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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6myj | ||||||||||||
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| Title | Pleurotus ostreatus OstreolysinA plus sphingomyelin | ||||||||||||
Components | Ostreolysin A6 | ||||||||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / BETA-SANDWICH FOLD / MEMBRANE BINDING PROTEIN | ||||||||||||
| Function / homology | Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 - #50 / Hemolysin, aegerolysin type / Aegerolysin / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / symbiont-mediated hemolysis of host erythrocyte / Sandwich / Mainly Beta / N-[(2S)-1-hydroxypropan-2-yl]butanamide / Ostreolysin A6 Function and homology information | ||||||||||||
| Biological species | Pleurotus ostreatus (oyster mushroom) | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.33 Å | ||||||||||||
Authors | Tomchick, D.R. / Radhakrishnan, A. / Endapally, S. | ||||||||||||
| Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2019Title: Molecular Discrimination between Two Conformations of Sphingomyelin in Plasma Membranes. Authors: Endapally, S. / Frias, D. / Grzemska, M. / Gay, A. / Tomchick, D.R. / Radhakrishnan, A. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6myj.cif.gz | 329.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6myj.ent.gz | 273 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6myj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6myj_validation.pdf.gz | 478.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6myj_full_validation.pdf.gz | 481.1 KB | Display | |
| Data in XML | 6myj_validation.xml.gz | 27.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 6myj_validation.cif.gz | 40.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6myj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/6myj | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6myiC ![]() 6mykC ![]() 4ov8S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 15135.701 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C62S, C94S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pleurotus ostreatus (oyster mushroom) / Gene: OlyA6 / Plasmid: pLysS / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-K6V / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.49 % / Mosaicity: 0.188 ° |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M ammonium chloride, 0.05 M tris hydrochloride, 0.15 M sodium chloride, 19% (w/v) PEG3350, saturated sphingomyelin, saturated cholesterol, 30% ethylene glycol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 10, 2016 / Details: monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.33→50 Å / Num. obs: 117866 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 13.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4OV8 Resolution: 1.33→44.561 Å / SU ML: 0.11 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 16.67
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 129.46 Å2 / Biso mean: 22.0634 Å2 / Biso min: 7.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.33→44.561 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Pleurotus ostreatus (oyster mushroom)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 3items
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