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- PDB-3qiv: Crystal structure of a putative short-chain dehydrogenase or 3-ox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qiv
タイトルCrystal structure of a putative short-chain dehydrogenase or 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase from Mycobacterium paratuberculosis ATCC BAA-968 / K-10
要素short-chain dehydrogenase or 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / NADB_Rossman superfamily
機能・相同性Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: short-chain dehydrogenase or 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: short-chain dehydrogenase or 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3432
ポリマ－53,3432
非ポリマー00
水2,144119
1
A: short-chain dehydrogenase or 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: short-chain dehydrogenase or 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

A: short-chain dehydrogenase or 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: short-chain dehydrogenase or 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,6854
ポリマ－106,6854
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area6640 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area31700 Å2
手法PISA
2
A: short-chain dehydrogenase or 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

A: short-chain dehydrogenase or 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3432
ポリマ－53,3432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17250 Å2
手法PISA
3
B: short-chain dehydrogenase or 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

B: short-chain dehydrogenase or 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3432
ポリマ－53,3432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area16810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.440, 90.070, 92.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 short-chain dehydrogenase or 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量: 26671.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (バクテリア)
株: ATCC BAA-968 / K-10 / 遺伝子: MAP_0603 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q743I2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 16.94 mg/ml MypaA.00414.c.A1, 300 mM magnessium formate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月13日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 24019 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.25-2.294.20.35211831.043199.7
2.29-2.334.70.24411720.949199.5
2.33-2.384.80.18711970.905199.8
2.38-2.424.80.18411720.916199.9
2.42-2.484.80.1412040.97199.8
2.48-2.534.80.13911801.009199.7
2.53-2.64.80.12211950.978199.7
2.6-2.674.80.10911830.978199.6
2.67-2.754.80.10212051.035199.4
2.75-2.834.80.08312011.035199.7
2.83-2.944.80.07111861.011199.6
2.94-3.054.80.05911931.075199.4
3.05-3.194.80.05211951.045199.4
3.19-3.364.80.04811930.992198.8
3.36-3.574.80.04512110.995199.3
3.57-3.854.70.04712120.96198.7
3.85-4.234.60.05512101.085198.6
4.23-4.854.40.04912021.076197.6
4.85-6.14.50.04612370.991197.9
6.1-504.50.0212880.963195.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 54.98 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å40.47 Å
Translation2.5 Å40.47 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GVC

3gvc


解像度: 2.25→40.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / WRfactor Rfree: 0.2452 / WRfactor Rwork: 0.2144 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.827 / SU B: 12.298 / SU ML: 0.138 / SU R Cruickshank DPI: 0.2567 / SU Rfree: 0.2121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2564 1221 5.1 %RANDOM
Rwork0.2153 ---
obs0.2173 23922 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 41.35 Å2 / Biso mean: 36.868 Å2 / Biso min: 2.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→40.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2826 0 0 119 2945
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222857
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8771.9553864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80634470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1295388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.97225.135111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60515446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0581514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3421.51925
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.051.5825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6523014
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9413932
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5884.5850
LS精密化 シェル解像度: 2.247→2.306 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 74 -
Rwork0.392 1623 -
all-1697 -
obs--96.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3004-0.3549-1.25675.42520.47046.0243-0.00490.1267-0.29280.1431-0.16170.46640.1736-0.79590.16660.1167-0.01590.01790.1642-0.04870.16895.59238.82314.27
21.828-0.562-2.20730.22280.44635.28220.14680.210.2171-0.0649-0.0505-0.0194-0.2872-0.4241-0.09630.20880.02020.02270.09530.00310.202215.02345.5287.051
35.6504-0.1041-0.47534.58110.77783.1347-0.04570.1261-0.3357-0.1684-0.04970.15320.4312-0.06250.09540.2458-0.02350.02030.0313-0.01230.141718.22332.12614.97
44.435-0.2884-0.22822.2870.47142.93440.0283-0.6508-0.24620.12440.1102-0.03010.00790.0771-0.13850.1096-0.02580.0050.1930.05920.155818.2230.1723.198
516.311-0.1939-6.1680.02090.0632.34020.1475-0.86270.2414-0.0013-0.05040.0235-0.04070.3671-0.09710.17730.0050.01440.3034-0.00910.157833.5981.436.217
63.87260.4859-0.32984.11150.01824.37110.15940.02930.29710.05110.0686-0.1008-0.38750.1212-0.2280.164-0.0180.04320.09730.01430.175815.34812.43513.208
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2A27 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3A129 - 241
4X-RAY DIFFRACTION4B0 - 89
5X-RAY DIFFRACTION5B90 - 125
6X-RAY DIFFRACTION6B126 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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