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- PDB-3oks: Crystal structure of 4-aminobutyrate transaminase from mycobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oks
タイトルCrystal structure of 4-aminobutyrate transaminase from mycobacterium smegmatis
要素4-aminobutyrate transaminase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
4-aminobutyrate aminotransferase, bacterial / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...4-aminobutyrate aminotransferase, bacterial / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / 4-aminobutyrate transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2010年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-aminobutyrate transaminase
B: 4-aminobutyrate transaminase
C: 4-aminobutyrate transaminase
D: 4-aminobutyrate transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,54726
ポリマ－190,4124
非ポリマー1,13522
水27,7611541
1
A: 4-aminobutyrate transaminase
B: 4-aminobutyrate transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,77613
ポリマ－95,2062
非ポリマー57011
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11480 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area26110 Å2
手法PISA
2
C: 4-aminobutyrate transaminase
D: 4-aminobutyrate transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,77113
ポリマ－95,2062
非ポリマー56511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11350 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.010, 128.010, 104.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質
4-aminobutyrate transaminase


分子量: 47602.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084/mc(2)155 / 遺伝子: gabT, MSMEG_2959 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0QWJ0, 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: JCSG SCREEN CONDITION A5, TRAY BARCODE 216078: 200MM MG FORMATE PH 5.9, 20% PEG 3350, MYSMA.01026.C.A1 AT 25.11 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月21日
放射モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97741
20.97741
反射解像度: 1.8→48.2 Å / Num. all: 155109 / Num. obs: 155089 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.35 % / Biso Wilson estimate: 19.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 14.91
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 11454 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換, 分子置換 / 解像度: 1.8→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.813 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.159 7782 5 %RANDOM
Rwork0.126 ---
all0.128 155109 --
obs0.128 154935 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13110 0 73 1541 14724
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02213694
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.97418646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.957322257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.79751867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.97623.671553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.828152149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.99315103
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.22149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02115640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022683
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7111.58959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2251.53726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.235214325
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.22634735
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6834.54277
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 548 -
Rwork0.173 10886 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3337-0.02440.11620.2229-0.08880.228-0.02980.00440.06380.0382-0.0197-0.0809-0.03380.04340.04950.0162-0.0078-0.02720.02370.00970.050313.58389.9326.004
20.33830.04940.11760.20760.01090.15110.0131-0.0568-0.04310.0313-0.0035-0.01080.0235-0.0307-0.00960.022-0.0049-0.01140.0310.01410.0153-10.85371.20911.094
30.253-0.0322-0.10150.14440.06340.2307-0.02360.0533-0.0493-0.0025-0.01990.03780.0441-0.05590.04350.0187-0.01340.01090.0287-0.0270.0318.10325.73816.952
40.2165-0.0076-0.15280.1255-0.01510.22970.0141-0.02510.01230.0047-0.0119-0.0052-0.01260.0373-0.00230.0117-0.00330.00720.0203-0.00820.009639.25346.04227.694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 445
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 445
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 445
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 445

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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