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- PDB-3mnv: Crystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mnv
タイトルCrystal structure of the non-neutralizing HIV antibody 13H11 Fab fragment
要素(ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / HIV / gp41 / MPER / 13H11 / 2F5 / Z13 / 4E10 / Fab antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Ig-like domain-containing protein / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nicely, N.I. / Dennison, S.M. / Kelsoe, G. / Liao, H.-X. / Alam, S.M. / Haynes, B.F.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of a non-neutralizing antibody to the HIV-1 gp41 membrane-proximal external region.
著者: Nicely, N.I. / Dennison, S.M. / Spicer, L. / Scearce, R.M. / Kelsoe, G. / Ueda, Y. / Chen, H. / Liao, H.X. / Alam, S.M. / Haynes, B.F.
履歴
登録2010年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN
B: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN
C: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN
D: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,40416
ポリマ－96,4824
非ポリマー92212
水7,512417
1
A: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN
B: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,84710
ポリマ－48,2412
非ポリマー6068
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20570 Å2
手法PISA
2
C: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN
D: ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5576
ポリマ－48,2412
非ポリマー3164
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.378, 158.378, 92.975
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

-
抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 LIGHT CHAIN


分子量: 24719.545 Da / 分子数: 2 / 断片: FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
細胞株 (発現宿主): HEK293T CELL / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0
#2: 抗体 ANTI-HIV-1 ANTIBODY 13H11 HEAVY CHAIN


分子量: 23521.475 Da / 分子数: 2 / 断片: FUSION PROTEIN between mouse Fv and a human Fc / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
細胞株 (発現宿主): HEK293T CELL / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6N089

-
非ポリマー , 5種, 429分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Qiagen AmSO4 suite, reservoir: 2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium nitrate. Drop: 0.5 uL protein + 0.5 uL reservoir., VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.278 Å / Num. all: 51941 / Num. obs: 51525 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 11.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_271)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MHH, 1TJG

