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- PDB-3oaz: A non-self sugar mimic of the HIV glycan shield shows enhanced an... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3oaz | ||||||
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Title | A non-self sugar mimic of the HIV glycan shield shows enhanced antigenicity | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Fab | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-2M5![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Doores, K.J. / Fulton, Z. / Hong, V. / Patel, M.K. / Scanlan, C.N. / Wormald, M.R. / Finn, M.G. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. / Davis, B.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: A nonself sugar mimic of the HIV glycan shield shows enhanced antigenicity. Authors: Doores, K.J. / Fulton, Z. / Hong, V. / Patel, M.K. / Scanlan, C.N. / Wormald, M.R. / Finn, M.G. / Burton, D.R. / Wilson, I.A. / Davis, B.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 297.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 494.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 507.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 46.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 69.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3oayC ![]() 3ob0C ![]() 1op3 C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Antibody , 2 types, 4 molecules HMKL
#1: Antibody | Mass: 23716.609 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Fab Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23201.840 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-Sugars , 1 types, 2 molecules ![](data/chem/img/2M5.gif)
#5: Sugar |
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-Non-polymers , 3 types, 1041 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-CL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.29 % |
---|
-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
---|---|
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→29.65 Å / Num. obs: 85554 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1OP3 ![]() 1op3 Resolution: 1.75→29.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 4.91 / SU ML: 0.08 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.121 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 53.38 Å2 / Biso mean: 23.494 Å2 / Biso min: 2.47 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→29.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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