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万見
- PDB-3oau: Antibody 2G12 Recognizes Di-Mannose Equivalently in Domain- and N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oau
タイトルAntibody 2G12 Recognizes Di-Mannose Equivalently in Domain- and Non-Domain-Exchanged Forms, but only binds the HIV-1 Glycan Shield if Domain-Exchanged
要素
  • Fab 2G12, heavy chain
  • Fab 2G12, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 2alpha-alpha-mannobiose
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Doores, K.J. / Fulton, Z. / Huber, M. / Wilson, I.A. / Burton, D.R.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Antibody 2G12 recognizes di-mannose equivalently in domain- and nondomain-exchanged forms but only binds the HIV-1 glycan shield if domain exchanged.
著者: Doores, K.J. / Fulton, Z. / Huber, M. / Wilson, I.A. / Burton, D.R.
履歴
登録2010年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab 2G12, heavy chain
L: Fab 2G12, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7346
ポリマ－47,1082
非ポリマー6274
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area19690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.301, 56.628, 57.653
Angle α, β, γ (deg.)92.91, 105.05, 92.74
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 Fab 2G12, heavy chain


分子量: 23976.906 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 変異: I19R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab 2G12, light chain


分子量: 23130.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 1種, 1分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose / 2alpha-alpha-mannobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 2alpha-alpha-mannobiose
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1a_1-5]/1-1/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 198分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.75 Å / Num. obs: 32889 / Biso Wilson estimate: 31.64 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→19.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8837 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2428 1633 5.05 %RANDOM
Rwork0.2117 ---
obs0.2134 32317 --
原子変位パラメータBiso max: 132.76 Å2 / Biso mean: 46.4094 Å2 / Biso min: 22.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3161 Å2-8.0545 Å20.6111 Å2
2---8.2006 Å21.7949 Å2
3---5.8844 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.286 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3262 0 39 195 3496
拘束条件
Refine-IDタイプ数WeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d11232
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes652
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5015
X-RAY DIFFRACTIONt_it337620
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4605
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact37214
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d340020.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg463621.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.86
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 85 4.54 %
Rwork0.205 1787 -
all0.2067 1872 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4747-0.16140.15141.4791-1.22631.9450.0167-0.01440.03660.3190.06360.1095-0.5294-0.0503-0.08030.14880.00960.02660.0775-0.04330.0266-12.50168.0051-11.522
20.38590.0850.14630.5566-0.60983.5036-0.0515-0.0658-0.0207-0.06220.07160.03470.4648-0.0899-0.0201-0.0114-0.05240.00790.0025-0.0333-0.015-12.5094-8.1433-19.7634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ H|1 - H|137 H|144 - H|224 }H1 - 137
2X-RAY DIFFRACTION1{ H|1 - H|137 H|144 - H|224 }H144 - 224
3X-RAY DIFFRACTION2{ L|2 - L|213 }L2 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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