1mhh

1tjg


解像度: 2.4→45.278 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 1983 3.87 %
Rwork0.1808 --
obs0.1826 51189 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.154 Å2 / ksol: 0.406 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6595 0 51 417 7063
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086839
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0759288
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4072411
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721039
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051176
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.46020.22691360.19373439X-RAY DIFFRACTION98
2.4602-2.52670.26851410.19083514X-RAY DIFFRACTION98
2.5267-2.6010.27161430.20843505X-RAY DIFFRACTION99
2.601-2.6850.25411410.19823518X-RAY DIFFRACTION99
2.685-2.78090.29471410.19573511X-RAY DIFFRACTION99
2.7809-2.89230.27631420.19513498X-RAY DIFFRACTION99
2.8923-3.02390.24181430.18873519X-RAY DIFFRACTION99
3.0239-3.18330.25171440.18143536X-RAY DIFFRACTION99
3.1833-3.38260.2171410.1733506X-RAY DIFFRACTION99
3.3826-3.64370.19971420.15743527X-RAY DIFFRACTION99
3.6437-4.01020.21341410.153530X-RAY DIFFRACTION99
4.0102-4.590.1731430.12933532X-RAY DIFFRACTION99
4.59-5.7810.17851410.1383528X-RAY DIFFRACTION98
5.781-45.28650.22281440.20463543X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.8388-0.5141-0.92921.31621.09581.3235-0.27340.72470.13550.1322-0.30450.29730.5908-0.15560.10880.5013-0.08770.0310.33660.14150.2805106.3835-27.192141.6919
20.4253-0.45520.17711.25360.37560.2007-0.2449-0.01250.21180.47690.0622-0.1861-0.5505-0.14220.12450.5263-0.03780.00070.17740.02170.2618
34.5281-3.83231.84363.4291-2.35033.7795-0.16770.00360.77170.231-0.0425-0.2861-1.21490.07070.24080.5570.0719-0.01170.29140.00150.3298
41.5438-1.56241.2943.7647-0.7962.20850.594-0.55120.5076-0.44850.03741.955-0.1867-1.1553-0.08010.39760.19430.03570.713-0.05330.7935
53.01510.10041.48482.39090.35282.8380.2451-0.2646-0.23820.4918-0.04260.03550.5194-0.3011-0.1510.3944-0.00520.02980.16980.03720.1201
61.721-0.06671.90460.62431.14791.79460.05840.02490.0790.13280.0043-0.0883-0.150.0435-0.01440.4416-0.00790.02170.17450.00410.1961
75.4355-1.3042-1.03061.6768-0.35942.3518-0.08560.20310.62910.1927-0.0379-0.9609-0.45710.2615-0.19680.373-0.12070.06110.18320.0590.2749
84.32990.54312.25410.9761.36633.2241-0.4370.71811.6696-1.7875-0.1225-0.2143-1.4285-0.03560.01660.7923-0.25970.17950.51870.28650.9066
91.8797-1.4289-0.88781.4787-0.03282.91270.0731-0.02740.1556-0.1315-0.2033-0.2448-0.2706-0.16320.01920.4207-0.08230.01990.24540.04930.2808
103.8499-1.2323-2.14160.6064-0.44813.85610.2268-0.18441.3319-0.40960.1903-0.821-0.84540.6401-0.31850.4843-0.28290.15150.50070.05650.67
110.9182-0.79671.2394.1965-2.85263.30490.49550.0188-0.4524-0.48380.31940.5827-0.0137-0.1983-0.5390.444600.11850.35030.08120.5697
121.4125-0.45051.431.5678-0.38551.53360.1889-0.0963-0.3727-0.5073-0.02250.13270.3114-0.0771-0.16580.39870.0038-0.06240.17310.05250.2321
135.9241-0.82420.05242.1641-0.15840.2821-0.0145-0.16390.7467-0.32470.1560.0004-0.09230.10740.01950.3464-0.00530.01740.1709-0.00440.1595
142.3955-0.9192-1.11150.8565-0.34981.93610.37510.62580.9359-0.41980.0710.4679-0.1671-0.5628-0.25350.38970.0155-0.02850.28080.10660.169
152.3469-0.5448-1.18642.0904-0.42961.45560.69860.52730.13880.0944-0.0397-0.0591-0.1499-0.6581-0.4790.45030.0562-0.08180.27960.02430.1115
166.60753.70170.94275.91931.140.28030.37350.99580.0499-0.77-0.09450.44720.2495-0.2421-0.21710.4131-0.0052-0.12350.25250.01920.2194
171.8821-1.3841-1.45914.2762-0.43445.08480.59640.34190.6728-0.2491-0.7170.29340.0524-0.3855-0.15110.4616-0.01510.07250.18590.07980.1973
182.0763-0.2452-1.33590.8463-0.20451.0683-0.0256-0.20870.102-0.0167-0.04390.00970.08320.16540.02670.37090.00750.01520.1988-0.03760.1522
191.6563-0.4937-0.60181.773-1.03742.17980.12430.10740.071-0.2763-0.1016-0.1117-0.094-0.035-0.06430.24930.00180.09440.13570.00750.1591
206.02342.8666-0.51171.58370.26633.3619-0.2442-0.3126-0.9149-0.94120.1275-0.1345-0.00810.43660.13040.44670.11830.12210.2269-0.01050.4131
213.685-0.5096-5.03946.99353.54188.06120.4430.67050.34971.23510.3285-0.6621.3485-0.5553-0.16460.524-0.319-0.10260.63770.4020.6514
221.5789-1.83551.02592.6742-0.31991.60160.69390.1495-1.0733-0.56310.08730.93710.6492-0.0602-0.48370.5634-0.0431-0.20350.21-0.07030.4691
231.6527-0.40020.7640.204-0.1210.61740.14210.2856-1.2828-0.08190.1990.90650.61610.0153-0.36240.7082-0.1787-0.25510.27160.09160.8666
249.33393.20975.32533.77021.15113.20840.1606-1.03850.1673-0.8183-0.07091.61160.1309-0.24160.00670.4883-0.125-0.26770.47870.06620.8014
252.1559-1.01890.79253.65810.20451.45580.28950.0326-0.3478-0.3886-0.02690.23410.33520.0707-0.27050.3743-0.0432-0.09450.17380.00610.3025
