PDB-6myj: Pleurotus ostreatus OstreolysinA plus sphingomyelin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6myj

タイトル

Pleurotus ostreatus OstreolysinA plus sphingomyelin

要素

Ostreolysin A6

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / BETA-SANDWICH FOLD / MEMBRANE BINDING PROTEIN

機能・相同性

Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 - #50 / Hemolysin, aegerolysin type / Aegerolysin / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / Sandwich / Mainly Beta / N-[(2S)-1-hydroxypropan-2-yl]butanamide / Ostreolysin A6

機能・相同性情報

生物種

Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.33 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Radhakrishnan, A. / Endapally, S.

資金援助

米国, 3件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Molecular Discrimination between Two Conformations of Sphingomyelin in Plasma Membranes.
著者: Endapally, S. / Frias, D. / Grzemska, M. / Gay, A. / Tomchick, D.R. / Radhakrishnan, A.

履歴

登録	2018年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6myj.cif.gz	329.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6myj.ent.gz	273 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6myj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6myj_validation.pdf.gz	478.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6myj_full_validation.pdf.gz	481.1 KB	表示
XML形式データ	6myj_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	6myj_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6myj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6myj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6myiC 6mykC 4ov8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6myi-4 6myk-3 4oeb-3 4oeb-2 6btz-2 4lcv-4 5eps-d 5ffv-1 6ng9-1 6myk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ostreolysin A6

B: Ostreolysin A6

C: Ostreolysin A6

D: Ostreolysin A6

ヘテロ分子

62 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ostreolysin A6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
15.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ostreolysin A6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ostreolysin A6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Ostreolysin A6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.425, 100.565, 58.813
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.290, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ostreolysin A6 分子量: 15135.701 Da / 分子数: 4 / 変異: C62S, C94S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pleurotus ostreatus (ヒラタケ) / 遺伝子: OlyA6 / プラスミド: pLysS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P83467
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-K6V / N-[(2S)-1-hydroxypropan-2-yl]butanamide 分子量: 145.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.49 % / Mosaicity: 0.188 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M ammonium chloride, 0.05 M tris hydrochloride, 0.15 M sodium chloride, 19% (w/v) PEG3350, saturated sphingomyelin, saturated cholesterol, 30% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月10日 / 詳細: monochromator

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.33→50 Å / Num. obs: 117866 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 13.49 Å² / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.049 / Χ²: 1.013 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.33-1.35	7.2	0.429	5878	0.906	0.17	0.462	1.025	99.7
1.35-1.38	7.5	0.383	5882	0.927	0.149	0.412	1.039	99.7
1.38-1.4	7.5	0.328	5908	0.943	0.127	0.352	1.045	99.5
1.4-1.43	7.4	0.299	5844	0.953	0.116	0.322	1.055	99.5
1.43-1.46	7.3	0.262	5840	0.965	0.103	0.282	1.052	99.3
1.46-1.5	6.8	0.223	5903	0.969	0.091	0.241	1.075	99
1.5-1.54	7.5	0.186	5886	0.983	0.072	0.2	1.081	99.6
1.54-1.58	7.7	0.16	5859	0.988	0.061	0.172	1.069	99.5
1.58-1.62	7.6	0.136	5895	0.99	0.052	0.146	1.066	99.6
1.62-1.68	7.5	0.126	5918	0.991	0.049	0.135	1.069	99.5
1.68-1.74	7.3	0.109	5850	0.992	0.043	0.118	1.084	99
1.74-1.81	7	0.091	5853	0.994	0.037	0.098	1.046	99.1
1.81-1.89	7.8	0.077	5896	0.996	0.029	0.083	1.057	99.7
1.89-1.99	7.8	0.063	5924	0.997	0.024	0.068	1.055	99.6
1.99-2.11	7.7	0.053	5896	0.998	0.02	0.057	1.006	99.4
2.11-2.27	7.1	0.047	5857	0.998	0.019	0.051	0.964	99
2.27-2.5	8	0.042	5914	0.999	0.016	0.045	0.913	99.9
2.5-2.87	7.9	0.038	5941	0.999	0.015	0.041	0.884	99.7
2.87-3.61	7.4	0.032	5918	0.999	0.012	0.034	0.884	99.1
3.61-50	7.7	0.028	6004	0.999	0.011	0.03	0.828	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4OV8

