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- PDB-6myk: Pleurotus ostreatus OstreolysinA mutant E69A with Bis-Tris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6myk
タイトルPleurotus ostreatus OstreolysinA mutant E69A with Bis-Tris
要素Ostreolysin A6
キーワードMEMBRANE PROTEIN / BETA-SANDWICH FOLD / MEMBRANE BINDING PROTEIN
機能・相同性Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 - #50 / Hemolysin, aegerolysin type / Aegerolysin / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / symbiont-mediated hemolysis of host erythrocyte / Sandwich / Mainly Beta / Ostreolysin A6
機能・相同性情報
生物種Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Radhakrishnan, A. / Endapally, S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL20948 米国
American Heart Association12SDG12040267 米国
Welch FoundationI-1793 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Molecular Discrimination between Two Conformations of Sphingomyelin in Plasma Membranes.
著者: Endapally, S. / Frias, D. / Grzemska, M. / Gay, A. / Tomchick, D.R. / Radhakrishnan, A.
履歴
登録2018年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ostreolysin A6
B: Ostreolysin A6
C: Ostreolysin A6
D: Ostreolysin A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,26421
ポリマ－60,0824
非ポリマー1,18217
水9,062503
1
A: Ostreolysin A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4508
ポリマ－15,0211
非ポリマー4297
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ostreolysin A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1403
ポリマ－15,0211
非ポリマー1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ostreolysin A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2645
ポリマ－15,0211
非ポリマー2434
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ostreolysin A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4115
ポリマ－15,0211
非ポリマー3904
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.857, 86.684, 92.878
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-351-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Ostreolysin A6


分子量: 15020.611 Da / 分子数: 4 / 変異: C62S, E69A, C94S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pleurotus ostreatus (ヒラタケ) / 遺伝子: OlyA6 / プラスミド: pLysS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P83467

-
非ポリマー , 5種, 520分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 % / Mosaicity: 0.319 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.125 M lithium sulfate, 25% (w/v) PEG3350, 25% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月19日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 47399 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 18.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.043 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.833.90.43817010.8880.2330.4990.91768.4
1.83-1.864.10.40919860.9180.2150.4640.94777.8
1.86-1.94.30.36920680.9360.1890.4160.98183
1.9-1.944.40.33722120.9540.170.3791.00687.1
1.94-1.984.70.28722800.9660.1420.3220.95489.4
1.98-2.034.80.25523620.9760.1260.2860.9794.2
2.03-2.084.90.2324260.9820.1130.2571.01196
2.08-2.135.10.18524670.9870.090.2070.97397.5
2.13-2.24.90.15523840.9910.0770.1751.00294.3
2.2-2.275.70.13624980.9950.0630.151.03698.8
2.27-2.355.80.11925060.9950.0540.1310.99699
2.35-2.445.70.10525130.9950.0490.1160.98999.2
2.44-2.555.80.08524990.9980.0390.0930.99598.6
2.55-2.695.60.06625190.9980.0310.0731.02998.9
2.69-2.865.30.05223790.9980.0250.0581.02394.6
2.86-3.0860.04425380.9980.020.0481.02899
3.08-3.395.90.03424970.9990.0160.0381.04898.8
3.39-3.885.60.0325310.9990.0140.0331.05499
3.88-4.885.50.02624810.9990.0120.0290.95296.9
4.88-505.70.02425520.9990.0110.0270.74397.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX(1.12_2829)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OV8

