![](img/lk-miru.gif)
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rrv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of an enoyl-CoA hydratase/isomerase from Mycobacterium paratuberculosis | ||||||
![]() | enoyl-CoA hydratase/isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / enoyl CoA hydratase / fatty acid biosynthesis | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets. Authors: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...Authors: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 555 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 455.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3gvcC ![]() 3gvgC ![]() 3gwcC ![]() 3h7fC ![]() 3h81C ![]() 3he2C ![]() 3hwiC ![]() 3hwkC ![]() 3hzgC ![]() 3icoC ![]() 3khpC ![]() 3llsC ![]() 3moyC ![]() 3mpzC ![]() 3mybC ![]() 3ndnC ![]() 3ndoC ![]() 3nf4C ![]() 3ng3C ![]() 3njdC ![]() 3nwoC ![]() 3o0mC ![]() 3o38C ![]() 3oc6C ![]() 3oc7C ![]() 3oi9C ![]() 3oksC ![]() 3omeC ![]() 3p0tC ![]() 3p2yC ![]() 3p4iC ![]() 3p4tC ![]() 3p5mC ![]() 3p85C ![]() 3pe8C ![]() 3pk0C ![]() 3ppiC ![]() 3pzyC ![]() 3q1tSC ![]() 3q8nC ![]() 3qbpC ![]() 3qdfC ![]() 3qhaC ![]() 3qivC ![]() 3qk8C ![]() 3qkaC ![]() 3qljC ![]() 3qmjC ![]() 3qreC ![]() 3quaC ![]() 3quvC ![]() 3qxiC ![]() 3qxzC ![]() 3qyrC ![]() 3r0oC ![]() 3r1iC ![]() 3r1jC ![]() 3r20C ![]() 3r2nC ![]() 3r4tC ![]() 3r6hC ![]() 3r6oC ![]() 3r7kC ![]() 3r8cC ![]() 3r9pC ![]() 3r9qC ![]() 3r9rC ![]() 3r9sC ![]() 3r9tC ![]() 3rd5C ![]() 3rd7C ![]() 3rd8C ![]() 3rfqC ![]() 3rihC ![]() 3rr2C ![]() 3rr6C ![]() 3rrpC ![]() 3rsiC ![]() 3rv2C ![]() 3s82C ![]() 3sbxC ![]() 3sf6C ![]() 3sllC ![]() 3svkC ![]() 3svtC ![]() 3swoC ![]() 3swtC ![]() 3swxC ![]() 3t3wC ![]() 3tavC ![]() 3tcrC ![]() 3tdeC ![]() 3tjrC ![]() 3tl3C ![]() 3tlfC ![]() 3trrC ![]() 3tx2C ![]() 3tzqC ![]() 3tzuC ![]() 3u0aC ![]() 3ucxC ![]() 3uveC ![]() 4di1C ![]() 4dieC ![]() 4dq8C ![]() 4dxlC ![]() 4ed4C ![]() 4egeC ![]() 4egfC ![]() 4emdC ![]() 4eo9C ![]() 4eyeC ![]() 4f3wC ![]() 4f47C ![]() 4ffcC ![]() 4gk6C ![]() 4hdtC ![]() 4hr3C ![]() 4i1yC ![]() 4ijnC ![]() 4iv6C ![]() 4iz9C ![]() 4j5iC ![]() 4kamC ![]() 4lgvC ![]() 4o2dC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 7 - 249 / Label seq-ID: 29 - 271
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 29552.680 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-968 / K-10 / Gene: MAP_0683 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 40.11 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: MypaA.00829.c.A1 PW29413 at 25.67 mg/mL against PACT screen condition D11, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH 8.0, 20% PEG 6000 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...Details: MypaA.00829.c.A1 PW29413 at 25.67 mg/mL against PACT screen condition D11, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH 8.0, 20% PEG 6000 with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 220560d11, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 24, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9765 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.45→50 Å / Num. all: 54480 / Num. obs: 54320 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 36.336 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 13.36 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Rfactor: 55.55 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3q1t Resolution: 2.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / WRfactor Rfree: 0.214 / WRfactor Rwork: 0.1627 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8445 / SU B: 18.782 / SU ML: 0.196 / SU R Cruickshank DPI: 0.6826 / SU Rfree: 0.2826 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.283 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 65.95 Å2 / Biso mean: 26.9718 Å2 / Biso min: 2 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 1750 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|