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- PDB-3rrv: Crystal structure of an enoyl-CoA hydratase/isomerase from Mycoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rrv
タイトルCrystal structure of an enoyl-CoA hydratase/isomerase from Mycobacterium paratuberculosis
要素enoyl-CoA hydratase/isomerase
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / enoyl CoA hydratase / fatty acid biosynthesis
機能・相同性Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / metal ion binding / Alpha Beta / Enoyl-CoA hydratase
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: enoyl-CoA hydratase/isomerase
B: enoyl-CoA hydratase/isomerase
C: enoyl-CoA hydratase/isomerase
D: enoyl-CoA hydratase/isomerase
E: enoyl-CoA hydratase/isomerase
F: enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,77017
ポリマ－177,3166
非ポリマー45411
水8,089449
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22890 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area44300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.080, 134.050, 140.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 7 - 249 / Label seq-ID: 29 - 271

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

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要素

#1: タンパク質
enoyl-CoA hydratase/isomerase


分子量: 29552.680 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア)
株: ATCC BAA-968 / K-10 / 遺伝子: MAP_0683 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q743A2
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.11 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: MypaA.00829.c.A1 PW29413 at 25.67 mg/mL against PACT screen condition D11, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH 8.0, 20% PEG 6000 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...詳細: MypaA.00829.c.A1 PW29413 at 25.67 mg/mL against PACT screen condition D11, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH 8.0, 20% PEG 6000 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 220560d11, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 54480 / Num. obs: 54320 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 36.336 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 13.36
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.45-2.516.20.5433.472470340044004100
2.51-2.580.4164.49238363876100
2.58-2.660.3964.7923301377499.9
2.66-2.740.3685.4722264364999.8
2.74-2.830.2916.3621899355699.9
2.83-2.930.2477.5421009340799.8
2.93-3.040.2158.3720540334599.9
3.04-3.160.17210.32195493184100
3.16-3.30.13512.88188703084100
3.3-3.460.12214.5917462294299.6
3.46-3.650.09617.5417025282799.8
3.65-3.870.08519.9915229262898.9
3.87-4.140.07322.1614080247598.9
4.14-4.470.05726.0613930233599.9
4.47-4.90.05726.3512750216199.9
4.9-5.480.06323.3511735198099.7
5.48-6.330.06522.8210067174299.6
6.33-7.750.05126.848868151199.6
7.75-10.960.03834.166762116298.8
10.960.03534.62365767896.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 55.55 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å48.57 Å
Translation3 Å48.57 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3q1t

3q1t


解像度: 2.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / WRfactor Rfree: 0.214 / WRfactor Rwork: 0.1627 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8445 / SU B: 18.782 / SU ML: 0.196 / SU R Cruickshank DPI: 0.6826 / SU Rfree: 0.2826 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 2747 5.1 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.182 54142 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.95 Å2 / Biso mean: 26.9718 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11101 0 14 449 11564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02211317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.97615458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2551511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.98923.62442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.548151755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4951590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5521.57519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.053211989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86533798
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0884.53469
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1750 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.265
2BLOOSE POSITIONAL0.285
3CLOOSE POSITIONAL0.235
4DLOOSE POSITIONAL0.275
5ELOOSE POSITIONAL0.285
6FLOOSE POSITIONAL0.285
1ALOOSE THERMAL3.4910
2BLOOSE THERMAL3.2210
3CLOOSE THERMAL1.9710
4DLOOSE THERMAL3.810
5ELOOSE THERMAL2.5210
6FLOOSE THERMAL1.5710
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 180 -
Rwork0.21 3804 -
all-3984 -
obs--99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47270.2387-0.0370.8090.06540.37310.06380.04230.00720.0314-0.01620.006-0.0416-0.0532-0.04770.06960.02690.0170.03490.00490.02555.897118.935430.0297
20.8622-0.0589-0.29510.3376-0.13840.44130.0322-0.00980.0321-0.06030.0158-0.00280.1176-0.018-0.0480.0893-0.0111-0.01970.012-0.00850.029211.5257-15.85729.1842
30.4877-0.1873-0.0781.7097-0.24140.2433-0.035-0.00080.01620.01090.0335-0.2075-0.01820.02180.00150.01240.01320.01020.0534-0.00220.057538.23017.013827.3117
40.691-0.5987-0.12641.1805-0.27320.75230.0924-0.06910.060.0181-0.0798-0.0347-0.10170.2159-0.01260.0356-0.05430.01070.1082-0.00910.005835.839116.060258.337
51.18810.0415-0.21080.2876-0.19740.93020.06290.1299-0.03870.0928-0.0048-0.02970.15490.0045-0.05810.10060.021-0.03360.0770.00670.015724.8581-17.069258.9518
60.21470.41230.08551.7153-0.13460.5968-0.005-0.01150.01860.06640.15130.1217-0.068-0.0844-0.14640.0110.02070.01930.09170.03550.04642.07119.091260.7293
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 254
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 250
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 250
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 252
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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