PDB-3r7k: Crystal structure of a probable acyl CoA dehydrogenase from Mycob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r7k

タイトル

Crystal structure of a probable acyl CoA dehydrogenase from Mycobacterium abscessus ATCC 19977 / DSM 44196

要素

Probable acyl CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...

履歴

登録	2011年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r7k.cif.gz	560.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r7k.ent.gz	469.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3r7k_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3r7k_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3r7k_validation.xml.gz	52.9 KB	表示
CIF形式データ	3r7k_validation.cif.gz	71.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/3r7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/3r7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvcC 3gvgC 3gwcC 3h7fC 3h81C 3he2C 3hwiC 3hwkC 3hzgC 3icoC 3khpC 3llsC 3moyC 3mpzC 3mybC 3ndnC 3ndoC 3nf4C 3ng3C 3njdC 3nwoC 3o0mC 3o38C 3oc6C 3oc7C 3oi9C 3oksC 3omeC 3p0tC 3p2yC 3p4iC 3p4tC 3p5mC 3p85C 3pe8C 3pk0C 3ppiC 3pzyC 3q1tC 3q8nC 3qbpC 3qdfC 3qhaC 3qivC 3qk8C 3qkaC 3qljC 3qmjC 3qreC 3quaC 3quvC 3qxiC 3qxzC 3qyrC 3r0oC 3r1iC 3r1jC 3r20C 3r2nC 3r4tC 3r6hC 3r6oC 3r8cC 3r9pC 3r9qC 3r9rC 3r9sC 3r9tC 3rd5C 3rd7C 3rd8C 3rfqC 3rihC 3rr2C 3rr6C 3rrpC 3rrvC 3rsiC 3rv2C 3s82C 3sbxC 3sf6C 3sllC 3svkC 3svtC 3swoC 3swtC 3swxC 3t3wC 3tavC 3tcrC 3tdeC 3tjrC 3tl3C 3tlfC 3trrC 3tx2C 3tzqC 3tzuC 3u0aC 3ucxC 3uveC 4di1C 4dieC 4dq8C 4dxlC 4ed4C 4egeC 4egfC 4emdC 4eo9C 4eyeC 4f3wC 4f47C 4ffcC 4gk6C 4hdtC 4hr3C 4i1yC 4ijnC 4iv6C 4iz9C 4j5iC 4kamC 4lgvC 4o2dC 3oibS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3oib-2 3swo-d 1rx0-d 2pg0-1 3p4t-1 3mpj-2 4x28-d 1buc-1 1siq-1 2579 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MyabA.00247.g

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable acyl CoA dehydrogenase

B: Probable acyl CoA dehydrogenase

C: Probable acyl CoA dehydrogenase

D: Probable acyl CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

175 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.250, 121.120, 172.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 400 / Label seq-ID: 1 - 400

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

#1: タンパク質	Probable acyl CoA dehydrogenase 分子量: 42996.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 株: ATCC 19977 / DSM 44196 / 遺伝子: MAB_2085 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1MPB5
#2: 化合物	ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂ 分子量: 787.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.25 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Internal tracking number 220102B12 JCSG screen condition B12: 20% PEG3350, 0.2 M potassium citrate. MyabA.00247.g.A1 PS 00948 at 39.2 mg/ml, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→49.52 Å / Num. all: 62386 / Num. obs: 62349 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 60.585 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 10.96

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
2.5-2.56	5.6	0.644	2.3	25474	4550	4550	100
2.56-2.64		0.535	2.7	24811		4443	100
2.64-2.71		0.44	3.5	23944		4300	100
2.71-2.8		0.381	4	23336		4204	100
2.8-2.89		0.305	5.1	22492		4091	100
2.89-2.99		0.23	6.3	21517		3935	100
2.99-3.1		0.179	7.9	20430		3811	100
3.1-3.23		0.157	9.1	19359		3664	100
3.23-3.37		0.128	10.8	18459		3557	100
3.37-3.54		0.098	12.9	16897		3362	100
3.54-3.73		0.083	15.2	15818		3229	100
3.73-3.95		0.076	17	14619		3035	100
3.95-4.23		0.068	18.6	13786		2885	100
4.23-4.56		0.064	19.9	12819		2688	100
4.56-5		0.06	21.2	12060		2484	100
5-5.59		0.06	20.8	10833		2249	100
5.59-6.45		0.056	21.2	9897		2021	100
6.45-7.91		0.049	22.7	8524		1713	100
7.91-11.18		0.04	23.9	6596		1354	99.9
11.18-49.52		0.038	21.5	3381		774	96.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	49.52 Å
Translation	2.5 Å	49.52 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3oib

3oib

解像度: 2.5→49.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 24.422 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	4843	7.8 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
all	0.212	62386	-	-
obs	0.212	62184	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.284 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11024	0	218	52	11294

