PDB-2yng: HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with inhibitor GSK560

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yng

タイトル

HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with inhibitor GSK560

要素

P51 RT
REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H

キーワード

HYDROLASE / NNRTI

機能・相同性

機能・相同性情報

integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Chong, P. / Sebahar, P. / Youngman, M. / Garrido, D. / Zhang, H. / Stewart, E.L. / Nolte, R.T. / Wang, L. / Ferris, R.G. / Edelstein, M. ...

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Rational Design of Potent Non-Nucleoside Inhibitors of HIV-1 Reverse Transcriptase.
著者: Chong, P. / Sebahar, P. / Youngman, M. / Garrido, D. / Zhang, H. / Stewart, E.L. / Nolte, R.T. / Wang, L. / Ferris, R.G. / Edelstein, M. / Weaver, K. / Mathis, A. / Peat, A.

履歴

登録	2012年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月18日	Group: Structure summary
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yng.cif.gz	428.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yng.ent.gz	349.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yng.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2yng_validation.pdf.gz	842.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yng_full_validation.pdf.gz	851.4 KB	表示
XML形式データ	2yng_validation.xml.gz	42.2 KB	表示
CIF形式データ	2yng_validation.cif.gz	62.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2yng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2yng	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ynfSC 2ynhC 2yniC 1a30 1bv7 1bv9 1bve 1bvg 1bwa 1bwb 1c0t 1c0u 1c1b 1c1c 1dmp 1dtq 1dtt 1e6j 1ep4 1esk 1ex4 1exq 1fb7 1fk9 1fko 1fkp 1g6l 1hiv 1hvh 1hvr 1hwr 1hxb 1jkh 1jla 1jlb 1jlc 1jle 1jlf 1jlg 1jlq 1klm 1lv1 1lw0 1lw2 1lwc 1lwe 1lwf 1ncp 1o1w 1odw 1ody 1qbr 1qbs 1qbt 1qbu 1rev 1rt1 1rt2 1rt3 1rt4 1rt5 1rt6 1rt7 1rtd 1rth 1rti 1rtj 1s1t 1s1u 1s1v 1s1w 1s1x 1t05 1tam 1tkt 1tkx 1tkz 1tl1 1tl3 1vrt 1vru 2whh 2wom 2won 3phv 4b3o 4b3p 4b3q S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mee-d 1ikw-d 2ynf-d 2vg5-d 1s1t-d 1dtt-d 1klm-d 3m8q-d 2ynh-d 3c6t-d 1ikv-d 2ykm-d 3lp0-d 2rf2-d 1jlc-d 2vg7-d 5c24-d 1jlg-d 2yni-d 1rti-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (13) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (12) #6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (12) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (13)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (12)
#6 - 2000年6月
HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (12)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H

B: P51 RT

ヘテロ分子

118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.876, 154.627, 156.958
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H / EXORIBONUCLEASE H / P66 RT 分子量: 64895.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス) プラスミド: PKK233-2 VARIANT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H
#2: タンパク質	P51 RT 分子量: 52238.875 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 588-1015 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス) プラスミド: PKK233-2 VARIANT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04585

#1: タンパク質

REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H / EXORIBONUCLEASE H / P66 RT

分子量: 64895.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: PKK233-2 VARIANT / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H

#2: タンパク質

P51 RT

分子量: 52238.875 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 588-1015 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

HIV-1 M\:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: PKK233-2 VARIANT / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04585

-
非ポリマー , 4種, 665分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#5: 化合物	ChemComp-WHU / 2-azanyl-N-[[4-bromanyl-3-(3-chloranyl-5-cyano-phenoxy)-2-fluoranyl-phenyl]methyl]-4-chloranyl-1H-imidazole-5-carboxamide 分子量: 499.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₁BrCl₂FN₅O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	POLY HIS TAG ADDED AT THE N-TERMINUS FOR PURIFICATION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 100MM HEPES PH 7.5, 10MM SPERMIDINE, 1.1M SODIUM POTASSIUM TARTRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月26日 / 詳細: BERYLLIUM LENSES
放射	モノクロメーター: DIAMOND LAUE MONOCHROMATORS SUPPLIED BY JJ X-RAY プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→80 Å / Num. obs: 80302 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 32 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 27
反射シェル	解像度: 2.12→2.18 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YNF

