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万見
- PDB-1sv6: Crystal structure of 2-hydroxypentadienoic acid hydratase from Es... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sv6
タイトルCrystal structure of 2-hydroxypentadienoic acid hydratase from Escherichia Coli
要素2-keto-4-pentenoate hydratase
キーワードLYASE / Hydratase / Structural genomics / NYSGXRC target T795 / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxopent-4-enoate hydratase / 2-oxopent-4-enoate hydratase activity / 3-phenylpropionate catabolic process / manganese ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2-keto-4-pentenoate hydratase / : / Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase C-terminal / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-keto-4-pentenoate hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Sharp, A. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 2-hydroxypentadienoic acid hydratase from Escherichia Coli
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Sharp, A. / Almo, S.C.
履歴
登録2004年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-keto-4-pentenoate hydratase
B: 2-keto-4-pentenoate hydratase
C: 2-keto-4-pentenoate hydratase
D: 2-keto-4-pentenoate hydratase
E: 2-keto-4-pentenoate hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,5995
ポリマ－144,5995
非ポリマー00
水00
1
A: 2-keto-4-pentenoate hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9201
ポリマ－28,9201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 2-keto-4-pentenoate hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9201
ポリマ－28,9201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 2-keto-4-pentenoate hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9201
ポリマ－28,9201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 2-keto-4-pentenoate hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9201
ポリマ－28,9201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: 2-keto-4-pentenoate hydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9201
ポリマ－28,9201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.222, 121.507, 111.796
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質
2-keto-4-pentenoate hydratase / 2-hydroxypentadienoic acid hydratase


分子量: 28919.824 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MHPD, B0350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P77608, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 4000, isopropanol, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 31828 / Num. obs: 31828 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.267 1576 RANDOM
Rwork0.239 --
all0.243 31828 -
obs0.243 31828 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9890 0 0 0 9890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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