4ov8

解像度: 1.33→44.561 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1675	2000	1.7 %
R_work	0.1546	-	-
obs	0.1548	117716	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.46 Å² / B_iso mean: 22.0634 Å² / B_iso min: 7.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.33→44.561 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4171	0	229	548	4948
B_iso mean	-	-	37.6	26.95	-
残基数	-	-	-	-	541

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	4443
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.949	5996
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	649
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	765
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.814	1596

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3295-1.3628	0.2275	140	0.2075	8086	8226	97
1.3628-1.3996	0.2575	142	0.1949	8278	8420	99
1.3996-1.4408	0.2096	144	0.1856	8247	8391	100
1.4408-1.4873	0.1803	142	0.1744	8233	8375	99
1.4873-1.5405	0.1891	142	0.1663	8255	8397	99
1.5405-1.6022	0.1851	144	0.1551	8284	8428	100
1.6022-1.6751	0.1613	142	0.1516	8280	8422	100
1.6751-1.7634	0.1716	143	0.1512	8212	8355	99
1.7634-1.8739	0.1621	143	0.1505	8291	8434	100
1.8739-2.0186	0.1495	143	0.1426	8306	8449	100
2.0186-2.2217	0.165	143	0.1411	8245	8388	99
2.2217-2.5432	0.1516	143	0.141	8303	8446	100
2.5432-3.204	0.168	144	0.1551	8296	8440	99
3.204-44.5856	0.1611	145	0.1576	8400	8545	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8827	0.5349	-0.219	1.655	0.4445	0.8956	0.0607	-0.0693	-0.0877	-0.0583	-0.0713	0.0439	0.0445	-0.1116	-0.0353	0.115	-0.0016	-0.0214	0.097	0.0044	0.0978	-28.4503	5.8996	2.1006
2	8.8384	-1.0537	-2.4489	2.0835	-1.3705	3.0225	-0.072	0.0647	-0.0561	-0.136	-0.0474	-0.1477	0.4903	0.3894	0.0647	0.1653	0.0397	0.026	0.1254	0.0198	0.1675	-17.1106	-2.8486	5.0811
3	1.3049	-0.6292	1.4348	1.6661	-0.2733	2.8889	-0.0205	-0.1059	-0.0245	0.0865	0.0159	0.1178	0.2695	-0.1919	0.0029	0.1216	-0.0213	0.0188	0.1101	0.0046	0.1216	-30.3407	-0.0284	7.0309
4	2.0509	0.3756	-0.0661	1.9119	0.0862	1.6165	-0.0682	0.0284	-0.1659	-0.0949	-0.0528	-0.0583	0.0745	0.1133	0.0129	0.1045	0.006	0.0036	0.0766	0.0064	0.1049	-22.7913	2.232	-0.4498
5	3.943	-1.7395	4.1113	1.5853	-2.2366	5.857	-0.0579	0.0899	0.0154	0.0022	-0.2011	-0.4964	-0.0954	0.6438	0.1377	0.1371	-0.0249	-0.0269	0.2317	0.0648	0.2186	-11.7732	8.5156	0.5145
6	1.5553	0.1039	0.9548	1.9891	-0.1157	2.5948	-0.1198	0.1116	0.0834	-0.1387	-0.0306	0.0133	-0.2268	0.1015	0.1551	0.1761	-0.0139	-0.0258	0.1115	0.0176	0.1244	-26.0613	13.192	-3.1039
7	3.6423	1.1583	-1.2639	3.0136	0.9817	1.2545	0.1531	-0.1767	-0.1561	0.4999	0.0928	-0.1175	-0.0836	-0.1144	-0.2931	0.158	-0.0046	-0.0004	0.1119	0.0328	0.1047	-31.6803	6.8533	35.1673
8	0.725	-0.4343	-0.2845	0.9249	-0.4626	1.5102	0.0282	0.0585	0.0192	0.006	0.0862	0.1055	0.2078	-0.1489	-0.0714	0.1	-0.0244	-0.0023	0.1194	0.0288	0.1349	-34.6817	-0.6814	31.5649
9	1.3246	-0.7738	0.6456	1.5888	-0.1539	1.3155	0.0365	-0.0152	-0.1198	0.1084	0.1957	0.2959	0.1501	-0.3962	-0.1828	0.1435	-0.0312	0.025	0.2173	0.083	0.183	-40.0903	1.1044	31.0929