2ynf

解像度: 2.12→78.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 9.601 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24071	2455	3 %	RANDOM
R_work	0.19607	-	-	-
obs	0.19742	79353	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.024 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→78.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7821	0	42	660	8523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	8144
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.288	1.962	11107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.822	3	13612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.924	5	982
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.261	25.239	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.095	15	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.148	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	8893
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	163	-
R_work	0.256	5545	-
obs	-	-	99.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4471	-0.4313	-0.3285	4.1483	2.5621	6.2729	0.1807	0.154	0.0294	0.4438	-0.5806	0.3883	0.03	-0.6973	0.3999	0.1222	-0.0008	0.0481	0.1463	-0.0672	0.0885	-34.173	63.997	46.006
2	3.2377	-0.7879	-2.5132	0.2351	0.6173	1.9523	0.1687	-0.0084	0.145	-0.01	-0.0329	-0.1363	-0.1434	-0.0051	-0.1358	0.267	0.0688	0.0005	0.1123	0.0551	0.278	-19.569	61.356	35.142
3	4.3678	0.5247	-5.4042	2.218	-0.7444	8.2686	0.2649	0.3318	0.0676	-0.0481	-0.3706	-0.0542	-0.3894	-0.5146	0.1057	0.0902	0.1042	-0.0239	0.176	-0.0353	0.0912	-28.437	63.471	31.836
4	2.8487	-0.9332	-1.2489	1.794	0.86	1.2375	0.2877	-0.2335	0.9428	-0.0729	0.2374	-0.6246	-0.6935	-0.0926	-0.5252	0.6246	0.2315	0.1077	0.1438	-0.1041	0.3795	-9.073	69.314	23.562
5	2.1297	-1.0236	0.5763	2.6038	1.1795	6.4572	-0.0085	-0.4373	0.2046	0.2175	0.159	-0.5207	0.1144	0.2798	-0.1505	0.0432	-0.0095	0.0037	0.1271	-0.0327	0.2114	8.118	49.974	25.783
6	5.274	-3.8787	-0.5813	7.0684	-0.2629	0.5685	0.1322	0.1421	-0.429	-0.1435	-0.2163	0.1692	0.174	-0.0517	0.0841	0.101	-0.0152	0.0212	0.0354	-0.0067	0.0869	3.227	35.079	13.157
7	2.8682	0.9474	1.3356	4.7133	-1.5673	1.7451	0.4107	-0.213	0.19	-0.3099	-0.4584	-0.2259	0.5229	0.3064	0.0478	0.1924	0.16	-0.0193	0.3332	-0.1512	0.1749	15.149	9.662	28.765
8	4.4558	-0.2434	1.3752	6.8805	-3.3822	7.3719	0.2391	-0.2404	0.1929	0.1361	-0.2415	-0.0062	0.4224	0.3744	0.0024	0.1304	0.0972	-0.0036	0.142	-0.0244	0.0107	12.56	11.215	28.021
9	7.052	1.3867	-2.3678	6.5009	-0.6721	8.008	0.1909	0.1341	-0.0453	-0.2335	-0.3211	0.258	0.1847	0.0642	0.1302	0.048	0.0436	-0.0385	0.0436	-0.042	0.0522	-28.008	42.296	15.054
10	0.7815	1.1169	1.0584	3.7168	2.1204	2.0955	0.0638	-0.2169	0.0968	-0.0562	-0.0625	0.2698	0.1498	-0.2552	-0.0013	0.0651	-0.0078	-0.0447	0.1325	-0.0077	0.0816	-35.139	29.035	12.148
11	19.3835	-22.913	-7.857	38.5348	4.7723	5.013	-0.0421	-0.1646	0.4624	-1.3808	0.6149	0.6716	0.5552	-0.0489	-0.5728	0.2479	-0.0916	-0.2294	0.0447	0.0883	0.2265	-39.306	22.348	-6.367
12	21.471	2.5476	6.5986	2.1484	4.2119	8.4137	-0.904	0.6536	1.9285	-0.2484	0.6608	0.0372	-0.4529	1.3401	0.2433	0.6056	-0.013	-0.0016	0.4276	0.0105	0.2675	-24.87	19.664	-0.565
13	13.4342	0.3676	1.0617	1.4165	-0.0335	4.9006	-0.0131	0.462	-0.728	0.0455	0.186	0.0047	1.1293	-0.6658	-0.1729	0.8938	0.0327	-0.1021	0.1953	-0.03	0.148	-0.149	-5.024	15.379
14	10.2314	5.8019	0.2318	16.5344	-5.8909	2.7465	0.212	-0.3045	-0.272	0.5535	0.0658	0.4573	-0.1742	-0.1035	-0.2778	0.1978	-0.0085	0.0105	0.1835	0.0667	0.0489	-25.361	6.549	21.275
15	19.045	7.0239	-4.7518	11.617	-1.63	1.1925	0.1507	-1.0589	-0.3209	-0.3307	-0.2173	-1.1418	-0.0096	0.2879	0.0667	0.2005	0.1123	-0.0088	0.1501	-0.0354	0.135	-11.818	13.812	15.42
16	7.3263	2.2909	-0.5695	5.7742	0.2622	2.2511	0.2253	-0.3647	0.1976	-0.3039	-0.0712	-0.7497	0.1946	0.2696	-0.1542	0.0644	0.016	0.0574	0.0491	-0.025	0.138	-14.241	21.863	13.193

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	60 - 114
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	115 - 194
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	195 - 253
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	254 - 354
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	355 - 421
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	422 - 473
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	474 - 558
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	5 - 71
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	72 - 194
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	195 - 212
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	213 - 240
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	241 - 312
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	313 - 325
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	325 - 347
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	348 - 428

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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