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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bya | ||||||
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Title | Crystal structure of LdBPK_091320 with inhibitor bound | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Leishmania / bromodomain / parasitology / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | ![]() lysine-acetylated histone binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dong, A. / Lin, Y.H. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of LdBPK_091320.1 with with inhibitor bound Authors: Lin, Y.H. / Dong, A. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 199.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 158.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5tcmS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14872.503 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: BPK282A1 / Gene: LDBPK_091320 / Plasmid: pET15-MHL / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-2LO / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.03 % / Mosaicity: 0.309 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 2.64 M NaFormate and 0.1M Tris 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 18, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.26→50 Å / Num. obs: 29431 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 46.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 1.085 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 166490 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5TCM Resolution: 2.26→28.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.229 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.236 / SU Rfree Blow DPI: 0.196 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.195
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Displacement parameters | Biso mean: 50.6 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.26→28.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.26→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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