10	0.6927	-0.0429	-0.5757	0.0025	0.0354	0.4784	0.0008	-0.8342	-0.3726	0.422	0.1461	-0.2173	0.1589	-0.0804	0.107	0.492	0.0531	-0.2336	0.3022	0.0392	0.3217	-18.6153	-2.1952	40.8173
11	0.979	0.0085	-0.0295	1.5698	-0.5444	1.7909	0.0508	0.0196	-0.0333	0.0284	0.026	-0.022	0.0878	-0.0342	-0.0659	0.0904	-0.0055	-0.0026	0.0941	0.0064	0.0929	-30.5661	5.8815	22.6135
12	4.3226	-4.0892	3.1676	4.6574	-3.8165	3.5152	-0.1153	-0.0161	0.31	0.7401	-0.0764	-0.7344	-0.1722	0.4581	0.0483	0.2488	-0.0416	-0.083	0.1636	0.0005	0.1985	-22.4829	13.4275	33.583
13	2.5144	0.0906	2.1536	1.6182	0.0614	3.03	0.0355	0.0574	0.0229	0.1258	0.1202	0.1958	-0.2604	-0.3286	-0.0362	0.1035	0.0334	0.043	0.1739	0.0516	0.1293	-38.7279	11.7791	24.4857
14	2.0459	-0.0764	-0.3761	1.1056	0.0827	1.2595	-0.0495	-0.1799	0.0171	0.2757	0.0517	-0.0341	0.1438	0.0687	-0.0159	0.2139	0.0114	-0.0179	0.1273	-0.0062	0.0971	-22.4069	-24.4947	14.6232
15	2.9331	2.4908	-0.8659	2.3861	-0.3262	0.8721	-0.007	0.0267	0.573	0.0694	0.0031	0.07	-0.2076	-0.1252	0.0134	0.2165	0.0286	0.0057	0.1435	-0.0159	0.1226	-28.6234	-14.3941	8.0628
16	0.1056	-0.2415	0.427	2.285	-1.2171	3.1313	0.1611	-0.0577	-0.0091	0.2316	-0.0779	0.1891	-0.1721	-0.2784	-0.0278	0.2592	0.0113	0.0414	0.1875	0.0041	0.1263	-34.873	-16.427	20.727
17	4.1766	-2.7124	-0.0495	3.6935	-0.4262	0.9393	-0.0492	-0.5199	0.2104	0.2389	0.312	-0.249	0.0435	0.1507	-0.1952	0.2329	0.0133	-0.0346	0.1607	-0.0312	0.1009	-19.1558	-15.4457	16.5958
18	8.4983	-0.5255	0.6835	0.9447	0.1849	1.9258	0.1027	-0.1634	0.0439	0.3106	0.0102	-0.0745	0.1043	0.0275	-0.1255	0.2326	0.0041	-0.0051	0.1122	0.0069	0.1082	-27.328	-21.0859	18.0255
19	0.0031	0.0506	0.0389	0.8309	0.6383	0.4903	-0.01	-0.4662	0.7218	0.2853	-0.0937	0.7792	-0.6855	-0.9168	-0.025	0.2979	0.0679	0.0826	0.576	-0.089	0.3681	-45.2395	-17.0231	14.4537
20	0.9035	0.0029	0.0418	1.0356	0.2621	1.0183	-0.0168	0.0084	-0.0114	0.087	0.026	-0.0751	-0.0311	-0.0226	-0.0172	0.1396	0.0054	0.0056	0.0981	-0.0037	0.0989	-23.2397	-19.404	5.1181
21	1.4355	-0.5027	-0.3489	1.2988	0.2098	1.3196	-0.0728	0.0463	-0.1645	0.1688	0.0105	0.0527	0.1349	-0.0698	0.052	0.1858	0.0018	-0	0.1102	-0.0143	0.1089	-25.893	-28.5301	7.1253
22	2.2291	1.0199	0.5471	0.746	0.252	1.0279	0.0355	0.2458	-0.3098	-0.0625	0.0049	-0.0211	0.0345	0.0106	-0.0132	0.0726	-0.0054	0.0087	0.085	0.0126	0.1071	-27.5491	24.4558	12.7308
23	7.85	-3.409	0.5515	1.8448	-0.6412	0.8471	-0.0343	-0.0017	0.6221	0.0984	0.0032	-0.0913	-0.1877	0.069	0.0672	0.0872	-0.0086	0.0063	0.0936	0.0062	0.1089	-25.4806	35.0366	19.6719
24	1.1687	1.2557	0.1517	1.9966	1.9177	5.4848	0.0916	0.1754	0.0229	-0.4332	0.264	-0.6008	-0.3378	0.5211	-0.1704	0.1574	-0.0296	0.0697	0.146	-0.0356	0.1751	-17.3966	33.7245	8.4362
25	2.1263	0.6093	-0.3871	1.2331	0.2691	0.6478	-0.0502	0.1241	0.018	-0.0886	0.0909	0.0437	-0.0963	-0.0488	-0.0337	0.1025	-0.002	0.0005	0.1124	0.0116	0.0886	-30.9602	31.5802	10.1738
26	3.0907	-0.5052	-2.1932	0.676	0.1866	3.1646	0.014	0.321	1.0433	-0.0908	-0.0801	-0.1332	-0.2353	0.1572	-0.3614	0.0997	-0.0145	0.013	0.2558	0.0494	0.3947	-6.907	31.825	15.561
27	1.6963	-0.1319	0.4034	1.1063	-0.0723	0.6252	-0.0142	-0.109	0.0912	0.1153	0.0023	0.0638	-0.0526	-0.0374	0.0148	0.0739	0.0073	0.0207	0.0913	0.0002	0.1031	-30.8479	30.0121	22.2306
