title: Production, biophysical characterization and initial crystallization studies of the N- and C-terminal domains of DsbD, an essential enzyme in Neisseria meningitidis. Authors: Smith, R.P. / Whitten, A.E. / Paxman, J.J. / Kahler, C.M. / Scanlon, M.J. / Heras, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dnu.cif.gz | 108 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6dnu.ent.gz | 87.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dnu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6dnu_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6dnu_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 6dnu_validation.xml.gz | 11.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6dnu_validation.cif.gz | 14.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/6dnu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6dnlC 6dnvC 6dpsC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13345.065 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria meningitidis (strain alpha14) (bacteria) Strain: alpha14 / Gene: dsbD, NMO_1340 / Plasmid: pMCSG7 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: C6S7X6, protein-disulfide reductase #2: Chemical | ChemComp-P6G / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 5% w/v PEG 400, 1.7-2.2 M citrate/citric acid pH 7.0 - 7.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Dec 13, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.28→50 Å / Num. obs: 10761 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 44.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Χ2: 1.225 / Net I/σ(I): 9.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.283→35.796 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / Phase error: 30.37
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 129.15 Å2 / Biso mean: 52.6507 Å2 / Biso min: 27.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.283→35.796 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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