4ov8


解像度: 1.8→49.265 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 1401 3.4 %
Rwork0.1944 --
obs0.1952 41217 81.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.7 Å2 / Biso mean: 26.877 Å2 / Biso min: 6.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→49.265 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4165 0 136 503 4804
Biso mean--39.46 29.08 -
残基数----542
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8001-1.86450.3129750.25412136221144
1.8645-1.93910.2801960.23932708280456
1.9391-2.02740.25971130.23453212332566
2.0274-2.13430.26151280.22963635376375
2.1343-2.2680.24131440.22074090423484
2.268-2.44310.28361690.21474758492798
2.4431-2.68890.25541690.21194857502699
2.6889-3.0780.23311670.19764732489997
3.078-3.87770.18161700.16864845501599
3.8777-49.28290.17111700.16684843501397
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4095-0.01220.27360.2160.13250.28830.0890.025-0.10350.10220.0396-0.05860.1250.01240.02970.15470.00860.00070.03040.03290.1712-8.089221.576329.5032
22.66350.85632.15381.88671.34692.6180.0979-0.2441-0.34050.35710.0847-0.00560.4773-0.1141-0.1650.23860.0284-0.03850.12240.04010.1953-8.001610.828329.9964
33.31391.38310.27723.4205-0.63111.54280.0865-0.21330.24640.2276-0.04840.1604-0.24220.01640.01910.13830.00770.00480.05660.00630.1103-8.584127.938131.9625
40.2965-0.2895-0.16172.1868-0.17650.1470.06840.1208-0.0942-0.175-0.033-0.27350.14460.10170.02880.1490.0571-0.02110.0683-0.02710.1683-1.533717.328221.0037
51.68681.1541.5312.4323.56727.4184-0.12370.15940.5795-0.19350.03590.2625-0.81180.11750.0560.2673-0.04640.05690.12020.06050.2397-6.965239.162221.5722
61.8257-0.27530.02462.4433-0.0471.20740.12750.3192-0.112-0.3974-0.00660.09030.0944-0.1107-0.10290.13110.0136-0.02530.13520.02040.0931-9.662919.893816.0983
70.9983-0.01650.49421.0267-0.13031.23880.03480.27730.057-0.21160.04950.21170.0288-0.3445-0.07850.17360.0372-0.02260.41680.0230.1447-11.772825.5085-6.5134
82.1856-1.55652.25572.9701-2.40742.67240.32830.6997-0.1436-0.7155-0.31150.13880.47140.0253-0.04740.3146-0.0603-0.03680.5953-0.03220.2007-15.638615.5892-8.5072
92.48330.03210.92842.00531.16381.73620.110.11140.0892-0.1224-0.07750.16340.023-0.394-0.01560.11460.024-0.02960.41680.04780.1248-16.233725.7042-1.9543
105.71924.538-3.40918.5701-5.74586.09330.5235-0.07140.47540.6799-0.2990.5207-0.5412-0.1757-0.21140.15610.02940.04540.3462-0.00960.1229-14.181229.70246.3847
111.65680.3022-0.91242.982-1.73091.98720.17210.0174-0.19460.1313-0.11570.02210.1948-0.1227-0.05360.1685-0.0373-0.04860.27580.00340.1011-10.198119.62176.1522
121.3890.38130.05761.94490.14411.81750.06720.22410.3807-0.2741-0.00590.2477-0.0861-0.413-0.03560.17380.035-0.02580.22010.08860.2324-28.334831.633217.0109
133.34030.20890.13831.4053-0.38651.90240.06630.51850.1211-0.53570.02660.34880.1983-0.4708-0.08020.22750.0008-0.07850.29740.03430.1945-31.679425.795413.2342
142.4069-0.02280.7781.37771.122.39280.1404-0.19330.3797-0.1445-0.13620.0936-0.0229-0.57880.01780.12240.0229-0.00540.31370.05070.2229-34.369431.995922.8245
154.38553.2531-0.94977.631-0.36933.46250.4463-0.25390.41090.2383-0.12410.1232-0.1364-0.2889-0.26220.1526-0.00610.07780.31290.0510.1904-29.996431.552730.8157
160.6998-0.19450.06590.05920.04910.9190.237-0.0375-0.02710.0821-0.050.1740.2502-0.408-0.07080.1959-0.1308-0.04090.23710.08660.1812-27.545323.174327.0685
172.14610.64841.11721.3860.55410.62260.0477-0.2403-0.1802-0.08050.080.0420.237-0.2992-0.06130.2452-0.182-0.01830.38570.05170.2237-30.362214.596244.8132
181.1730.1685-0.75690.4812-0.23720.5481-0.013-0.1375-0.07820.18870.03990.1720.1644-0.3901-0.00470.2572-0.1413-0.00150.5850.11670.1808-26.957418.408756.8595
190.17270.0826-0.00760.2955-0.0008-0.0001-0.088-0.0175-0.2183-0.10940.0364-0.02970.1735-0.11280.01660.4174-0.29060.00880.51380.13480.3202-32.15799.74447.4834
201.25370.71810.02971.37-0.23390.48170.0142-0.07-0.23990.0256-0.0366-0.03540.2134-0.130.09640.2007-0.1103-0.02060.10250.06890.1541-22.534515.62944.6579
212.3034-0.542-0.80050.8482-1.2813.2734-0.1813-0.00810.0257-0.35890.255-0.2815-0.59460.0804-0.09870.1954-0.0487-0.00090.10230.03740.135-22.107923.426540.5471
223.5359-0.62760.14892.66141.97335.0646-0.15210.011-0.0605-0.35510.05940.3029-0.1564-0.53420.11220.1757-0.0959-0.04390.2890.08260.1267-30.893420.283337.5126
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 42 )A2 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 55 )A43 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 70 )A56 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 71 through 94 )A71 - 94
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 95 through 101 )A95 - 101
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 102 through 136 )A102 - 136
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 42 )B2 - 42
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 43 through 55 )B43 - 55
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 56 through 94 )B56 - 94
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 95 through 111 )B95 - 111
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 112 through 138 )B112 - 138
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 2 through 42 )C2 - 42
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 43 through 62 )C43 - 62
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 63 through 94 )C63 - 94
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 95 through 111 )C95 - 111
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 112 through 136 )C112 - 136
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 2 through 24 )D2 - 24
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 25 through 42 )D25 - 42
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 43 through 62 )D43 - 62
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 63 through 94 )D63 - 94
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 95 through 111 )D95 - 111
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 112 through 136 )D112 - 136

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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