[日本語] English
万見
- PDB-3tav: Crystal structure of a Methionine Aminopeptidase from Mycobacteri... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tav
タイトルCrystal structure of a Methionine Aminopeptidase from Mycobacterium abscessus
要素Methionine aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / protease / auto-catalytic removal of tag / metalloexopeptidase / no anomalous signal indicates magnesium ions in active site / cobalt binding / M24A family
機能・相同性
機能・相同性情報


: / methionyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-hydroxybutanedioic acid / D-MALATE / Methionine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methionine aminopeptidase
B: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,89713
ポリマ－59,3792
非ポリマー51811
水5,278293
1
A: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0657
ポリマ－29,6891
非ポリマー3756
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8326
ポリマ－29,6891
非ポリマー1435
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子

B: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,89713
ポリマ－59,3792
非ポリマー51811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_565x-y,-y+1,-z+1/31
Buried area3630 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.640, 119.640, 96.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methionine aminopeptidase


分子量: 29689.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア)
株: DSM 44196 / 遺伝子: MAB_3782c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MGB2, methionyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 6種, 304分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#6: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.25 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MyabA.01548.b.A1 PS01037 at 56.7 mg/mL with full 21 aa tag against JCSG + f9, 2.4 M Na malonate with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 222124f9, pH 7.5, VAPOR ...詳細: MyabA.01548.b.A1 PS01037 at 56.7 mg/mL with full 21 aa tag against JCSG + f9, 2.4 M Na malonate with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 222124f9, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979175 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979175 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 43615 / Num. obs: 43354 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 47.857 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 13.94
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.15-2.215.70.3853.3181773210320799.9
2.21-2.270.354.6518909309599.6
2.27-2.330.2515.75195623017100
2.33-2.40.2037.3190542942100
2.4-2.480.1758.58185242860100
2.48-2.570.169.6177252742100
2.57-2.670.13111.89172002682100
2.67-2.780.11913.2716198254399.9
2.78-2.90.10515.47156952492100
2.9-3.040.09217.0114617234099.9
3.04-3.210.07919.41138072244100
3.21-3.40.07221.07128762145100
3.4-3.630.06822.42118802022100
3.63-3.930.06322.9210840184999.9
3.93-4.30.0623.4410215174399.9
4.3-4.810.05723.999258157899.8
4.81-5.550.05223.888095138299.9
5.55-6.80.048247088119499.8
6.8-9.620.04723.41483787792.2
9.62-500.04520.8177540071.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.1 Å45.61 Å
Translation3.1 Å45.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.2341 / WRfactor Rwork: 0.2034 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8556 / SU B: 8.019 / SU ML: 0.109 / SU R Cruickshank DPI: 0.1681 / SU Rfree: 0.1502 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2186 5 %RANDOM
Rwork0.1868 ---
obs0.1884 43330 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.88 Å2 / Biso mean: 48.1471 Å2 / Biso min: 32.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å2-0.69 Å20 Å2
2---1.38 Å20 Å2
3---2.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 27 293 4130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.9585335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0915528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.74923.379145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.40615569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0751527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212981
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 130 -
Rwork0.269 2906 -
all-3036 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.513-0.0605-0.00150.3968-0.24570.4319-0.0125-0.0861-0.0091-0.0342-0.0871-0.04890.02560.04050.09960.06680.0686-0.05320.35840.00910.299647.027455.373910.7581
21.50322.44810.52949.21377.99189.9432-0.0128-0.0805-0.1383-0.6774-0.0272-0.2972-0.72870.07210.040.1430.17390.01710.40930.16160.3950.65269.1362.8071
30.89060.0416-0.06080.8436-0.17730.45610.1032-0.28270.0274-0.0249-0.1626-0.0271-0.0429-0.04940.05940.06220.0303-0.06710.4414-0.03020.220643.425760.316320.3059
44.8186-0.29720.82280.0184-0.05050.14140.0199-0.0356-0.15050.00070.00740.0080.00720.0127-0.02730.0540.0731-0.08120.4280.04790.324855.376850.092414.2714
52.89611.91751.9341.30171.32461.35230.050.1338-0.29760.00530.0331-0.12920.0026-0.0343-0.08310.01860.0370.0190.3733-0.0110.435186.423842.237816.9654
60.7259-0.0358-0.09930.80460.13370.39760.09640.06690.10450.0717-0.18270.0951-0.03690.02080.08630.0814-0.0782-0.06240.35710.02190.286872.02165.394322.0699
70.7944-0.3393-0.16151.04340.34170.23980.13240.3845-0.099-0.0325-0.20060.0405-0.02350.08330.06820.06250.0009-0.06290.53380.02230.186676.762757.09727.9782
84.54150.8279-0.0860.1512-0.01540.0036-0.00440.0367-0.1778-0.00380.0031-0.03040.002-0.02950.00130.0762-0.0625-0.09650.4511-0.01540.328764.26350.09417.7903
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2A48 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3A62 - 254
4X-RAY DIFFRACTION4A255 - 265
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6B13 - 123
7X-RAY DIFFRACTION7B124 - 254
8X-RAY DIFFRACTION8B255 - 265

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る