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- PDB-1mzi: Solution ensemble structures of HIV-1 gp41 2F5 mAb epitope -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mzi
タイトルSolution ensemble structures of HIV-1 gp41 2F5 mAb epitope
要素2F5 epitope of HIV-1 gp41 fusion protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Ensemble / statistics
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / Ensemble generation with MEDUSA, Clustering analysis with NMRCLUST, Statistical analysis of the ensemble with NAMFIS
データ登録者Barbato, G. / Bianchi, E. / Ingallinella, P. / Hurni, W.H. / Miller, M.D. / Ciliberto, G. / Cortese, R. / Bazzo, R. / Shiver, J.W. / Pessi, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural analysis of the epitope of the anti-HIV antibody 2F5 sheds light into its mechanism of neutralization and HIV fusion.
著者: Barbato, G. / Bianchi, E. / Ingallinella, P. / Hurni, W.H. / Miller, M.D. / Ciliberto, G. / Cortese, R. / Bazzo, R. / Shiver, J.W. / Pessi, A.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1991
タイトル: Multi-conformational peptide dynamics derived from NMR data: a new search algorithm and its application to antamanide
著者: Bruschweiler, R. / Blackledge, M. / Ernst, R.R.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1995
タイトル: NMR analysis of molecular flexibility in solution: a new method for the study of complex distributions of rapidly exchanging conformations. Application to a 13-residue peptide with an 8-residue loop
著者: Cicero, D.O. / Barbato, G. / Bazzo, R.
#3: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1996
タイトル: An automated approach for clustering an ensemble of NMR-derived protein structures into conformationally related subfamilies
著者: Kelley, L.A. / Gardner, S.P. / Sutcliffe, M.J.
履歴
登録2002年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2F5 epitope of HIV-1 gp41 fusion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6181
ポリマ－1,6181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)81 / 6400Base set ensemble representative of the conformational space experimentally allowed
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド 2F5 epitope of HIV-1 gp41 fusion protein / Envelope polyprotein GP160


分子量: 1617.820 Da / 分子数: 1 / 断片: 13 residues 2F5 epitope / 由来タイプ: 合成 / 詳細: GP160 HIV-1 HBX2 isolate amino acids 659-671 / 参照: UniProt: P04578

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131PE-COSY
141HSQC (1H-13C)-Dipsi-2(1H)
151HMQC (1H-15N) jr
NMR実験の詳細Text: Distance restraints were determined using NOESY build-up curves. The coupling constants were determined using phase sensitive COSY and TOCSY experiments. E threshold cutoff and deltaE allowance ...Text: Distance restraints were determined using NOESY build-up curves. The coupling constants were determined using phase sensitive COSY and TOCSY experiments. E threshold cutoff and deltaE allowance for MEDUSA were 600 and 100 kCal/mol respectively Clustering was performed with a cutoff of 1.0Angstrom A conformer was defined as different if either phi or psi angle for at least one aminoacid was differing by >15 degrees

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5mM peptide, 50mM phosphate buffer, pH 6.595% H2O/5% D2O
21.5mM peptide, 50mM phosphate buffer, pH 6.5100% D2O
試料状態イオン強度: 50mM phosphate buffer / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 278 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2001Delaglio, F.データ解析
NMRView2001Johnson, B.データ解析
DGIIMSIMSI, Inc精密化
NAMFIS1Cicero D.精密化
MEDUSAin homeBrushweiler R.精密化
NMRCLUST1.2Kelley精密化
精密化手法: Ensemble generation with MEDUSA, Clustering analysis with NMRCLUST, Statistical analysis of the ensemble with NAMFIS
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Base set ensemble representative of the conformational space experimentally allowed
計算したコンフォーマーの数: 6400 / 登録したコンフォーマーの数: 81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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