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- PDB-3qj6: The crystal structure of PWWP domain of human Hepatoma-derived gr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qj6
タイトルThe crystal structure of PWWP domain of human Hepatoma-derived growth factor 2 in complex with H3K79me3 peptide
要素
  • H3K79me3
  • Hepatoma-derived growth factor-related protein 2
キーワードPROTEIN BINDING/ NUCLEAR PROTEIN / structural genomics consortium / histone / SGC / PROTEIN BINDING PROTEIN / PROTEIN BINDING- NUCLEAR PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


H3K27me3 modified histone binding / H3K9me3 modified histone binding / skeletal muscle tissue regeneration / muscle cell differentiation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / muscle organ development / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / methylated histone binding ...H3K27me3 modified histone binding / H3K9me3 modified histone binding / skeletal muscle tissue regeneration / muscle cell differentiation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / muscle organ development / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / methylated histone binding / telomere organization / histone reader activity / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / positive regulation of cell growth / Oxidative Stress Induced Senescence / DNA recombination / Estrogen-dependent gene expression / chromatin remodeling / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / DNA repair / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / TFIIS/LEDGF domain superfamily / SH3 type barrels. - #140 / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Histone H3 signature 1. ...Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / TFIIS/LEDGF domain superfamily / SH3 type barrels. - #140 / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / SH3 type barrels. / Histone-fold / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / Hepatoma-derived growth factor-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zeng, H. / Amaya, M.F. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Mackenzie, F. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. ...Zeng, H. / Amaya, M.F. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Mackenzie, F. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural and Histone Binding Ability Characterizations of Human PWWP Domains.
著者: Wu, H. / Zeng, H. / Lam, R. / Tempel, W. / Amaya, M.F. / Xu, C. / Dombrovski, L. / Qiu, W. / Wang, Y. / Min, J.
履歴
登録2011年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatoma-derived growth factor-related protein 2
T: H3K79me3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3535
ポリマ－12,2572
非ポリマー963
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area6030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.934, 74.934, 41.764
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Hepatoma-derived growth factor-related protein 2 / HRP-2 / Hepatoma-derived growth factor 2 / HDGF-2


分子量: 10714.236 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Q7Z4V5 residues 1-93 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDGFRP2, HDGF2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) V2R-pRARE / 参照: UniProt: Q7Z4V5
#2: タンパク質・ペプチド H3K79me3


分子量: 1542.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: synthetic peptide. Sequence occurs naturally in human, UNP P68431 residues 74-84
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 5% isopropanol. Protein was pre-incubated with 5 equivalents of peptide ligand, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97944 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 6094 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 1.953 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.3410.40.4663130.931100
2.34-2.3811.20.4422910.9211100
2.38-2.43110.3992920.9541100
2.43-2.4811.20.3633101.0181100
2.48-2.5311.10.3412990.9911100
2.53-2.5911.10.2783041.1411100
2.59-2.6611.10.2482991.0641100
2.66-2.7311.10.2122981.1541100
2.73-2.8111.10.1543031.2621100
2.81-2.911.10.1583031.2841100
2.9-3110.1213081.4381100
3-3.1211.10.1083011.4941100
3.12-3.26110.1053071.9551100
3.26-3.44110.0833052.1971100
3.44-3.6510.90.0742942.4791100
3.65-3.9310.70.0713122.9111100
3.93-4.3310.60.0633093.0581100
4.33-4.9510.50.0533012.6041100
4.95-6.2410.20.0483192.0851100
6.24-409.90.0533268.47199.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3eae

3eae


解像度: 2.3→37.468 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / WRfactor Rfree: 0.285 / WRfactor Rwork: 0.232 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 17.307 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED. The program COOT and the MOLPROBITY server were also used.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 281 4.635 %RANDOM
Rwork0.2337 ---
obs0.236 6063 99.802 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 85.84 Å2 / Biso mean: 37.022 Å2 / Biso min: 17.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.707 Å20.853 Å20 Å2
2--1.707 Å20 Å2
3----2.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.468 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数764 0 7 10 781
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022799
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1731.9561085
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79231359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.758592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.77823.84639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.07215107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.903152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4191.5477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0691.5186
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7832759
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0793322
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7084.5326
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.360.403170.303431448100
2.36-2.4240.31250.30340643399.538
2.424-2.4940.273200.27540042199.762
2.494-2.570.299190.2838140199.751
2.57-2.6540.366170.25838340199.751
2.654-2.7470.334170.245363380100
2.747-2.850.202210.21535137399.732
2.85-2.9660.24160.22334436299.448
2.966-3.0970.283100.266321331100
3.097-3.2470.335180.25931733799.407
3.247-3.4210.276170.232301318100
3.421-3.6260.299180.218265283100
3.626-3.8740.201140.197272286100
3.874-4.1810.366100.196253263100
4.181-4.5740.16100.184230240100
4.574-5.1050.31150.20721021699.537
5.105-5.8760.22490.219188197100
5.876-7.1530.22260.22116216999.408
7.153-9.9360.44960.247126132100
9.936-37.4680.27960.3957884100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.7272 Å / Origin y: 27.0252 Å / Origin z: -2.2485 Å
111213212223313233
T0.1192 Å20.0174 Å2-0.0222 Å2-0.0795 Å20.0084 Å2--0.0348 Å2
L7.5036 °2-0.2995 °2-4.7029 °2-4.8571 °20.3797 °2--11.9317 °2
S-0.121 Å °0.3632 Å °0.0812 Å °-0.3103 Å °0.0862 Å °-0.0888 Å °0.2888 Å °-0.4064 Å °0.0348 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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