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- PDB-2xra: crystal structure of the HK20 Fab in complex with a gp41 mimetic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xra
タイトルcrystal structure of the HK20 Fab in complex with a gp41 mimetic 5- Helix
要素
  • HK20, HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY HEAVY CHAIN
  • HK20, HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY LIGHT CHAIN
  • TRANSMEMBRANE PROTEIN GP41
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / MONOCLONAL CELLS / NEUTRALIZATION TESTS
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sabin, C. / Corti, D. / Buzon, V. / Seaman, M.S. / Lutje Hulsik, D. / Hinz, A. / Vanzetta, F. / Agatic, G. / Silacci, C. / Langedijk, J.P.M. ...Sabin, C. / Corti, D. / Buzon, V. / Seaman, M.S. / Lutje Hulsik, D. / Hinz, A. / Vanzetta, F. / Agatic, G. / Silacci, C. / Langedijk, J.P.M. / Mainetti, L. / Scarlatti, G. / Sallusto, F. / Weiss, R. / Lanzavecchia, A. / Weissenhorn, W.
引用
ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and size-dependent neutralization properties of HK20, a human monoclonal antibody binding to the highly conserved heptad repeat 1 of gp41.
著者: Sabin, C. / Corti, D. / Buzon, V. / Seaman, M.S. / Lutje Hulsik, D. / Hinz, A. / Vanzetta, F. / Agatic, G. / Silacci, C. / Mainetti, L. / Scarlatti, G. / Sallusto, F. / Weiss, R. / ...著者: Sabin, C. / Corti, D. / Buzon, V. / Seaman, M.S. / Lutje Hulsik, D. / Hinz, A. / Vanzetta, F. / Agatic, G. / Silacci, C. / Mainetti, L. / Scarlatti, G. / Sallusto, F. / Weiss, R. / Lanzavecchia, A. / Weissenhorn, W.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for HIV-1 Neutralization by a Gp41 Fusion Intermediate-Directed Antibody.
著者: Luftig, M.A. / Mattu, M. / Di Giovine, P. / Geleziunas, R. / Hrin, R. / Barbato, G. / Bianchi, E. / Miller, M.D. / Pessi, A. / Carfi, A.
履歴
登録2010年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / entity_src_gen
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSMEMBRANE PROTEIN GP41
H: HK20, HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY HEAVY CHAIN
L: HK20, HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9613
ポリマ－72,9613
非ポリマー00
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area29150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.947, 62.710, 76.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TRANSMEMBRANE PROTEIN GP41


分子量: 25721.725 Da / 分子数: 1
断片: 5-HELIX INNER-CORE MIMETIC COMPRISED OF REPEATS OF RESIDUES 543-582 AND 625-662
由来タイプ: 組換発現
詳細: SEQUENCE DERIVED FROM UNIPROT AC P04578 WHERE THREE REGIONS EACH EQUIVALENT TO AA 543-582 ARE INTERSPERSED BY TWO DIFFERENT REGIONS (EACH EQUIVALENT TO AA 625-662). LINKERS GGSGG AND GSSGG ...詳細: SEQUENCE DERIVED FROM UNIPROT AC P04578 WHERE THREE REGIONS EACH EQUIVALENT TO AA 543-582 ARE INTERSPERSED BY TWO DIFFERENT REGIONS (EACH EQUIVALENT TO AA 625-662). LINKERS GGSGG AND GSSGG JOIN THE REGIONS AND ALTERNATE STARTING WITH GGSGG. A
由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: P04578
#2: 抗体 HK20, HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY HEAVY CHAIN


分子量: 23609.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: MEMORY B-LYMPHOCYTE / 組織: BLOOD
#3: 抗体 HK20, HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY LIGHT CHAIN


分子量: 23630.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: MEMORY B-LYMPHOCYTE / 組織: BLOOD
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.05 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 25% PEG 3350 (W/V)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.9765
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→37 Å / Num. obs: 28254 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CMR

2cmr


解像度: 2.3→37.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 8.729 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED LOOPS REGIONS OF GP41-5HB WERE NOT MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27943 1509 5.1 %RANDOM
Rwork0.23693 ---
obs0.23913 28253 93.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.977 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å2-0.2 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4962 0 0 118 5080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225057
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1831.9496862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.425634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.44325.426223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.17515872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2431521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6221.53179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1925131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64931878
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8984.51731
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 96 -
Rwork0.284 1961 -
obs--89.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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