PDB-3r9t: Structure of EchA1_1 from Mycobacterium paratuberculosis ATCC BAA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r9t

タイトル

Structure of EchA1_1 from Mycobacterium paratuberculosis ATCC BAA-968 / K-10

要素

EchA1_1

キーワード

LYASE / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / enoyl-coA hydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2011年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r9t.cif.gz	299.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r9t.ent.gz	244 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r9t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3r9t_validation.pdf.gz	459 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3r9t_full_validation.pdf.gz	463.9 KB	表示
XML形式データ	3r9t_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	3r9t_validation.cif.gz	49.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/3r9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/3r9t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r7kC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC 1uiyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hrx-2 3r9s-d 3hrx-1 3i1k-2 4jfc-1 3swx-d 4zu2-d 3kqf-2 4q1k-d 1szo-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MypaA.01530.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: EchA1_1

B: EchA1_1

C: EchA1_1

ヘテロ分子

84.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.092, 78.274, 75.552
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.130, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	EchA1_1 分子量: 28177.969 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア) 株: ATCC BAA-968 / K-10 / 遺伝子: echA1, MAP_2645c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q73WL5, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.96 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 25% PEG1500, 0.1 M PCTP buffer, pH 9, cryoprotectant: 25% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月23日

放射

モノクロメーター: asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 72409 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 1.005 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.75-1.78	4.2	0.392	3591	0.958	1	100
1.78-1.81	4.6	0.354	3608	0.973	1	100
1.81-1.85	4.6	0.295	3608	0.981	1	100
1.85-1.89	4.6	0.244	3610	1.014	1	100
1.89-1.93	4.6	0.216	3599	1.066	1	100
1.93-1.97	4.6	0.182	3579	1.076	1	100
1.97-2.02	4.6	0.15	3616	1.051	1	100
2.02-2.07	4.6	0.129	3630	1.047	1	100
2.07-2.14	4.6	0.109	3587	1.03	1	100
2.14-2.2	4.6	0.091	3620	1	1	100
2.2-2.28	4.6	0.084	3629	1.032	1	100
2.28-2.37	4.7	0.072	3609	1.022	1	100
2.37-2.48	4.6	0.065	3608	1.016	1	100
2.48-2.61	4.6	0.06	3631	0.937	1	100
2.61-2.78	4.6	0.056	3614	1.039	1	100
2.78-2.99	4.6	0.055	3617	0.999	1	100
2.99-3.29	4.4	0.054	3651	0.995	1	100
3.29-3.77	4.3	0.049	3639	0.943	1	99.9
3.77-4.74	4.4	0.041	3654	1.006	1	99.9
4.74-30	4.6	0.054	3709	0.906	1	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 46.62 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	28.68 Å
Translation	2.5 Å	28.68 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UIY

1uiy

解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.2119 / WR_factor R_work: 0.1856 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8784 / SU B: 4.922 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.1214 / SU R_free: 0.1097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2042	3647	5 %	RANDOM
R_work	0.1802	-	-	-
obs	0.1814	72306	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.75 Å² / B_iso mean: 31.7326 Å² / B_iso min: 11.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	0 Å²	0.48 Å²
2-	-	0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5635	0	27	500	6162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	5858
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	3841
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.348	1.966	8005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.933	3	9339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.43	5	807
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.906	23.306	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.351	15	856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.504	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	920
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	6835
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.613	1.5	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.113	1.5	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.126	2	6181
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.673	3	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.791	4.5	1809

LS精密化シェル

解像度: 1.749→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	261	-
R_work	0.208	4991	-
all	-	5252	-
obs	-	-	98.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.855	0.2076	-0.2666	0.3461	0.0313	0.828	0.0747	-0.0257	0.0768	-0.0237	-0.0054	-0.0253	-0.0979	0.1677	-0.0694	0.0708	-0.0298	0.0083	0.0764	-0.0172	0.0803	48.5582	37.1331	36.291
2	0.7124	0.1503	0.0009	0.8436	-0.0264	0.9938	0.0083	0.0025	-0.0709	-0.0109	-0.0065	0.1456	0.0582	-0.1253	-0.0019	0.0538	-0.0024	-0.0131	0.0465	0.0031	0.1013	18.3795	22.7282	36.7584
3	1.3126	0.1883	-0.1485	0.5097	0.0801	1.0412	0.0745	-0.3551	0.014	0.1951	0.0035	-0.0222	-0.0423	0.1608	-0.078	0.1158	-0.02	-0.0047	0.1713	-0.0158	0.0066	33.6017	29.5724	66.2088

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 263
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 263
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 263

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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