263.09010.50091.47360.506-0.31391.2524-0.1227-0.8851-0.8527-0.36230.43020.76550.5111-0.191-0.33450.3012-0.0966-0.09510.23350.16020.5154
270.8299-1.30950.16742.8640.27830.936-0.239-0.0192-0.24590.16820.2104-0.14480.05850.16750.02070.32610.0210.06820.1831-0.03020.2054
281.892-2.7414-1.12616.22033.92773.4533-0.6708-0.126-0.67531.02320.91161.22231.1339-0.13920.11010.6559-0.10990.19490.36320.0510.5804
290.41380.598-0.16370.7788-0.61965.9408-0.2407-0.1388-0.3046-0.0689-0.1480.16781.1881-0.19670.28740.54810.17990.13510.1850.04380.2792
303.4136-0.5957-0.40090.33710.37386.745-0.2586-0.4246-0.55590.69050.19570.18841.95890.43190.12220.65730.22020.12910.22740.02610.2651
311.58710.2318-3.22890.5594-0.90626.84780.09730.5668-1.43910.6137-0.3159-0.7075-1.10410.5599-0.02430.462-0.09060.10080.3702-0.11520.2721
320.5423-0.69881.27080.8179-1.84385.5202-0.0988-0.1249-0.05730.01880.27440.2773-0.5069-0.1098-0.22830.4507-0.01170.1180.27850.06640.3612
332.8693-0.97682.0410.3438-0.31827.00050.78990.1931-0.3613-0.2144-0.41290.34880.39050.0649-0.41130.3023-0.05960.00250.32220.11870.3516
342.0804-2.09061.1772.0203-1.06486.2739-0.1152-0.27630.11690.4790.60580.2781-0.9273-0.8032-0.54920.32470.12540.19080.37220.17310.3365
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361.21790.14660.96761.5463-0.94762.67860.0925-0.136-0.0514-0.13960.29350.2074-0.39710.1463-0.27340.1949-0.02460.06380.14520.03970.1582
373.6974-1.281-0.12885.911.73360.9538-0.0624-0.1703-0.55020.55490.16440.30010.0960.2827-0.14150.23430.0427-0.08580.141-0.01330.1186
381.1012-0.75950.12911.39930.16781.07830.07230.1565-0.0852-0.01120.04610.00370.21650.05-0.06130.2608-0.02070.02090.1855-0.0140.1705
391.78180.3715-2.01121.51650.05493.87510.3352-0.40980.3520.09620.0396-0.2034-0.420.4863-0.37830.23950.0290.00650.1778-0.03950.1374
401.5261-1.7223-0.57427.8975-1.5492.15090.37190.15210.2991-0.2101-1.1015-0.72780.51231.12570.49550.3690.1338-0.11010.4760.04780.2681
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid -2:3)A-2 - 3
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 4:21)A4 - 21
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 22:29)A22 - 29
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 30:30F)A30
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 31:69)A31 - 69
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 70:109)A70 - 109
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 110:146)A110 - 146
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 147:158)A147 - 158
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 159:184)A159 - 184
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 185:213)A185 - 213
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 0:4)B0 - 4
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 5:30)B5 - 30
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 31:49)B31 - 49
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 50:64)B50 - 64
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 65:72)B65 - 72
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 73:82A)B73 - 82
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 82B:85)B82
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 86:114)B86 - 114
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 115:215)B115 - 215
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 216:226)B216 - 226
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid -1:3)C-1 - 3
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 4:21)C4 - 21
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 22:30)C22 - 30
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 30A:30E)C30
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 30F:93)C30
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 94:105)C94 - 105
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 106:141)C106 - 141
28X-RAY DIFFRACTION28(chain C and resid 142:147)C142 - 147
29X-RAY DIFFRACTION29(chain C and resid 148:195)C148 - 195
30X-RAY DIFFRACTION30(chain C and resid 196:212)C196 - 212
31X-RAY DIFFRACTION31(chain D and resid 1:5)D1 - 5
32X-RAY DIFFRACTION32(chain D and resid 6:40)D6 - 40
33X-RAY DIFFRACTION33(chain D and resid 41:53)D41 - 53
34X-RAY DIFFRACTION34(chain D and resid 54:80)D54 - 80
35X-RAY DIFFRACTION35(chain D and resid 81:85)D81 - 85
36X-RAY DIFFRACTION36(chain D and resid 86:116)D86 - 116
37X-RAY DIFFRACTION37(chain D and resid 117:127)D117 - 127
38X-RAY DIFFRACTION38(chain D and resid 136:194)D136 - 194
39X-RAY DIFFRACTION39(chain D and resid 195:221)D195 - 221
40X-RAY DIFFRACTION40(chain D and resid 222:226)D222 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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