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	11438
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7481
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.588	1.971	15563
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.004	3	18079
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.111	5	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.269	22.672	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.962	15	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.589	15	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	13081
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.627	1.5	7415
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.155	1.5	3146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.132	2	11697
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.806	3	4023
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.904	4.5	3866

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 4390 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
B	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
C	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
D	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
A	MEDIUM THERMAL	0.63	2
B	MEDIUM THERMAL	0.6	2
C	MEDIUM THERMAL	0.64	2
D	MEDIUM THERMAL	0.52	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	357	-
R_work	0.316	4181	-
all	-	4538	-
obs	-	-	99.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1551	-0.005	0.2218	1.7368	-0.6457	2.9115	-0.0811	0.1218	0.0105	0.3082	0.0306	0.3266	0.2156	-0.2072	0.0504	0.9106	-0.0369	0.2022	0.4218	-0.0316	0.1546	16.786	-4.768	-14.244
2	0.9027	0.2303	0.2257	1.9432	-1.2354	3.0979	-0.1772	0.1702	-0.1845	0.1862	0.0748	-0.0008	0.7143	0.305	0.1024	1.183	0.0675	0.2343	0.3944	-0.0288	0.1273	25.739	-15.874	-10.668
3	0.8723	-0.0776	0.3317	2.1795	0.5665	1.7395	-0.0177	-0.0395	0.0492	0.1858	-0.0639	0.0546	-0.1059	-0.155	0.0816	0.8072	-0.0163	0.0275	0.3755	0.0308	0.1248	28.033	8.839	-29.792
4	1.2893	-0.3535	-0.5881	2.5153	1.0872	1.4622	0.1417	-0.2356	-0.0469	0.632	0.0849	-0.7209	0.0237	0.3562	-0.2266	0.9954	-0.084	-0.2586	0.5153	0.0137	0.2881	57.601	22.349	-9.986
5	0.1296	-0.0443	0.3503	6.5161	-0.1444	2.3224	0.0658	-0.2166	-0.0598	0.4862	0.017	-0.2472	-0.3113	-0.2019	-0.0828	1.0622	-0.0561	-0.0705	0.4592	0.0013	0.1036	46.006	34.346	-10.215
6	0.5607	0.2433	0.076	1.6095	0.1492	1.1573	-0.0829	-0.0056	0.0742	0.2295	0.0884	-0.2571	-0.0617	0.1245	-0.0055	0.8245	-0.0133	-0.0782	0.394	0.019	0.214	49.923	8.172	-26.402
7	1.7795	-0.4125	0.0123	1.6731	-0.51	2.6897	0.0577	-0.1169	0.0467	-0.578	-0.0869	0.2987	-0.156	-0.0366	0.0291	0.9337	0.0296	-0.1393	0.3499	-0.0517	0.1388	20.2	8.939	-68.124
8	1.7941	-1.1658	0.2014	2.616	-1.0194	2.7572	-0.0892	-0.0765	0.4478	-0.2807	-0.0626	-0.0093	-0.8475	0.2505	0.1518	1.2966	-0.0284	-0.1503	0.3445	-0.0661	0.2442	26.104	24.834	-71.02
9	1.3134	-0.3875	-0.1343	1.2769	0.4741	1.1593	-0.0176	0.0896	-0.0214	-0.1957	-0.0225	0.0371	-0.0323	0.0165	0.0401	0.8127	-0.0134	-0.0194	0.3728	0.0126	0.1041	32.19	2.677	-49.905
10	1.7847	0.1692	-0.213	2.408	0.5901	1.7852	0.085	0.2084	0.0884	-0.417	0.0104	-0.8349	-0.0395	0.4371	-0.0954	0.8548	-0.0836	0.2564	0.6857	0.0147	0.5133	68.349	1.968	-60.59
11	2.9648	-1.6571	0.6346	4.6947	-0.3736	2.2454	0.241	0.3678	-0.3112	-0.4579	-0.1573	-0.7922	0.2802	0.1994	-0.0837	0.8993	-0.0463	0.2251	0.5951	-0.0543	0.4632	63.624	-12.937	-61.888
12	1.08	0.0554	0.1796	1.3114	-0.2809	1.6841	-0.0521	0.124	0.1126	-0.1183	0.0091	-0.3941	-0.2278	0.1849	0.043	0.8088	-0.0737	0.041	0.4318	0.0165	0.2694	52.255	11.95	-47.451

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 187
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	188 - 258
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	259 - 398
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	24 - 168
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	169 - 257
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	258 - 398
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	24 - 168
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	169 - 258
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	259 - 399
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	24 - 188
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	189 - 257
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	258 - 398

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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