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- PDB-3gvc: Crystal structure of probable short-chain dehydrogenase-reductase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gvc
タイトルCrystal structure of probable short-chain dehydrogenase-reductase from Mycobacterium tuberculosis
要素Probable short-chain type dehydrogenase/reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / deCODE / NIAID / UWPPG / SBRI / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable short-chain type dehydrogenase/reductase / Oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2009年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable short-chain type dehydrogenase/reductase
B: Probable short-chain type dehydrogenase/reductase
C: Probable short-chain type dehydrogenase/reductase
D: Probable short-chain type dehydrogenase/reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5854
ポリマ－112,5854
非ポリマー00
水4,324240
1
A: Probable short-chain type dehydrogenase/reductase
B: Probable short-chain type dehydrogenase/reductase

A: Probable short-chain type dehydrogenase/reductase
B: Probable short-chain type dehydrogenase/reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5854
ポリマ－112,5854
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area13470 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area30600 Å2
手法PISA
2
C: Probable short-chain type dehydrogenase/reductase
D: Probable short-chain type dehydrogenase/reductase

C: Probable short-chain type dehydrogenase/reductase
D: Probable short-chain type dehydrogenase/reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5854
ポリマ－112,5854
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area13670 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area30450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.690, 51.380, 118.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.500, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質
Probable short-chain type dehydrogenase/reductase / Oxidoreductase


分子量: 28146.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expressed with an N-terminal hexahis tag fused with a 3C protease substrate linker but not-cleaved prior to crystallization
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT1991, Rv1941 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P95273, UniProt: I6XZC4*PLUS, 酸化還元酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Emerald Wizard Full screen condition F6, 20% PEG 3000, 0.1 M Tris, 0.2 M CaCl2, 11.8 mg/mL protein, crystal ID 202293f6, 25% glycerol as cryo-protectant, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97933 Å
検出器日付: 2009年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→20 Å / Num. obs: 36246 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 32.734 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 7.97
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured obs: 7568 / Num. unique all: 2654 / Num. unique obs: 2654 / % possible all: 99.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IY8

1iy8


解像度: 2.45→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / WRfactor Rfree: 0.213 / WRfactor Rwork: 0.166 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.83 / SU B: 9.386 / SU ML: 0.211 / SU R Cruickshank DPI: 0.549 / SU Rfree: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.548 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1808 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.195 36246 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.25 Å2 / Biso mean: 25.165 Å2 / Biso min: 4.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.84 Å20 Å22.01 Å2
2---1.98 Å20 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6983 0 0 240 7223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0227045
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024477
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1761.9599546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.872310973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8045991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.77724.008237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.139151109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4641549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.471.54887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0721.52098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.88527680
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.30432158
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2134.51866
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 147 -
Rwork0.259 2503 -
all-2650 -
obs--99.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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