28	1.8581	1.251	-2.0655	1.1241	-1.3535	2.6119	0.0121	-0.4358	-0.4137	0.0999	-0.1949	-0.2812	-0.024	0.3401	0.0661	0.06	0.0013	-0.0013	0.1341	0.0281	0.173	-16.4988	21.8265	22.7238
29	2.0662	0.308	-0.7343	1.2834	-0.2701	1.1423	0.023	-0.1659	-0.1146	0.0603	-0.0191	-0.0396	0.0337	0.0258	-0.0021	0.0782	0.0032	0.0042	0.1023	0.0212	0.0991	-29.459	19.5923	20.6764
30	2.8606	-1.1825	0.7587	2.0052	0.5609	0.7072	-0.1413	-0.1061	-0.3361	0.121	0.041	0.2654	0.1263	-0.1494	0.11	0.0916	-0.0043	0.0273	0.1149	0.0281	0.1338	-36.6079	21.3088	17.1906

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 24 )	A	3 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 32 )	A	25 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 55 )	A	33 - 55
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 56 through 94 )	A	56 - 94
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 95 through 106 )	A	95 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 107 through 137 )	A	107 - 137
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 13 )	B	3 - 13
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 14 through 42 )	B	14 - 42
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 43 through 62 )	B	43 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 63 through 70 )	B	63 - 70
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 71 through 117 )	B	71 - 117
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 118 through 126 )	B	118 - 126
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 127 through 136 )	B	127 - 136
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 4 through 19 )	C	4 - 19
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 20 through 28 )	C	20 - 28
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 29 through 42 )	C	29 - 42
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 43 through 55 )	C	43 - 55
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 56 through 62 )	C	56 - 62
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 63 through 70 )	C	63 - 70
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 71 through 94 )	C	71 - 94
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 95 through 138 )	C	95 - 138
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 2 through 19 )	D	2 - 19
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 20 through 28 )	D	20 - 28
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 29 through 42 )	D	29 - 42
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 43 through 62 )	D	43 - 62
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 63 through 70 )	D	63 - 70
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 71 through 94 )	D	71 - 94
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 95 through 106 )	D	95 - 106
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 107 through 126 )	D	107 - 126
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 127 through 138 )	D	127 - 138

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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